出来ましたら、-dオプション付きで実行し、表示されるメッセージの最初10行程度を見せてもらえませんでしょうか。
以下のような表示になるはずのですが、"lang C reg"ではなく、"lang ja ..."となるのではないかと思います。
start Wed Mar 31 22:20:04 JST 2004
open /home/nabeken/.bsfilter/C.prob.bdb1 84155 tokens 84155 mails by 402.
open /home/nabeken/.bsfilter/ja.prob.bdb1 36150 tokens 36150 mails by 402.
lang C reg
tokenizer content-transfer-encoding 7bit
tokenizer reply-to bpkmhq