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revision 13 by rtomiyasu, Sat Mar 2 10:44:08 2013 UTC revision 16 by rtomiyasu, Fri Apr 26 08:50:24 2013 UTC
# Line 251  if(IS_CANSELED()) continue; Line 251  if(IS_CANSELED()) continue;
251                                  latFOM2.setFigureOfMerit(latFOM.putLatticeFigureOfMerit().putFiguresOfMerit().putNumberOfReflectionsForFigureOfMerit(),                                  latFOM2.setFigureOfMerit(latFOM.putLatticeFigureOfMerit().putFiguresOfMerit().putNumberOfReflectionsForFigureOfMerit(),
252                                                                                          VCData::putPeakQData(),                                                                                          VCData::putPeakQData(),
253                                                                                          closest_hkl_tray, is_cal_Q_observed_tray);                                                                                          closest_hkl_tray, is_cal_Q_observed_tray);
254                                  if( LatticeFigureOfMerit::cmpFOMdeWolff( latFOM2, latFOM.putLatticeFigureOfMerit() ) )                                  if( LatticeFigureOfMerit::cmpFOMWu( latFOM2, latFOM.putLatticeFigureOfMerit() ) )
255                                  {                                  {
256                                          latFOM.setLatticeFigureOfMerit(latFOM2);                                          latFOM.setLatticeFigureOfMerit(latFOM2);
257                                  }                                  }
# Line 272  if(IS_CANSELED()) continue; Line 272  if(IS_CANSELED()) continue;
272  /*   2011.10.19 VIC Tamura */  /*   2011.10.19 VIC Tamura */
273  CHECK_INTERRUPTION();  CHECK_INTERRUPTION();
274    
275          sort( lattice_result_tri.begin(), lattice_result_tri.end() );  //      sort( lattice_result_tri.begin(), lattice_result_tri.end() );
276  }  }
277    
278    
279  void SortingLattice::putLatticeCandidatesForEachBravaisTypes(  void SortingLattice::putLatticeCandidatesForEachBravaisTypes(
280                                          const Double& MIN_NormM,                                          const Double& MIN_NormM,
281                                          const Double& MIN_RevM,                                          const Double& MIN_RevM,
282                                            const size_t& MAX_SIZE,
283                                          const eABCaxis& abc_axis,                                          const eABCaxis& abc_axis,
284                                          const eRHaxis& rh_axis,                                          const eRHaxis& rh_axis,
285                                          vector<LatticeFigureOfMeritToCheckSymmetry> lattice_result[NUM_LS]) const                                          vector<LatticeFigureOfMeritToCheckSymmetry> lattice_result[NUM_LS]) const
286  {  {
287          try{          try{
288    
289                  for(ArrayIndex i=1; i<NUM_LS; i++)          for(ArrayIndex i=1; i<NUM_LS; i++)
290          {          {
291                  lattice_result[i].clear();                  lattice_result[i].clear();
292          }          }
# Line 325  SET_PROGRESS(99*(LOOP_COUNTER++)/num_tri Line 326  SET_PROGRESS(99*(LOOP_COUNTER++)/num_tri
326  if(IS_CANSELED()) continue;  if(IS_CANSELED()) continue;
327    
328                          LatticeFigureOfMeritToCheckSymmetry& latFOM = lattice_result_tri[n];                          LatticeFigureOfMeritToCheckSymmetry& latFOM = lattice_result_tri[n];
                         latFOM.setLabel(n+1);  
329                          const SymMat43_VCData& S_red = latFOM.putInitialForm();                          const SymMat43_VCData& S_red = latFOM.putInitialForm();
330    
331                          // Calculate figures of merit as triclinic                          // Calculate figures of merit as triclinic
# Line 395  if(IS_CANSELED()) continue; Line 395  if(IS_CANSELED()) continue;
395                  }                  }
396          }          }
397    
398            sort( lattice_result_tri.begin(), lattice_result_tri.end(), LatticeFigureOfMeritToCheckSymmetry::cmpFOMdeWolff );
399            if( MAX_SIZE < lattice_result_tri.size() )
400            {
401                    lattice_result_tri.erase( lattice_result_tri.begin() + MAX_SIZE, lattice_result_tri.end() );
402            }
403    
404            const size_t num_tri2 = lattice_result_tri.size();
405            for(size_t n=0; n<num_tri2; n++)
406            {
407                    lattice_result_tri[n].setLabel(n+1);
408            }
409    
410    ZLOG_INFO( "The program has selected "  + num2str<Int4>( lattice_result_tri.size() )
411                                    + " triclinic solutions using the Wu figure of merit.\n\n" );
412    
413    
414  /*   2011.10.19 VIC Tamura */  /*   2011.10.19 VIC Tamura */
415  CHECK_INTERRUPTION();  CHECK_INTERRUPTION();
416    
 ZLOG_INFO( "All the lattice constants are being optimized by linear least squares...\n" );  
   
417  /*   2011.10.19 VIC Tamura */  /*   2011.10.19 VIC Tamura */
418  LOOP_COUNTER = 0;  LOOP_COUNTER = 0;
419  Int4 SUM = 0;  Int4 SUM = 0;
# Line 408  for(Int4 i=0; i<NUM_LS; i++) { SUM += la Line 422  for(Int4 i=0; i<NUM_LS; i++) { SUM += la
422          for(ArrayIndex i=1; i<NUM_LS; i++)          for(ArrayIndex i=1; i<NUM_LS; i++)
423          {          {
424                  if( !JudgeSymmetry[i] ) continue;                  if( !JudgeSymmetry[i] ) continue;
425                  sort( lattice_result[i].begin(), lattice_result[i].end() );  //              sort( lattice_result[i].begin(), lattice_result[i].end() );
426    
427                  const Int4 num_lattice = lattice_result[i].size();                  const Int4 num_lattice = lattice_result[i].size();
428    
# Line 430  SET_PROGRESS(99+1*(LOOP_COUNTER++)/SUM, Line 444  SET_PROGRESS(99+1*(LOOP_COUNTER++)/SUM,
444  if(IS_CANSELED()) continue;  if(IS_CANSELED()) continue;
445    
446                                  LatticeFigureOfMeritToCheckSymmetry& latFOM0 = lattice_result[i][index];                                  LatticeFigureOfMeritToCheckSymmetry& latFOM0 = lattice_result[i][index];
                                 latFOM0.setLabel(index+1);  
   
447                                  latFOM0.setFigureOfMerit(m_num_ref_figure_of_merit,                                  latFOM0.setFigureOfMerit(m_num_ref_figure_of_merit,
448                                                                                          VCData::putPeakQData(),                                                                                          VCData::putPeakQData(),
449                                                                                          closest_hkl_tray, is_cal_Q_observed_tray);                                                                                          closest_hkl_tray, is_cal_Q_observed_tray);
# Line 445  if(IS_CANSELED()) continue; Line 457  if(IS_CANSELED()) continue;
457                                          latFOM2.setFigureOfMerit(latFOM0.putLatticeFigureOfMerit().putFiguresOfMerit().putNumberOfReflectionsForFigureOfMerit(),                                          latFOM2.setFigureOfMerit(latFOM0.putLatticeFigureOfMerit().putFiguresOfMerit().putNumberOfReflectionsForFigureOfMerit(),
458                                                                                                  VCData::putPeakQData(),                                                                                                  VCData::putPeakQData(),
459                                                                                                  closest_hkl_tray, is_cal_Q_observed_tray);                                                                                                  closest_hkl_tray, is_cal_Q_observed_tray);
460                                          if( LatticeFigureOfMerit::cmpFOMdeWolff( latFOM2, latFOM0.putLatticeFigureOfMerit() ) )                                          if( LatticeFigureOfMerit::cmpFOMWu( latFOM2, latFOM0.putLatticeFigureOfMerit() ) )
461                                          {                                          {
462                                                  latFOM0.setLatticeFigureOfMerit(latFOM2);                                                  latFOM0.setLatticeFigureOfMerit(latFOM2);
463                                          }                                          }
# Line 545  if(IS_CANSELED()) continue; Line 557  if(IS_CANSELED()) continue;
557  /*   2011.10.19 VIC Tamura */  /*   2011.10.19 VIC Tamura */
558  CHECK_INTERRUPTION();  CHECK_INTERRUPTION();
559    
560                    sort( lattice_result[i].begin(), lattice_result[i].end(), LatticeFigureOfMeritToCheckSymmetry::cmpFOMdeWolff );
561                    if( MAX_SIZE < lattice_result[i].size() )
562                    {
563                            lattice_result[i].erase( lattice_result[i].begin() + MAX_SIZE, lattice_result[i].end() );
564                    }
565    
566                    const size_t num_lattice2 = lattice_result[i].size();
567                    for(size_t n=0; n<num_lattice2; n++)
568                    {
569                            lattice_result[i][n].setLabel(n+1);
570                    }
571    
572  ZLOG_INFO( "(" + num2str( i+1 ) + ") The number of candidates for " + put_cs_name(eCrystalSystem(i), abc_axis)  ZLOG_INFO( "(" + num2str( i+1 ) + ") The number of candidates for " + put_cs_name(eCrystalSystem(i), abc_axis)
573                          + " : " + num2str<Int4>( lattice_result[i].size() ) + "\n" );                          + " : " + num2str<Int4>( lattice_result[i].size() ) + "\n" );
574          }          }
# Line 560  ZLOG_INFO( "\n" ); Line 584  ZLOG_INFO( "\n" );
584  void SortingLattice::putLatticeCandidatesForEachBravaisTypes(const vector<SymMat43_VCData>& S_super,  void SortingLattice::putLatticeCandidatesForEachBravaisTypes(const vector<SymMat43_VCData>& S_super,
585                                          const Double& MIN_NormM,                                          const Double& MIN_NormM,
586                                          const Double& MIN_RevM,                                          const Double& MIN_RevM,
587                                            const size_t& MAX_SIZE,
588                                          const eABCaxis& abc_axis,                                          const eABCaxis& abc_axis,
589                                          const eRHaxis& rh_axis,                                          const eRHaxis& rh_axis,
590                                          vector<LatticeFigureOfMeritToCheckSymmetry> lattice_result[NUM_LS]) const                                          vector<LatticeFigureOfMeritToCheckSymmetry> lattice_result[NUM_LS]) const
# Line 569  void SortingLattice::putLatticeCandidate Line 594  void SortingLattice::putLatticeCandidate
594    
595  ZLOG_INFO( "Determination of the Bravais type is being carried out...\n(Solutions with " + putLabel(SCWuM) + " less than " + num2str(MIN_NormM)  ZLOG_INFO( "Determination of the Bravais type is being carried out...\n(Solutions with " + putLabel(SCWuM) + " less than " + num2str(MIN_NormM)
596                  + " or " + putLabel(SCRevM) + " less than " + num2str(MIN_RevM)                  + " or " + putLabel(SCRevM) + " less than " + num2str(MIN_RevM)
597                  + " are automatically removed).\n\n" );                  + " are automatically removed).\n" );
598    ZLOG_INFO( "All the unit-cell parameters are being optimized by linear least squares...\n" );
599    
600  ZLOG_INFO( "The program has removed "   + num2str<Int4>( S_super.size() - lattice_result_tri.size() )  //ZLOG_INFO( "The program has removed " + num2str<Int4>( S_super.size() - lattice_result_tri.size() )
601                          + " solutions because their " + putLabel(SCWuM) + " is less than " + num2str(MIN_NormM)  //                      + " triclinic solutions because their " + putLabel(SCWuM) + " is less than " + num2str(MIN_NormM)
602                          + " or their " + putLabel(SCRevM) + " is less than " + num2str(MIN_RevM) + ".\n\n" );  //                      + " or their " + putLabel(SCRevM) + " is less than " + num2str(MIN_RevM) + ".\n\n" );
603  ZLOG_INFO( "Determination of the Bravais type is being carried out...\n" );  //ZLOG_INFO( "Determination of the Bravais type is being carried out...\n" );
604          putLatticeCandidatesForEachBravaisTypes(MIN_NormM, MIN_RevM, abc_axis, rh_axis, lattice_result);          putLatticeCandidatesForEachBravaisTypes(MIN_NormM, MIN_RevM, MAX_SIZE, abc_axis, rh_axis, lattice_result);
605  }  }
606    
607    
608  void SortingLattice::setNumberOfNeighbors(const eABCaxis& baxis_flag,  void SortingLattice::setNumberOfNeighbors(const eABCaxis& baxis_flag,
609                                          vector<LatticeFigureOfMeritToCheckSymmetry> lattice_result[NUM_LS]) const                  bool (*CmpFunc)(const LatticeFigureOfMeritToCheckSymmetry&, const LatticeFigureOfMeritToCheckSymmetry&),
610                    vector<LatticeFigureOfMeritToCheckSymmetry> lattice_result[NUM_LS]) const
611  {  {
612    
613  #ifdef _OPENMP  #ifdef _OPENMP
# Line 644  if(IS_CANSELED()) continue; Line 671  if(IS_CANSELED()) continue;
671                                          if( RLCS.equiv( latFOM2_prim.putSellingReducedForm() ) )                                          if( RLCS.equiv( latFOM2_prim.putSellingReducedForm() ) )
672                                          {                                          {
673                                                  // Compare the figures of merit.                                                  // Compare the figures of merit.
674                                                  if( latFOM2.putNumberOfLatticesInNeighborhood() >= 0                                                  if( CmpFunc( latFOM2, latFOM0 ) )
                                                         && LatticeFigureOfMeritToCheckSymmetry::cmpFOMdeWolff( latFOM2, latFOM0 ) )  
675                                                  {                                                  {
676                                                          count = -1;                                                          if( latFOM2.putNumberOfLatticesInNeighborhood() >= 0 )
677                                                          break;                                                          {
678                                                                    count = -1;
679                                                                    break;
680                                                            }
681                                                  }                                                  }
682                                                  else                                                  else
683                                                  {                                                  {
# Line 671  if(IS_CANSELED()) continue; Line 700  if(IS_CANSELED()) continue;
700                                          if( check_equiv_m( latFOM0_prim.putInverseOfMinkowskiReducedForm(), latFOM2_prim.putInverseOfMinkowskiReducedForm(), m_resol2 ) )                                          if( check_equiv_m( latFOM0_prim.putInverseOfMinkowskiReducedForm(), latFOM2_prim.putInverseOfMinkowskiReducedForm(), m_resol2 ) )
701                                          {                                          {
702                                                  // Compare the figures of merit.                                                  // Compare the figures of merit.
703                                                  if( latFOM2.putNumberOfLatticesInNeighborhood() >= 0                                                  if( CmpFunc( latFOM2, latFOM0 ) )
                                                         && LatticeFigureOfMeritToCheckSymmetry::cmpFOMdeWolff( latFOM2, latFOM0 ) )  
704                                                  {                                                  {
705                                                          count = -1;                                                          if( latFOM2.putNumberOfLatticesInNeighborhood() >= 0 )
706                                                          break;                                                          {
707                                                                    count = -1;
708                                                                    break;
709                                                            }
710                                                  }                                                  }
711                                                  else                                                  else
712                                                  {                                                  {
# Line 690  if(IS_CANSELED()) continue; Line 721  if(IS_CANSELED()) continue;
721                  }                  }
722    
723                  Int4& index = index_tray[i];                  Int4& index = index_tray[i];
724                    index = 0;
725                  for(vector<LatticeFigureOfMeritToCheckSymmetry>::const_iterator it=lattice_result[i].begin(); it<lattice_result[i].end(); it++)                  for(vector<LatticeFigureOfMeritToCheckSymmetry>::const_iterator it=lattice_result[i].begin(); it<lattice_result[i].end(); it++)
726                  {                  {
727                          if( it->putNumberOfLatticesInNeighborhood() >= 0 ) index++;                          if( it->putNumberOfLatticesInNeighborhood() >= 0 ) index++;
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