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/[conograph]/Conograph/trunk/src/SortingLattice.cc

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revision 16 by rtomiyasu, Fri Apr 26 08:50:24 2013 UTC revision 25 by rtomiyasu, Mon Jul 7 02:35:51 2014 UTC
# Line 27  THE SOFTWARE. Line 27  THE SOFTWARE.
27  #ifdef _OPENMP  #ifdef _OPENMP
28   # include <omp.h>   # include <omp.h>
29  #endif  #endif
 #include "utility_data_structure/index_set.hh"  
30  #include "utility_func/chToDouble.hh"  #include "utility_func/chToDouble.hh"
31  #include "utility_func/transform_sym_matrix.hh"  #include "utility_func/transform_sym_matrix.hh"
32  #include "utility_lattice_reduction/super_basis3.hh"  #include "utility_lattice_reduction/put_Selling_reduced_lattice.hh"
33  #include "lattice_symmetry/LatticeFigureOfMeritToCheckSymmetry.hh"  #include "lattice_symmetry/VCLatticeFigureOfMeritToCheckSymmetry.hh"
 #include "lattice_symmetry/ReducedLatticeToCheckBravais.hh"  
34  #include "lattice_symmetry/ReducedLatticeToCheckEquiv.hh"  #include "lattice_symmetry/ReducedLatticeToCheckEquiv.hh"
 #include "p_out_indexing.hh"  
35  #include "zerror_type/error_out.hh"  #include "zerror_type/error_out.hh"
36  #include "zlog/zlog.hh"  #include "zlog/zlog.hh"
37  #include "ControlParam.hh"  #include "ControlParam.hh"
 #include "SortingLattice.hh"  
38  #include "utility_func/stopx.hh"  #include "utility_func/stopx.hh"
39    #include "SortingLattice.hh"
40    
41  const bool SortingLattice::m_DoesPrudentSymSearch = false;  const bool SortingLattice::m_DoesPrudentSymSearch = false;
42  const Double SortingLattice::m_cv2 = 0.5;  const Double SortingLattice::m_cv2 = 0.5;
43    
44  SortingLattice::SortingLattice()  SortingLattice::SortingLattice()
45  {  {
46          for(ArrayIndex i=0; i<NUM_LS; i++)          for(Int4 i=0; i<NUM_LS; i++)
47          {          {
48                  OutputSymmetry[i] = false;                  OutputSymmetry[i] = false;
49                  JudgeSymmetry[i] = false;                  JudgeSymmetry[i] = false;
50          }          }
51                    
52          m_resol2 = 0.0;          m_resol = 0.0;
53          m_num_ref_figure_of_merit = 20;          m_num_ref_figure_of_merit = 20;
54          m_etype_peak_shift = kPeakShiftFunction_Type0;          m_etype_peak_shift = kPeakShiftFunction_Type0;
55          m_WlengthX = 1.54056;          m_WlengthX = 1.54056;
# Line 65  SortingLattice::~SortingLattice() Line 62  SortingLattice::~SortingLattice()
62    
63    
64  // Set the member variables.  // Set the member variables.
65  void SortingLattice::setParam(const ControlParam& cont)  void SortingLattice::setParam(const ControlParam& cont)
66  {  {
67          OutputSymmetry[(Int4)Triclinic] = cont.putOutputSymmetry(Triclinic);          OutputSymmetry[(size_t)Triclinic] = cont.putOutputSymmetry(Triclinic);
68          JudgeSymmetry[(Int4)Triclinic] = false;          JudgeSymmetry[(size_t)Triclinic] = false;
69          for(ArrayIndex i=1; i<NUM_LS; i++)          for(Int4 i=1; i<NUM_LS; i++)
70          {          {
71                  OutputSymmetry[i] = cont.putOutputSymmetry(eCrystalSystem(i));                  OutputSymmetry[i] = cont.putOutputSymmetry(eBravaisType(i));
72                  JudgeSymmetry[i] = cont.putOutputSymmetry(eCrystalSystem(i));                  JudgeSymmetry[i] = cont.putOutputSymmetry(eBravaisType(i));
73          }          }
74    
75          if( JudgeSymmetry[(Int4)Cubic_P] )          if( JudgeSymmetry[(size_t)Cubic_P] )
76          {          {
77                  JudgeSymmetry[(Int4)Tetragonal_P] = true;                  JudgeSymmetry[(size_t)Tetragonal_P] = true;
78          }          }
79          if( JudgeSymmetry[(Int4)Hexagonal] )          if( JudgeSymmetry[(size_t)Hexagonal] )
80          {          {
81                  JudgeSymmetry[(Int4)Monoclinic_P] = true;                  JudgeSymmetry[(size_t)Monoclinic_P] = true;
82          }          }
83          if( JudgeSymmetry[(Int4)Tetragonal_P] )          if( JudgeSymmetry[(size_t)Tetragonal_P] )
84          {          {
85                  JudgeSymmetry[(Int4)Orthorhombic_P] = true;                  JudgeSymmetry[(size_t)Orthorhombic_P] = true;
86          }          }
87          if( JudgeSymmetry[(Int4)Orthorhombic_P] )          if( JudgeSymmetry[(size_t)Orthorhombic_P] )
88          {          {
89                  JudgeSymmetry[(Int4)Monoclinic_P] = true;                  JudgeSymmetry[(size_t)Monoclinic_P] = true;
90          }          }
91                    
92          if( JudgeSymmetry[(Int4)Orthorhombic_C] )          if( JudgeSymmetry[(size_t)Orthorhombic_C] )
93          {          {
94                  JudgeSymmetry[(Int4)Monoclinic_B] = true;                  JudgeSymmetry[(size_t)Monoclinic_B] = true;
95          }          }
96    
97          if( JudgeSymmetry[(Int4)Cubic_I] )          if( JudgeSymmetry[(size_t)Cubic_I] )
98          {          {
99                  JudgeSymmetry[(Int4)Tetragonal_I] = true;                  JudgeSymmetry[(size_t)Tetragonal_I] = true;
100          }          }
101          if( JudgeSymmetry[(Int4)Tetragonal_I] )          if( JudgeSymmetry[(size_t)Tetragonal_I] )
102          {          {
103                  JudgeSymmetry[(Int4)Orthorhombic_I] = true;                  JudgeSymmetry[(size_t)Orthorhombic_I] = true;
104          }          }
105    
106          if( JudgeSymmetry[(Int4)Cubic_F] )          if( JudgeSymmetry[(size_t)Cubic_F] )
107          {          {
108                  JudgeSymmetry[(Int4)Orthorhombic_F] = true;                  JudgeSymmetry[(size_t)Orthorhombic_F] = true;
109          }          }
110    
111          m_resol2 = cont.putResolution() * 2.0;          m_resol = cont.putResolution();
112          m_num_ref_figure_of_merit = cont.putNumberOfReflectionsForFigureOfMerit();          m_num_ref_figure_of_merit = cont.putNumberOfReflectionsForFigureOfMerit();
113          m_etype_peak_shift = cont.putPeakShiftFunctionType();          m_etype_peak_shift = cont.putPeakShiftFunctionType();
114          m_WlengthX = cont.putWaveLength();          m_WlengthX = cont.putWaveLength();
# Line 129  void SortingLattice::setParam(const Cont Line 126  void SortingLattice::setParam(const Cont
126  }  }
127    
128    
 void SortingLattice::putLatticeFigureOfMerit(const LatticeFigureOfMeritToCheckSymmetry& lattice_original,  
                 const ePointGroup& epg, const Double& cv2,  
                 vector<LatticeFigureOfMeritToCheckSymmetry>& lattice_result) const  
 {  
         lattice_result.clear();  
         map< SymMat<VCData>, NRMat<Int4> > S_red_tray;  
         if( !lattice_original.checkLatticeSymmetry(epg, cv2, S_red_tray) ) return;  
   
         const BravaisType& ebrat_original = lattice_original.putLatticeFigureOfMerit().putBravaisType();  
         const eBravaisLattice eblat = (ebrat_original.enumCrystalSystem()==Monoclinic_B?  
                                                                         (epg==D31d_rho?Prim:(epg==D3d_1_hex?Rhom_hex:BaseZ)):ebrat_original.enumBravaisLattice());  
   
         const NRMat<Int4> matrix_min_to_sell = lattice_original.putInitialForm().second;  
   
         SymMat<Double> S_super(4);  
         Int4 itnum;  
         NRMat<Int4> trans_mat(4,3);  
           
         for(map< SymMat<VCData>, NRMat<Int4> >::const_iterator it=S_red_tray.begin(); it!=S_red_tray.end(); it++)  
         {  
                 // S_super = it->second * it->first * Transpose(it->second) is close to  
                 // Delone-reduced form of the original lattice.  
                 S_super = transform_sym_matrix(it->second, chToDouble(it->first) );  
   
                 trans_mat = identity_matrix<Int4>(4);  
   
                 // S_super = trans_mat * it->second * it->first * Transpose(trans_mat * it->second).  
                 put_super_Gram_matrix_obtuse_angle< Double, SymMat<Double> >(trans_mat, S_super, itnum);  
                 moveSmallerDiagonalLeftUpper< Double, SymMat<Double> >(S_super, trans_mat);  
           
                 lattice_result.push_back( LatticeFigureOfMeritToCheckSymmetry( BravaisType( pair<eBravaisLattice, ePointGroup>(eblat, epg) ),  
                                                                                 SymMat43_VCData(it->first, mprod(trans_mat, it->second) ),  
                                                                                 lattice_original.putLatticeFigureOfMerit().putPeakShiftFunctionType(),  
                                                                                 lattice_original.putLatticeFigureOfMerit().putWaveLength(),  
                                                                                 lattice_original.putLatticeFigureOfMerit().putPeakShiftParamRadian() ) );  
         }  
 }  
129    
130    
131  void SortingLattice::putBravaisLatticeFigureOfMerit(const ReducedLatticeToCheckBravais& RLCB,  void SortingLattice::putCentringTypes(const ReducedVCLatticeToCheckBravais& RLCB,
132                  const LatticeFigureOfMeritToCheckSymmetry& lattice_original,                  const VCLatticeFigureOfMeritToCheckSymmetry& lattice_original,
133                  const BravaisType& brat,                  const BravaisType& brat,
134                  vector<LatticeFigureOfMeritToCheckSymmetry>& lattice_result) const                  vector<VCLatticeFigureOfMeritToCheckSymmetry>& lattice_result) const
135  {  {
136          lattice_result.clear();          lattice_result.clear();
137            
138          const map< SymMat<VCData>, NRMat<Int4> >& S_red_tray = RLCB.checkBravaisLatticeType(brat);          const map< SymMat<VCData>, NRMat<Int4> >& S_red_tray = RLCB.checkCentringType(brat);
139          if( S_red_tray.empty() ) return;          if( S_red_tray.empty() ) return;
140    
141          // The lattice of RLCB has at least the symmetry given by eblat.          // The lattice of RLCB has at least the symmetry given by eblat.
142          SymMat<VCData> S_super_obtuse(4);          SymMat<VCData> S_super(4);
         Int4 itnum;  
143          NRMat<Int4> trans_mat(4,3);          NRMat<Int4> trans_mat(4,3);
144    
145          for(map< SymMat<VCData>, NRMat<Int4> >::const_iterator it=S_red_tray.begin(); it!=S_red_tray.end(); it++)          for(map< SymMat<VCData>, NRMat<Int4> >::const_iterator it=S_red_tray.begin(); it!=S_red_tray.end(); it++)
146          {          {
147                  S_super_obtuse = transform_sym_matrix(it->second, it->first);                  S_super = transform_sym_matrix(it->second, it->first);
148                  trans_mat = identity_matrix<Int4>(4);                  trans_mat = identity_matrix<Int4>(4);
149    
150                  // S_super = trans_mat * it->second * it->first * Transpose(trans_mat * it->second) is Delone reduced.                  // S_super = trans_mat * it->second * it->first * Transpose(trans_mat * it->second) is Delone reduced.
151                  if( !put_super_Gram_matrix_obtuse_angle< VCData, SymMat<VCData> >(trans_mat, S_super_obtuse, itnum) )                  if( !put_Selling_reduced_dim_less_than_4(S_super, trans_mat) )
152                  {                  {
153                          assert( false );                          assert( false );
154                  }                  }
155                  moveSmallerDiagonalLeftUpper< VCData, SymMat<VCData> >(S_super_obtuse, trans_mat);                  moveSmallerDiagonalLeftUpper(S_super, trans_mat);
156                  lattice_result.push_back( LatticeFigureOfMeritToCheckSymmetry( brat, SymMat43_VCData(it->first, mprod(trans_mat, it->second) ),  
157                    lattice_result.push_back( VCLatticeFigureOfMeritToCheckSymmetry( brat, SymMat43_VCData(it->first, mprod(trans_mat, it->second) ),
158                                                                          lattice_original.putLatticeFigureOfMerit().putPeakShiftFunctionType(),                                                                          lattice_original.putLatticeFigureOfMerit().putPeakShiftFunctionType(),
159                                                                          lattice_original.putLatticeFigureOfMerit().putWaveLength(),                                                                          lattice_original.putLatticeFigureOfMerit().putWaveLength(),
160                                                                          lattice_original.putLatticeFigureOfMerit().putPeakShiftParamRadian() ) );                                                                          lattice_original.putLatticeFigureOfMerit().putPeakShiftParamRadian() ) );
# Line 209  void SortingLattice::putBravaisLatticeFi Line 169  void SortingLattice::putBravaisLatticeFi
169  void SortingLattice::putLatticeCandidatesForTriclinic(const vector<SymMat43_VCData>& S_super,  void SortingLattice::putLatticeCandidatesForTriclinic(const vector<SymMat43_VCData>& S_super,
170                  const Double& MIN_NormM,                  const Double& MIN_NormM,
171                  const Double& MIN_RevM,                  const Double& MIN_RevM,
172                  vector<LatticeFigureOfMeritToCheckSymmetry>& lattice_result_tri) const                  vector<VCLatticeFigureOfMeritToCheckSymmetry>& lattice_result_tri) const
173  {  {
174          const Int4 num_topo = S_super.size();          const Int4 num_topo = S_super.size();
175          lattice_result_tri.clear();          lattice_result_tri.clear();
# Line 223  Int4 LOOP_COUNTER = 0; Line 183  Int4 LOOP_COUNTER = 0;
183          {          {
184                  vector< VecDat3<Int4> > closest_hkl_tray;                  vector< VecDat3<Int4> > closest_hkl_tray;
185                  vector<bool> is_cal_Q_observed_tray;                  vector<bool> is_cal_Q_observed_tray;
186                  vector<LatticeFigureOfMeritToCheckSymmetry> latFOM_tray;                  vector<VCLatticeFigureOfMeritToCheckSymmetry> latFOM_tray;
187    
188  #ifdef _OPENMP  #ifdef _OPENMP
189                  #pragma omp for                  #pragma omp for
# Line 234  Int4 LOOP_COUNTER = 0; Line 194  Int4 LOOP_COUNTER = 0;
194  SET_PROGRESS(100*(LOOP_COUNTER++)/num_topo, 65, 1); // critical, but works  SET_PROGRESS(100*(LOOP_COUNTER++)/num_topo, 65, 1); // critical, but works
195  if(IS_CANSELED()) continue;  if(IS_CANSELED()) continue;
196    
197                          LatticeFigureOfMeritToCheckSymmetry latFOM(BravaisType( pair<eBravaisLattice, ePointGroup>(Prim, Ci) ), S_super[n],                          VCLatticeFigureOfMeritToCheckSymmetry latFOM(BravaisType( pair<eCentringType, ePointGroup>(Prim, Ci) ), S_super[n],
198                                                                                          m_etype_peak_shift, m_WlengthX, m_peak_shift_param_rad);                                                                                          m_etype_peak_shift, m_WlengthX, m_peak_shift_param_rad);
199    
200                          latFOM.setFigureOfMerit(m_num_ref_figure_of_merit,                          latFOM.setFigureOfMerit(m_num_ref_figure_of_merit,
# Line 256  if(IS_CANSELED()) continue; Line 216  if(IS_CANSELED()) continue;
216                                          latFOM.setLatticeFigureOfMerit(latFOM2);                                          latFOM.setLatticeFigureOfMerit(latFOM2);
217                                  }                                  }
218                          }                          }
219                          const SetOfFigureOfMerit& setFOM = latFOM.putLatticeFigureOfMerit().putFiguresOfMerit();                          const LatticeFigureOfMerit::SetOfFigureOfMerit& setFOM = latFOM.putLatticeFigureOfMerit().putFiguresOfMerit();
220                          if( setFOM.putFigureOfMeritWu() < MIN_NormM ) continue;                          if( setFOM.putFigureOfMeritWu() < MIN_NormM ) continue;
221                          if( setFOM.putReversedFigureOfMerit() < MIN_RevM ) continue;                          if( setFOM.putReversedFigureOfMerit() < MIN_RevM ) continue;
222    
# Line 279  CHECK_INTERRUPTION(); Line 239  CHECK_INTERRUPTION();
239  void SortingLattice::putLatticeCandidatesForEachBravaisTypes(  void SortingLattice::putLatticeCandidatesForEachBravaisTypes(
240                                          const Double& MIN_NormM,                                          const Double& MIN_NormM,
241                                          const Double& MIN_RevM,                                          const Double& MIN_RevM,
242                                          const size_t& MAX_SIZE,                                          const Int4& MAX_SIZE,
243                                          const eABCaxis& abc_axis,                                          const eABCaxis& abc_axis,
244                                          const eRHaxis& rh_axis,                                          const eRHaxis& rh_axis,
245                                          vector<LatticeFigureOfMeritToCheckSymmetry> lattice_result[NUM_LS]) const                                          vector<VCLatticeFigureOfMeritToCheckSymmetry> lattice_result[NUM_LS]) const
246  {  {
247          try{          try{
248    
249          for(ArrayIndex i=1; i<NUM_LS; i++)          for(Int4 i=1; i<NUM_LS; i++)
250          {          {
251                  lattice_result[i].clear();                  lattice_result[i].clear();
252          }          }
253          vector<LatticeFigureOfMeritToCheckSymmetry>& lattice_result_tri = lattice_result[(ArrayIndex)Triclinic];          vector<VCLatticeFigureOfMeritToCheckSymmetry>& lattice_result_tri = lattice_result[(size_t)Triclinic];
254          vector<LatticeFigureOfMeritToCheckSymmetry>& lattice_result_mono_P = lattice_result[(ArrayIndex)Monoclinic_P];          vector<VCLatticeFigureOfMeritToCheckSymmetry>& lattice_result_mono_P = lattice_result[(size_t)Monoclinic_P];
255          vector<LatticeFigureOfMeritToCheckSymmetry>& lattice_result_mono_B = lattice_result[(ArrayIndex)Monoclinic_B];          vector<VCLatticeFigureOfMeritToCheckSymmetry>& lattice_result_mono_B = lattice_result[(size_t)Monoclinic_B];
256          vector<LatticeFigureOfMeritToCheckSymmetry>& lattice_result_ortho_P = lattice_result[(ArrayIndex)Orthorhombic_P];          vector<VCLatticeFigureOfMeritToCheckSymmetry>& lattice_result_ortho_P = lattice_result[(size_t)Orthorhombic_P];
257          vector<LatticeFigureOfMeritToCheckSymmetry>& lattice_result_ortho_B = lattice_result[(ArrayIndex)Orthorhombic_C];          vector<VCLatticeFigureOfMeritToCheckSymmetry>& lattice_result_ortho_B = lattice_result[(size_t)Orthorhombic_C];
258          vector<LatticeFigureOfMeritToCheckSymmetry>& lattice_result_ortho_I = lattice_result[(ArrayIndex)Orthorhombic_I];          vector<VCLatticeFigureOfMeritToCheckSymmetry>& lattice_result_ortho_I = lattice_result[(size_t)Orthorhombic_I];
259          vector<LatticeFigureOfMeritToCheckSymmetry>& lattice_result_ortho_F = lattice_result[(ArrayIndex)Orthorhombic_F];          vector<VCLatticeFigureOfMeritToCheckSymmetry>& lattice_result_ortho_F = lattice_result[(size_t)Orthorhombic_F];
260          vector<LatticeFigureOfMeritToCheckSymmetry>& lattice_result_tetra_P = lattice_result[(ArrayIndex)Tetragonal_P];          vector<VCLatticeFigureOfMeritToCheckSymmetry>& lattice_result_tetra_P = lattice_result[(size_t)Tetragonal_P];
261          vector<LatticeFigureOfMeritToCheckSymmetry>& lattice_result_tetra_I = lattice_result[(ArrayIndex)Tetragonal_I];          vector<VCLatticeFigureOfMeritToCheckSymmetry>& lattice_result_tetra_I = lattice_result[(size_t)Tetragonal_I];
262          vector<LatticeFigureOfMeritToCheckSymmetry>& lattice_result_rhom = lattice_result[(ArrayIndex)Rhombohedral];          vector<VCLatticeFigureOfMeritToCheckSymmetry>& lattice_result_rhom = lattice_result[(size_t)Rhombohedral];
263          vector<LatticeFigureOfMeritToCheckSymmetry>& lattice_result_hex = lattice_result[(ArrayIndex)Hexagonal];          vector<VCLatticeFigureOfMeritToCheckSymmetry>& lattice_result_hex = lattice_result[(size_t)Hexagonal];
264          vector<LatticeFigureOfMeritToCheckSymmetry>& lattice_result_cubic_P = lattice_result[(ArrayIndex)Cubic_P];          vector<VCLatticeFigureOfMeritToCheckSymmetry>& lattice_result_cubic_P = lattice_result[(size_t)Cubic_P];
265          vector<LatticeFigureOfMeritToCheckSymmetry>& lattice_result_cubic_I = lattice_result[(ArrayIndex)Cubic_I];          vector<VCLatticeFigureOfMeritToCheckSymmetry>& lattice_result_cubic_I = lattice_result[(size_t)Cubic_I];
266          vector<LatticeFigureOfMeritToCheckSymmetry>& lattice_result_cubic_F = lattice_result[(ArrayIndex)Cubic_F];          vector<VCLatticeFigureOfMeritToCheckSymmetry>& lattice_result_cubic_F = lattice_result[(size_t)Cubic_F];
267    
268          const Int4 num_tri = lattice_result_tri.size();          const Int4 num_tri = lattice_result_tri.size();
269    
# Line 314  Int4 LOOP_COUNTER = 0; Line 274  Int4 LOOP_COUNTER = 0;
274          #pragma omp parallel          #pragma omp parallel
275  #endif  #endif
276          {          {
277                  vector<LatticeFigureOfMeritToCheckSymmetry> latFOM_tray;                  vector<VCLatticeFigureOfMeritToCheckSymmetry> latFOM_tray;
278    
279  #ifdef _OPENMP  #ifdef _OPENMP
280                  #pragma omp for                  #pragma omp for
# Line 325  Int4 LOOP_COUNTER = 0; Line 285  Int4 LOOP_COUNTER = 0;
285  SET_PROGRESS(99*(LOOP_COUNTER++)/num_tri, 66, 30); // critical, but works  SET_PROGRESS(99*(LOOP_COUNTER++)/num_tri, 66, 30); // critical, but works
286  if(IS_CANSELED()) continue;  if(IS_CANSELED()) continue;
287    
288                          LatticeFigureOfMeritToCheckSymmetry& latFOM = lattice_result_tri[n];                          VCLatticeFigureOfMeritToCheckSymmetry& latFOM = lattice_result_tri[n];
289                          const SymMat43_VCData& S_red = latFOM.putInitialForm();                          latFOM.setLabel(n+1);
290    
291                          // Calculate figures of merit as triclinic                          // Calculate figures of merit as triclinic
292                          const ReducedLatticeToCheckBravais RLCB(abc_axis, rh_axis, m_DoesPrudentSymSearch, m_cv2, S_red);                          const ReducedVCLatticeToCheckBravais RLCB(abc_axis, rh_axis, m_DoesPrudentSymSearch, m_cv2, latFOM.putInitialSellingReducedForm() );
293    
294                          if( JudgeSymmetry[Monoclinic_B] )                          if( JudgeSymmetry[Monoclinic_B] )
295                          {                          {
296                                  putBravaisLatticeFigureOfMerit(RLCB, latFOM, BravaisType( put_monoclinic_b_type(abc_axis) ), latFOM_tray);                                  putCentringTypes(RLCB, latFOM, BravaisType( put_monoclinic_b_type(abc_axis) ), latFOM_tray);
297  #ifdef _OPENMP  #ifdef _OPENMP
298                                  #pragma omp critical(monoB)                                  #pragma omp critical(monoB)
299  #endif  #endif
# Line 343  if(IS_CANSELED()) continue; Line 303  if(IS_CANSELED()) continue;
303                          }                          }
304                          if( JudgeSymmetry[Orthorhombic_I] )                          if( JudgeSymmetry[Orthorhombic_I] )
305                          {                          {
306                                  putBravaisLatticeFigureOfMerit(RLCB, latFOM, BravaisType( pair<eBravaisLattice, ePointGroup>(Inner, D2h) ), latFOM_tray);                                  putCentringTypes(RLCB, latFOM, BravaisType( pair<eCentringType, ePointGroup>(Inner, D2h) ), latFOM_tray);
307  #ifdef _OPENMP  #ifdef _OPENMP
308                                  #pragma omp critical(orthoI)                                  #pragma omp critical(orthoI)
309  #endif  #endif
# Line 353  if(IS_CANSELED()) continue; Line 313  if(IS_CANSELED()) continue;
313                          }                          }
314                          if( JudgeSymmetry[Orthorhombic_F] )                          if( JudgeSymmetry[Orthorhombic_F] )
315                          {                          {
316                                  putBravaisLatticeFigureOfMerit(RLCB, latFOM, BravaisType( pair<eBravaisLattice, ePointGroup>(Face, D2h) ), latFOM_tray);                                  putCentringTypes(RLCB, latFOM, BravaisType( pair<eCentringType, ePointGroup>(Face, D2h) ), latFOM_tray);
317  #ifdef _OPENMP  #ifdef _OPENMP
318                                  #pragma omp critical(orthoF)                                  #pragma omp critical(orthoF)
319  #endif  #endif
# Line 363  if(IS_CANSELED()) continue; Line 323  if(IS_CANSELED()) continue;
323                          }                          }
324                          if( JudgeSymmetry[Rhombohedral] )                          if( JudgeSymmetry[Rhombohedral] )
325                          {                          {
326                                  putBravaisLatticeFigureOfMerit(RLCB, latFOM, BravaisType( put_rhombohedral_type(rh_axis) ), latFOM_tray);                                  putCentringTypes(RLCB, latFOM, BravaisType( put_rhombohedral_type(rh_axis) ), latFOM_tray);
327  #ifdef _OPENMP  #ifdef _OPENMP
328                                  #pragma omp critical(rhom)                                  #pragma omp critical(rhom)
329  #endif  #endif
# Line 374  if(IS_CANSELED()) continue; Line 334  if(IS_CANSELED()) continue;
334    
335                          if( JudgeSymmetry[Monoclinic_P] )                          if( JudgeSymmetry[Monoclinic_P] )
336                          {                          {
337                                  putLatticeFigureOfMerit(latFOM, put_monoclinic_p_type(abc_axis), m_cv2, latFOM_tray);                                  latFOM.putLatticesOfHigherSymmetry(put_monoclinic_p_type(abc_axis), m_cv2, latFOM_tray);
338  #ifdef _OPENMP  #ifdef _OPENMP
339                                  #pragma omp critical(monoP)                                  #pragma omp critical(monoP)
340  #endif  #endif
# Line 384  if(IS_CANSELED()) continue; Line 344  if(IS_CANSELED()) continue;
344                          }                          }
345                          if( JudgeSymmetry[Orthorhombic_P] )                          if( JudgeSymmetry[Orthorhombic_P] )
346                          {                          {
347                                  putLatticeFigureOfMerit(latFOM, D2h, m_cv2, latFOM_tray);                                  latFOM.putLatticesOfHigherSymmetry(D2h, m_cv2, latFOM_tray);
348  #ifdef _OPENMP  #ifdef _OPENMP
349                                  #pragma omp critical (ortho_P)                                  #pragma omp critical (ortho_P)
350  #endif  #endif
# Line 395  if(IS_CANSELED()) continue; Line 355  if(IS_CANSELED()) continue;
355                  }                  }
356          }          }
357    
358          sort( lattice_result_tri.begin(), lattice_result_tri.end(), LatticeFigureOfMeritToCheckSymmetry::cmpFOMdeWolff );          sort( lattice_result_tri.begin(), lattice_result_tri.end(), VCLatticeFigureOfMeritToCheckSymmetry::cmpFOMdeWolff );
359          if( MAX_SIZE < lattice_result_tri.size() )          if( MAX_SIZE < (Int4)lattice_result_tri.size() )
360          {          {
361                  lattice_result_tri.erase( lattice_result_tri.begin() + MAX_SIZE, lattice_result_tri.end() );                  lattice_result_tri.erase( lattice_result_tri.begin() + MAX_SIZE, lattice_result_tri.end() );
362          }          }
# Line 419  LOOP_COUNTER = 0; Line 379  LOOP_COUNTER = 0;
379  Int4 SUM = 0;  Int4 SUM = 0;
380  for(Int4 i=0; i<NUM_LS; i++) { SUM += lattice_result[i].size(); }  for(Int4 i=0; i<NUM_LS; i++) { SUM += lattice_result[i].size(); }
381    
382          for(ArrayIndex i=1; i<NUM_LS; i++)          for(Int4 i=1; i<NUM_LS; i++)
383          {          {
384                  if( !JudgeSymmetry[i] ) continue;                  if( !JudgeSymmetry[i] ) continue;
385  //              sort( lattice_result[i].begin(), lattice_result[i].end() );  //              sort( lattice_result[i].begin(), lattice_result[i].end() );
# Line 432  for(Int4 i=0; i<NUM_LS; i++) { SUM += la Line 392  for(Int4 i=0; i<NUM_LS; i++) { SUM += la
392                  {                  {
393                          vector< VecDat3<Int4> > closest_hkl_tray;                          vector< VecDat3<Int4> > closest_hkl_tray;
394                          vector<bool> is_cal_Q_observed_tray;                          vector<bool> is_cal_Q_observed_tray;
395                          vector<LatticeFigureOfMeritToCheckSymmetry> latFOM_tray;                          vector<VCLatticeFigureOfMeritToCheckSymmetry> latFOM_tray;
396    
397  #ifdef _OPENMP  #ifdef _OPENMP
398                          #pragma omp for                          #pragma omp for
# Line 443  for(Int4 i=0; i<NUM_LS; i++) { SUM += la Line 403  for(Int4 i=0; i<NUM_LS; i++) { SUM += la
403  SET_PROGRESS(99+1*(LOOP_COUNTER++)/SUM, 66, 30); // critical, but works  SET_PROGRESS(99+1*(LOOP_COUNTER++)/SUM, 66, 30); // critical, but works
404  if(IS_CANSELED()) continue;  if(IS_CANSELED()) continue;
405    
406                                  LatticeFigureOfMeritToCheckSymmetry& latFOM0 = lattice_result[i][index];                                  VCLatticeFigureOfMeritToCheckSymmetry& latFOM0 = lattice_result[i][index];
407                                    latFOM0.setLabel(index+1);
408    
409                                  latFOM0.setFigureOfMerit(m_num_ref_figure_of_merit,                                  latFOM0.setFigureOfMerit(m_num_ref_figure_of_merit,
410                                                                                          VCData::putPeakQData(),                                                                                          VCData::putPeakQData(),
411                                                                                          closest_hkl_tray, is_cal_Q_observed_tray);                                                                                          closest_hkl_tray, is_cal_Q_observed_tray);
# Line 463  if(IS_CANSELED()) continue; Line 425  if(IS_CANSELED()) continue;
425                                          }                                          }
426                                  }                                  }
427    
428                                  const SetOfFigureOfMerit& setFOM = latFOM0.putLatticeFigureOfMerit().putFiguresOfMerit();                                  const LatticeFigureOfMerit::SetOfFigureOfMerit& setFOM = latFOM0.putLatticeFigureOfMerit().putFiguresOfMerit();
429                                  if( setFOM.putFigureOfMeritWu() < MIN_NormM ) continue;                                  if( setFOM.putFigureOfMeritWu() < MIN_NormM ) continue;
430                                  if( setFOM.putReversedFigureOfMerit() < MIN_RevM ) continue;                                  if( setFOM.putReversedFigureOfMerit() < MIN_RevM ) continue;
431    
432                                  if( eCrystalSystem(i) == Monoclinic_P )                                  if( eBravaisType(i) == Monoclinic_P )
433                                  {                                  {
434                                          if( JudgeSymmetry[Hexagonal] )                                          if( JudgeSymmetry[Hexagonal] )
435                                          {                                          {
436                                                  putLatticeFigureOfMerit(latFOM0, D6h, m_cv2, latFOM_tray);                                                  latFOM0.putLatticesOfHigherSymmetry(D6h, m_cv2, latFOM_tray);
437  #ifdef _OPENMP  #ifdef _OPENMP
438                                                  #pragma omp critical (hex)                                                  #pragma omp critical (hex)
439  #endif  #endif
# Line 480  if(IS_CANSELED()) continue; Line 442  if(IS_CANSELED()) continue;
442                                                  }                                                  }
443                                          }                                          }
444                                  }                                  }
445                                  else if( eCrystalSystem(i) == Monoclinic_B )                                  else if( eBravaisType(i) == Monoclinic_B )
446                                  {                                  {
447                                          if( JudgeSymmetry[Orthorhombic_C] )                                          if( JudgeSymmetry[Orthorhombic_C] )
448                                          {                                          {
449                                                  putLatticeFigureOfMerit(latFOM0, D2h, m_cv2, latFOM_tray);                                                  latFOM0.putLatticesOfHigherSymmetry(D2h, m_cv2, latFOM_tray);
450  #ifdef _OPENMP  #ifdef _OPENMP
451                                                  #pragma omp critical (ortho_B)                                                  #pragma omp critical (ortho_B)
452  #endif  #endif
# Line 493  if(IS_CANSELED()) continue; Line 455  if(IS_CANSELED()) continue;
455                                                  }                                                  }
456                                          }                                          }
457                                  }                                  }
458                                  else if( eCrystalSystem(i) == Orthorhombic_P )                                  else if( eBravaisType(i) == Orthorhombic_P )
459                                  {                                  {
460                                          if( JudgeSymmetry[Tetragonal_P] )                                          if( JudgeSymmetry[Tetragonal_P] )
461                                          {                                          {
462                                                  putLatticeFigureOfMerit(latFOM0, D4h_Z, m_cv2, latFOM_tray);                                                  latFOM0.putLatticesOfHigherSymmetry(D4h_Z, m_cv2, latFOM_tray);
463  #ifdef _OPENMP  #ifdef _OPENMP
464                                                  #pragma omp critical (tetra_P)                                                  #pragma omp critical (tetra_P)
465  #endif  #endif
# Line 507  if(IS_CANSELED()) continue; Line 469  if(IS_CANSELED()) continue;
469                                          }                                          }
470                                          if( JudgeSymmetry[Cubic_P] )                                          if( JudgeSymmetry[Cubic_P] )
471                                          {                                          {
472                                                  putLatticeFigureOfMerit(latFOM0, Oh, m_cv2, latFOM_tray);                                                  latFOM0.putLatticesOfHigherSymmetry(Oh, m_cv2, latFOM_tray);
473  #ifdef _OPENMP  #ifdef _OPENMP
474                                                  #pragma omp critical (cubic_P)                                                  #pragma omp critical (cubic_P)
475  #endif  #endif
# Line 516  if(IS_CANSELED()) continue; Line 478  if(IS_CANSELED()) continue;
478                                                  }                                                  }
479                                          }                                          }
480                                  }                                  }
481                                  else if( eCrystalSystem(i) == Orthorhombic_I )                                  else if( eBravaisType(i) == Orthorhombic_I )
482                                  {                                  {
483                                          if( JudgeSymmetry[Tetragonal_I] )                                          if( JudgeSymmetry[Tetragonal_I] )
484                                          {                                          {
485                                                  putLatticeFigureOfMerit(latFOM0, D4h_Z, m_cv2, latFOM_tray);                                                  latFOM0.putLatticesOfHigherSymmetry(D4h_Z, m_cv2, latFOM_tray);
486  #ifdef _OPENMP  #ifdef _OPENMP
487                                                  #pragma omp critical (tetra_I)                                                  #pragma omp critical (tetra_I)
488  #endif  #endif
# Line 530  if(IS_CANSELED()) continue; Line 492  if(IS_CANSELED()) continue;
492                                          }                                          }
493                                          if( JudgeSymmetry[Cubic_I] )                                          if( JudgeSymmetry[Cubic_I] )
494                                          {                                          {
495                                                  putLatticeFigureOfMerit(latFOM0, Oh, m_cv2, latFOM_tray);                                                  latFOM0.putLatticesOfHigherSymmetry(Oh, m_cv2, latFOM_tray);
496  #ifdef _OPENMP  #ifdef _OPENMP
497                                                  #pragma omp critical (cubic_I)                                                  #pragma omp critical (cubic_I)
498  #endif  #endif
# Line 539  if(IS_CANSELED()) continue; Line 501  if(IS_CANSELED()) continue;
501                                                  }                                                  }
502                                          }                                          }
503                                  }                                  }
504                                  else if( eCrystalSystem(i) == Orthorhombic_F )                                  else if( eBravaisType(i) == Orthorhombic_F )
505                                  {                                  {
506                                          if( JudgeSymmetry[Cubic_F] )                                          if( JudgeSymmetry[Cubic_F] )
507                                          {                                          {
508                                                  putLatticeFigureOfMerit(latFOM0, Oh, m_cv2, latFOM_tray);                                                  latFOM0.putLatticesOfHigherSymmetry(Oh, m_cv2, latFOM_tray);
509  #ifdef _OPENMP  #ifdef _OPENMP
510                                                  #pragma omp critical (cubic_F)                                                  #pragma omp critical (cubic_F)
511  #endif  #endif
# Line 557  if(IS_CANSELED()) continue; Line 519  if(IS_CANSELED()) continue;
519  /*   2011.10.19 VIC Tamura */  /*   2011.10.19 VIC Tamura */
520  CHECK_INTERRUPTION();  CHECK_INTERRUPTION();
521    
522                  sort( lattice_result[i].begin(), lattice_result[i].end(), LatticeFigureOfMeritToCheckSymmetry::cmpFOMdeWolff );                  sort( lattice_result[i].begin(), lattice_result[i].end(), VCLatticeFigureOfMeritToCheckSymmetry::cmpFOMdeWolff );
523                  if( MAX_SIZE < lattice_result[i].size() )                  if( MAX_SIZE < (Int4)lattice_result[i].size() )
524                  {                  {
525                          lattice_result[i].erase( lattice_result[i].begin() + MAX_SIZE, lattice_result[i].end() );                          lattice_result[i].erase( lattice_result[i].begin() + MAX_SIZE, lattice_result[i].end() );
526                  }                  }
# Line 569  CHECK_INTERRUPTION(); Line 531  CHECK_INTERRUPTION();
531                          lattice_result[i][n].setLabel(n+1);                          lattice_result[i][n].setLabel(n+1);
532                  }                  }
533    
534  ZLOG_INFO( "(" + num2str( i+1 ) + ") The number of candidates for " + put_cs_name(eCrystalSystem(i), abc_axis)  ZLOG_INFO( "(" + num2str( i+1 ) + ") The number of candidates for " + put_bravais_type_name(eBravaisType(i), abc_axis)
535                          + " : " + num2str<Int4>( lattice_result[i].size() ) + "\n" );                          + " : " + num2str<Int4>( lattice_result[i].size() ) + "\n" );
536          }          }
537  ZLOG_INFO( "\n" );  ZLOG_INFO( "\n" );
# Line 584  ZLOG_INFO( "\n" ); Line 546  ZLOG_INFO( "\n" );
546  void SortingLattice::putLatticeCandidatesForEachBravaisTypes(const vector<SymMat43_VCData>& S_super,  void SortingLattice::putLatticeCandidatesForEachBravaisTypes(const vector<SymMat43_VCData>& S_super,
547                                          const Double& MIN_NormM,                                          const Double& MIN_NormM,
548                                          const Double& MIN_RevM,                                          const Double& MIN_RevM,
549                                          const size_t& MAX_SIZE,                                          const Int4& MAX_SIZE,
550                                          const eABCaxis& abc_axis,                                          const eABCaxis& abc_axis,
551                                          const eRHaxis& rh_axis,                                          const eRHaxis& rh_axis,
552                                          vector<LatticeFigureOfMeritToCheckSymmetry> lattice_result[NUM_LS]) const                                          vector<VCLatticeFigureOfMeritToCheckSymmetry> lattice_result[NUM_LS]) const
553  {  {
554          vector<LatticeFigureOfMeritToCheckSymmetry>& lattice_result_tri = lattice_result[(Int4)Triclinic];          vector<VCLatticeFigureOfMeritToCheckSymmetry>& lattice_result_tri = lattice_result[(size_t)Triclinic];
555          putLatticeCandidatesForTriclinic(S_super, MIN_NormM, MIN_RevM, lattice_result_tri);          putLatticeCandidatesForTriclinic(S_super, MIN_NormM, MIN_RevM, lattice_result_tri);
556    
557  ZLOG_INFO( "Determination of the Bravais type is being carried out...\n(Solutions with " + putLabel(SCWuM) + " less than " + num2str(MIN_NormM)  ZLOG_INFO( "Determination of the Bravais type is being carried out...\n(Solutions with " + putLabel(SCWuM) + " less than " + num2str(MIN_NormM)
# Line 606  ZLOG_INFO( "All the unit-cell parameters Line 568  ZLOG_INFO( "All the unit-cell parameters
568    
569    
570  void SortingLattice::setNumberOfNeighbors(const eABCaxis& baxis_flag,  void SortingLattice::setNumberOfNeighbors(const eABCaxis& baxis_flag,
571                  bool (*CmpFunc)(const LatticeFigureOfMeritToCheckSymmetry&, const LatticeFigureOfMeritToCheckSymmetry&),                  bool (*CmpFunc)(const VCLatticeFigureOfMeritToCheckSymmetry&, const VCLatticeFigureOfMeritToCheckSymmetry&),
572                  vector<LatticeFigureOfMeritToCheckSymmetry> lattice_result[NUM_LS]) const                  vector<VCLatticeFigureOfMeritToCheckSymmetry> lattice_result[NUM_LS]) const
573  {  {
574    
575  #ifdef _OPENMP  #ifdef _OPENMP
576                  #pragma omp for                  #pragma omp for
577  #endif  #endif
578          for(ArrayIndex i=0; i<NUM_LS; i++)          for(Int4 i=0; i<NUM_LS; i++)
579          {          {
580                  if( !OutputSymmetry[i] ) continue;                  if( !OutputSymmetry[(size_t)i] ) continue;
581    
582                  stable_sort( lattice_result[i].begin(), lattice_result[i].end() ); // Sort by the unit-cell volume.                  stable_sort( lattice_result[i].begin(), lattice_result[i].end() ); // Sort by the unit-cell volume.
583                  for(vector<LatticeFigureOfMeritToCheckSymmetry>::iterator it=lattice_result[i].begin(); it<lattice_result[i].end(); it++)                  for(vector<VCLatticeFigureOfMeritToCheckSymmetry>::iterator it=lattice_result[i].begin(); it<lattice_result[i].end(); it++)
584                  {                  {
585                          it->putNumberOfLatticesInNeighborhood() = 0;                          it->putNumberOfLatticesInNeighborhood() = 0;
586                  }                  }
587          }          }
588    
589          const Double coef_lower = 1.0 - sqrt(3.0)*m_resol2;          const Double coef_lower = 1.0 - m_resol*3.0;
590          const Double coef_upper = 1.0 + sqrt(3.0)*m_resol2;          const Double coef_upper = 1.0 + m_resol*3.0;
591    
592          Vec_INT index_tray(put_cs_num());          Vec_INT index_tray(put_number_of_bravais_types(), 0);
593    
594  /*   2011.10.19 VIC Tamura */  /*   2011.10.19 VIC Tamura */
595  Int4 SUM=0, LOOP_COUNTER=0;  Int4 SUM=0, LOOP_COUNTER=0;
596  for(Int4 i=0; i<NUM_LS; i++ ) { SUM += lattice_result[i].size(); }  for(Int4 i=0; i<NUM_LS; i++ ) { SUM += lattice_result[(size_t)i].size(); }
597    
598  #ifdef _OPENMP  #ifdef _OPENMP
599                          #pragma omp for                          #pragma omp for
600  #endif  #endif
601          for(ArrayIndex i=0; i<NUM_LS; i++)          for(Int4 i=0; i<NUM_LS; i++)
602          {          {
603                  if( !OutputSymmetry[i] ) continue;                  if( !OutputSymmetry[(size_t)i] ) continue;
604    
605                  const Int4 num_lattice = lattice_result[i].size();                  const size_t num_lattice = lattice_result[i].size();
606    
607                  for(Int4 index=0; index<num_lattice; index++)                  for(size_t index=0; index<num_lattice; index++)
608                  {                  {
609  /*   2011.10.19 VIC Tamura */  /*   2011.10.19 VIC Tamura */
610  SET_PROGRESS(100*(LOOP_COUNTER++)/SUM, 97, 1); // critical, but works  SET_PROGRESS(100*(LOOP_COUNTER++)/SUM, 97, 1); // critical, but works
611  if(IS_CANSELED()) continue;  if(IS_CANSELED()) continue;
612    
613                          LatticeFigureOfMeritToCheckSymmetry& latFOM0 = lattice_result[i][index];                          VCLatticeFigureOfMeritToCheckSymmetry& latFOM0 = lattice_result[i][index];
614                          const LatticeFigureOfMerit& latFOM0_prim = latFOM0.putLatticeFigureOfMerit();                          const LatticeFigureOfMerit& latFOM0_prim = latFOM0.putLatticeFigureOfMerit();
615                          if( latFOM0.putNumberOfLatticesInNeighborhood() < 0 ) continue;                          if( latFOM0.putNumberOfLatticesInNeighborhood() < 0 ) continue;
616    
617                          const Double& detS = latFOM0_prim.putDeterminantOfGramMatrix();                          const Double& detS = latFOM0_prim.putDeterminantOfGramMatrix();
618                          const Int4 ibegin = distance( lattice_result[i].begin(), lower_bound( lattice_result[i].begin(), lattice_result[i].end(), detS*coef_lower ) );                          const size_t ibegin = distance( lattice_result[i].begin(), lower_bound( lattice_result[i].begin(), lattice_result[i].end(), detS*coef_lower ) );
619                          const Int4 iend = distance( lattice_result[i].begin(), upper_bound( lattice_result[i].begin(), lattice_result[i].end(), detS*coef_upper ) );                          const size_t iend = distance( lattice_result[i].begin(), upper_bound( lattice_result[i].begin()+ibegin, lattice_result[i].end(), detS*coef_upper ) );
620    
621                          Int4 count=0;                          Int4 count=0;
622                          if( i == (Int4)Triclinic )                          if( i == (size_t)Triclinic )
623                          {                          {
624                                  const ReducedLatticeToCheckEquiv RLCS(m_resol2, latFOM0_prim.putOptimizedForm());                                  const ReducedLatticeToCheckEquiv RLCS(m_resol, latFOM0_prim.putSellingReducedForm());
625                                  for(Int4 index2=ibegin; index2<iend; index2++)                                  for(size_t index2=ibegin; index2<iend; index2++)
626                                  {                                  {
627                                          if( index2 == index ) continue;                                          if( index2 == index ) continue;
628    
629                                          LatticeFigureOfMeritToCheckSymmetry& latFOM2 = lattice_result[i][index2];                                          VCLatticeFigureOfMeritToCheckSymmetry& latFOM2 = lattice_result[i][index2];
630                                          const LatticeFigureOfMerit& latFOM2_prim = latFOM2.putLatticeFigureOfMerit();                                          const LatticeFigureOfMerit& latFOM2_prim = latFOM2.putLatticeFigureOfMerit();
631    
632                                          // lattice_result_tri[index2] equals trans_mat * RLCB.m_S_super_obtuse * Transpose(trans_mat)                                          // lattice_result_tri[index2] equals trans_mat * RLCB.m_S_super_obtuse * Transpose(trans_mat)
# Line 675  if(IS_CANSELED()) continue; Line 637  if(IS_CANSELED()) continue;
637                                                  {                                                  {
638                                                          if( latFOM2.putNumberOfLatticesInNeighborhood() >= 0 )                                                          if( latFOM2.putNumberOfLatticesInNeighborhood() >= 0 )
639                                                          {                                                          {
640                                                                    latFOM2.putNumberOfLatticesInNeighborhood() += 1;
641                                                                  count = -1;                                                                  count = -1;
642                                                                  break;                                                                  break;
643                                                          }                                                          }
# Line 689  if(IS_CANSELED()) continue; Line 652  if(IS_CANSELED()) continue;
652                          }                          }
653                          else                          else
654                          {                          {
655                                  for(Int4 index2=ibegin; index2<iend; index2++)                                  for(size_t index2=ibegin; index2<iend; index2++)
656                                  {                                  {
657                                          if( index2 == index ) continue;                                          if( index2 == index ) continue;
658    
659                                          LatticeFigureOfMeritToCheckSymmetry& latFOM2 = lattice_result[i][index2];                                          VCLatticeFigureOfMeritToCheckSymmetry& latFOM2 = lattice_result[i][index2];
660                                          const LatticeFigureOfMerit& latFOM2_prim = latFOM2.putLatticeFigureOfMerit();                                          const LatticeFigureOfMerit& latFOM2_prim = latFOM2.putLatticeFigureOfMerit();
661    
662                                          // *it2 equals trans_mat * RLCS.m_S_super_obtuse * Transpose(trans_mat)                                          // *it2 equals trans_mat * RLCS.m_S_super_obtuse * Transpose(trans_mat)
663                                          if( check_equiv_m( latFOM0_prim.putInverseOfMinkowskiReducedForm(), latFOM2_prim.putInverseOfMinkowskiReducedForm(), m_resol2 ) )                                          if( check_equiv_m( latFOM0_prim.putInverseOfBuergerReducedForm(), latFOM2_prim.putInverseOfBuergerReducedForm(), m_resol ) )
664                                          {                                          {
665                                                  // Compare the figures of merit.                                                  // Compare the figures of merit.
666                                                  if( CmpFunc( latFOM2, latFOM0 ) )                                                  if( CmpFunc( latFOM2, latFOM0 ) )
667                                                  {                                                  {
668                                                          if( latFOM2.putNumberOfLatticesInNeighborhood() >= 0 )                                                          if( latFOM2.putNumberOfLatticesInNeighborhood() >= 0 )
669                                                          {                                                          {
670                                                                    latFOM2.putNumberOfLatticesInNeighborhood() += 1;
671                                                                  count = -1;                                                                  count = -1;
672                                                                  break;                                                                  break;
673                                                          }                                                          }
# Line 722  if(IS_CANSELED()) continue; Line 686  if(IS_CANSELED()) continue;
686    
687                  Int4& index = index_tray[i];                  Int4& index = index_tray[i];
688                  index = 0;                  index = 0;
689                  for(vector<LatticeFigureOfMeritToCheckSymmetry>::const_iterator it=lattice_result[i].begin(); it<lattice_result[i].end(); it++)                  for(vector<VCLatticeFigureOfMeritToCheckSymmetry>::const_iterator it=lattice_result[i].begin(); it<lattice_result[i].end(); it++)
690                  {                  {
691                          if( it->putNumberOfLatticesInNeighborhood() >= 0 ) index++;                          if( it->putNumberOfLatticesInNeighborhood() >= 0 ) index++;
692                  }                  }
# Line 731  if(IS_CANSELED()) continue; Line 695  if(IS_CANSELED()) continue;
695  /*   2011.10.19 VIC Tamura */  /*   2011.10.19 VIC Tamura */
696  CHECK_INTERRUPTION();  CHECK_INTERRUPTION();
697    
698  for(ArrayIndex i=0; i<NUM_LS; i++)  for(Int4 i=0; i<NUM_LS; i++)
699  {  {
700          if( !OutputSymmetry[i] ) continue;          if( !OutputSymmetry[(size_t)i] ) continue;
701          ZLOG_INFO( "(" + num2str( i+1 ) + ") The number of candidates for " + put_cs_name(eCrystalSystem(i), baxis_flag)          ZLOG_INFO( "(" + num2str( i+1 ) + ") The number of candidates for " + put_bravais_type_name(eBravaisType(i), baxis_flag)
702                                          + " : " + num2str( lattice_result[i].size() ) + " -> " + num2str( index_tray[i] ) + "\n" );                                          + " : " + num2str( lattice_result[i].size() ) + " -> " + num2str( index_tray[i] ) + "\n" );
703  }  }
704  ZLOG_INFO( "\n" );  ZLOG_INFO( "\n" );
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