From kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp Tue Apr 1 17:57:16 2014 From: kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp (Teppei Kinoshita) Date: Tue, 1 Apr 2014 17:57:16 +0900 Subject: [Eos-document] =?iso-2022-jp?b?GyRCIVobKEJFb3NwZWRpYRskQkZ8GyhC?= =?iso-2022-jp?b?GyRCSnMhWxsoQjQbJEI3bhsoQjEbJEJGfBsoQigbJEIyUBsoQik=?= Message-ID: eos-documentメンバー各位 木下 哲平です。お世話になっております。 本日、4月1日(火)のEospedia編集内容を報告致します。 -単粒子解析- 【編集項目】 2.3.1 -> 完了 【現在の編集状況】（単粒子解析内）(編集済み項目数 / 総項目数) 1: ２次元単粒子解析 未編集(0/1) 2: ３次元単粒子解析 編集中(1/8) 【報告事項】 フォーラムの回答、ありがとうございました。 既編集の項目やMakefileを参考にさせて頂きます。 記載事項が重複しそうなところはリンクを貼ろうかと思います。 Makefileの内容を理解することも兼ねて、先に2.3.1を編集しました。 【次回の活動予定】 次回は2.1.1 電顕画像の前処理から編集していきます。 以上、よろしくお願い致します。 木下 哲平 From noreply ＠ sourceforge.jp Wed Apr 2 15:17:01 2014 From: noreply ＠ sourceforge.jp (SourceForge Forum) Date: Wed, 02 Apr 2014 15:17:01 +0900 Subject: [Eos-document] =?iso-2022-jp?b?W2VvcyAtIBskQiVJJS0lZSVhJXMbKEI=?= =?iso-2022-jp?b?GyRCJUg6bkAuGyhCXSBSZTogGyRCIVpDMU4zO1IyckBPIVtFRTtSGyhC?= =?iso-2022-jp?b?GyRCODJIeTZAMmhBfCROQTA9aE19GyhC?= Message-ID: <1396419421.276833.23548.nullmailer@sourceforge.jp> このメールはSourceForge.JPのフォーラムからの自動転送です。 注意: このメールに返信しても単に無視されます。 フォーラムメッセージへの返信は以下のURLにアクセスしてください: https://sourceforge.jp/projects/eos/forums/31695/35230/72348/ 投稿者: kinoshita-eos (kinoshita-eos) [メッセージ #72309 への返信] > > CTF補正 > > 　ＣＴＦ補正をかけるためには予めの画像にmrcImageCTFObserva tionを使って、ＣＴＦをかけておく必要があります。 2点ほど確認させて頂きます。 (1) 具体的なコマンドの流れは以下のようになるのでしょう か。 観察対象(2D) ↓　mrcImageCTFObservation CTFが掛かった観察対象(2D) ↓　mrcImageFFT CTFが掛かった観察対象(FFT) ↓　ctfDisplayでctfinfoファイル作成 -> mrcImageCTFCompensation CTF補正完了(2D) (2) mrcImageCTFObservationの役割はCTF補正の前処理だということで しょうか。 　 ※ ユーザーがFFTを意識せずにCTF補正を行うコマンドと思 っていました。 (2-1) 処理は以下のように考えてました。 入力 ↓ 2Dデータ ↓　FFT FFTデータ ↓　CTF FFTデータ(CTFを掛けた後) ↓　FFT 2Dデータ(CTFを掛けた後) ↓ 出力 (2-2) 以前、ウィナーフィルタについてご教授頂いたときに (Evernote: 共通の2013.12.19に画像があります) 観測2Dデータ: gの正体は g ＝ (真データ f) ＊ (点広がり関数 PSF) + (ノイズ n) にて構成されていて、これをFFTした観測FFTデータ: Gは G ＝ (真FFTデータ F) ・ (コントラスト伝達関数 CTF) + (ノイズ N) となり、このGについてウィナーフィルタを掛けるとお聞き しました。 ですので、FFTデータをctfDisplayで観察して掛けるCTFのデータ を設定して、 mrcImageCTFCompensationなどを施すものだと思っていました。 (2-3) (2-2)の式と(2-1)の動作をふまえるとmrcImageCTFObservationは 入力: g ↓ g ＝ f ＊ PSF + n ↓　FFT G ＝ F ・ CTF + N ↓　CTF0 (上記のCTFとは異なる) G ・ CTF0 ＝ F ・ CTF0 ・ CTF + N ・ CTF0 G ・ CTF0 ＝ F ・ CTF' + N' ↓　FFT g' ＝ f ＊ PSF' + n' ↓ 出力 となり、fに影響を与えにくいようなCTF0を選んで処理すると g'の時点でCTF補正されるのではないかと思いました。 (ctfDisplayを使ってCTF0を決める) これは、通常CTF補正を一回で完了させる訳ではなく、 徐々に補正するためにまずmrcImageCTFObservationを行うという意 味でしょうか。 ______________________________________________________________________ Eos-Image Analysis Environment プロジェクトはフォーラムへの投稿をプロジェクトメンバーに メール送信するように設定されています。 設定の詳細に関しては、プロジェクト管理者に確認してください。 From noreply ＠ sourceforge.jp Wed Apr 2 15:43:20 2014 From: noreply ＠ sourceforge.jp (SourceForge Forum) Date: Wed, 02 Apr 2014 15:43:20 +0900 Subject: [Eos-document] =?iso-2022-jp?b?W2VvcyAtIBskQiVJJS0lZSVhJXMbKEI=?= =?iso-2022-jp?b?GyRCJUg6bkAuGyhCXSBSZTogGyRCIVpDMU4zO1IyckBPIVtFRTtSGyhC?= =?iso-2022-jp?b?GyRCODJIeTZAMmhBfCROQTA9aE19GyhC?= Message-ID: <1396421000.528396.13529.nullmailer@sourceforge.jp> このメールはSourceForge.JPのフォーラムからの自動転送です。 注意: このメールに返信しても単に無視されます。 フォーラムメッセージへの返信は以下のURLにアクセスしてください: https://sourceforge.jp/projects/eos/forums/31695/35230/72351/ 投稿者: kinoshita-eos (kinoshita-eos) [メッセージ #72348 への返信] 口答で頂いた内容をまとめます。 ありがとうございました。 > > 　ＣＴＦ補正をかけるためには予めの画像にmrcImageCTFObser vationを使って、ＣＴＦをかけておく必要があります。 > (1) 具体的なコマンドの流れは以下のようになるのでしょ うか。 > > 観察対象(2D) > ↓　mrcImageCTFObservation > CTFが掛かった観察対象(2D) > ↓　mrcImageFFT > CTFが掛かった観察対象(FFT) > ↓　ctfDisplayでctfinfoファイル作成 -> mrcImageCTFCompensation > CTF補正完了(2D) 観察対象用のデータを作るためにmrcImageを使用する。 参照データ(2D) ↓　mrcImageCTFObservation 観察対象(2D): (本当に電子顕微鏡で撮った場合はここから始まる) ↓　mrcImageFFT 観察対象(FFT) ↓　CTF補正 CTF補正済み(FFT) 注意: ノイズ入りファイルを作るときは、CTF -> ノイズ の順で処理を施す。 > > (2) mrcImageCTFObservationの役割はCTF補正の前処理だということ でしょうか。 > 　 ※ ユーザーがFFTを意識せずにCTF補正を行うコマンドと 思っていました。 モデルデータからCTF補正が必要なデータを作ることができ るコマンド。 (CTFの答えが分からないとうまく補正できないので) ______________________________________________________________________ Eos-Image Analysis Environment プロジェクトはフォーラムへの投稿をプロジェクトメンバーに メール送信するように設定されています。 設定の詳細に関しては、プロジェクト管理者に確認してください。 From kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp Wed Apr 2 18:13:08 2014 From: kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp (Teppei Kinoshita) Date: Wed, 2 Apr 2014 18:13:08 +0900 Subject: [Eos-document] =?iso-2022-jp?b?GyRCIVobKEJFb3NwZWRpYRskQkZ8GyhC?= =?iso-2022-jp?b?GyRCSnMhWxsoQjQbJEI3bhsoQjIbJEJGfBsoQigbJEI/ZRsoQik=?= Message-ID: <1B3ED410-7768-45B1-BCC9-A566804F0C7F@yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp> eos-documentメンバー各位 木下 哲平です。お世話になっております。 本日、4月2日(水)のEospedia編集内容を報告致します。 -単粒子解析- 【編集項目】 2.1.1 -> CTF補正のみ完了 (他にもいくつか前処理を記載する予定です) 【現在の編集状況】（単粒子解析内）(編集済み項目数 / 総項目数) 1: ２次元単粒子解析 未編集(0/1) 2: ３次元単粒子解析 編集中(1/8) 【報告事項】 CTF補正の件、理解しました。 ご教授頂きありがとうございました。 【次回の活動予定】 次回は2.1.2 電子顕微鏡画像からの粒子画像の抽出について編集していきます。 2.1.1 の別の前処理についても編集する予定です。 以上、よろしくお願い致します。 木下 哲平 From kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp Thu Apr 3 17:43:00 2014 From: kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp (Teppei Kinoshita) Date: Thu, 3 Apr 2014 17:43:00 +0900 Subject: [Eos-document] =?iso-2022-jp?b?GyRCIVobKEJFb3NwZWRpYRskQkZ8GyhC?= =?iso-2022-jp?b?GyRCSnMhWxsoQjQbJEI3bhsoQjMbJEJGfBsoQigbJEJMWhsoQik=?= Message-ID: <60C4314A-2CEA-4D8A-8ADF-2A6BFC8CA87C@yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp> eos-documentメンバー各位 木下 哲平です。お世話になっております。 本日、4月3日(木)のEospedia編集内容を報告致します。 -単粒子解析- 【編集項目】 2.1.2: 完了 2.2.1: 完了(さらに下位の項目も追加しました) 【現在の編集状況】（単粒子解析内）(編集済み項目数 / 総項目数) 1: ２次元単粒子解析 未編集(0/1) 2: ３次元単粒子解析 編集中(3/8) 【報告事項】 ３次元再構成を実際に行いながら進めています。 現在、何度も繰り返し処理を行うと３次元データが円筒になってしまいますが、 回転軸、刻み幅やデータを変えて試し、内容をまとめて報告または編集をしようと思います。 【次回の活動予定】 次回は上記の報告事項を確認しつつ、2.3.2 角度決定の項目を編集する予定です。 以上、よろしくお願い致します。 木下 哲平 From noreply ＠ sourceforge.jp Fri Apr 4 13:45:28 2014 From: noreply ＠ sourceforge.jp (SourceForge Forum) Date: Fri, 04 Apr 2014 13:45:28 +0900 Subject: [Eos-document] =?iso-2022-jp?b?W2VvcyAtIBskQiVJJS0lZSVhJXMbKEI=?= =?iso-2022-jp?b?GyRCJUg6bkAuGyhCXSAbJEIhWkMxTjM7UjJyQE8hWzcrJGpKViQ3GyhC?= =?iso-2022-jp?b?KBskQkA6TCkyPRsoQikbJEI9aE19JEskRCQkJEYbKEI=?= Message-ID: <1396586728.379076.2491.nullmailer@sourceforge.jp> このメールはSourceForge.JPのフォーラムからの自動転送です。 注意: このメールに返信しても単に無視されます。 フォーラムメッセージへの返信は以下のURLにアクセスしてください: https://sourceforge.jp/projects/eos/forums/31695/35255/72399/ 投稿者: kinoshita-eos (kinoshita-eos) ３次元再構成の「繰り返し(精密化)」についてです。 【疑問点】 ３次元再構成の繰り返し(精密化)は「参照付投影角度決定」 のMakefileでは make Again (出来上がった３次元像を新たな参照像とする) make All (電顕画像と新たな参照像で３次元再構成) に当たり、方向性の決定までを目標とした項目なのでしょ うか。 ______________________________________________________________________ Eos-Image Analysis Environment プロジェクトはフォーラムへの投稿をプロジェクトメンバーに メール送信するように設定されています。 設定の詳細に関しては、プロジェクト管理者に確認してください。 From noreply ＠ sourceforge.jp Fri Apr 4 13:54:18 2014 From: noreply ＠ sourceforge.jp (SourceForge Forum) Date: Fri, 04 Apr 2014 13:54:18 +0900 Subject: [Eos-document] =?iso-2022-jp?b?W2VvcyAtIBskQiVJJS0lZSVhJXMbKEI=?= =?iso-2022-jp?b?GyRCJUg6bkAuGyhCXSBSZTogGyRCIVpDMU4zO1IyckBPIVs3KyRqGyhC?= =?iso-2022-jp?b?GyRCSlYkNxsoQigbJEJAOkwpMj0bKEIpGyRCPWhNfSRLJEQkJCRGGyhC?= Message-ID: <1396587258.052419.1617.nullmailer@sourceforge.jp> このメールはSourceForge.JPのフォーラムからの自動転送です。 注意: このメールに返信しても単に無視されます。 フォーラムメッセージへの返信は以下のURLにアクセスしてください: https://sourceforge.jp/projects/eos/forums/31695/35255/72400/ 投稿者: Takuo Yasunaga (tacyas) 投影方向が決定すれば、でてくる３Ｄ画像が決定できたこ とになります。 精密化は、投影方向、面内回転、並行移動の５つのパラメ ータを正確に決定することが目的です。 　make All は、現在の参照像に対して、もっともよいと考える５つの パラメータを決定します。 make Again により、参照像を入れ替えます。 これを何度も繰り返し、変化がなくなるまで繰り返します 。 単粒子ワークショップで現在つかっているものは、この変 化の評価もできるものになっています。 そちらに置き換えますか。 以上です。 [メッセージ #72399 への返信] > ３次元再構成の「繰り返し(精密化)」についてです。 > > 【疑問点】 > ３次元再構成の繰り返し(精密化)は「参照付投影角度決定 」のMakefileでは > > make Again (出来上がった３次元像を新たな参照像とする) > make All (電顕画像と新たな参照像で３次元再構成) > > に当たり、方向性の決定までを目標とした項目なのでしょ うか。 ______________________________________________________________________ Eos-Image Analysis Environment プロジェクトはフォーラムへの投稿をプロジェクトメンバーに メール送信するように設定されています。 設定の詳細に関しては、プロジェクト管理者に確認してください。 From kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp Fri Apr 4 18:16:08 2014 From: kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp (Teppei Kinoshita) Date: Fri, 4 Apr 2014 18:16:08 +0900 Subject: [Eos-document] =?iso-2022-jp?b?GyRCIVobKEJFb3NwZWRpYRskQkZ8GyhC?= =?iso-2022-jp?b?GyRCSnMhWxsoQjQbJEI3bhsoQjQbJEJGfBsoQigbJEI2YhsoQik=?= Message-ID: eos-documentメンバー各位 木下 哲平です。お世話になっております。 本日、4月4日(金)のEospedia編集内容を報告致します。 -単粒子解析- 【編集項目】 2.3.2: 完了(ROIファイルの前処理として追加しました) 2.3.3: 完了 【現在の編集状況】（単粒子解析内）(編集済み項目数 / 総項目数) 1: ２次元単粒子解析 未編集(0/1) 2: ３次元単粒子解析 編集中(5/9) 【報告事項】 ３次元再構成うまくいきました。 円筒になっていた原因は.3dinfolstの改行がうまくいっていなかったためでした。 ご助言の通り.3dinfoファイルを見てみたところ全て0度のデータを取ってきていました。 修正したところうまくいきました。 「参照投影角度決定」の項目のMakefileの内容を修正しました。 【次回の活動予定】 2.3.4 ３次元像を再構成する 2.3.5 ３次元像の分解能・質の確認 について編集する予定です。 以上、よろしくお願い致します。 木下 哲平 From noreply ＠ sourceforge.jp Fri Apr 4 14:31:26 2014 From: noreply ＠ sourceforge.jp (SourceForge Forum) Date: Fri, 04 Apr 2014 14:31:26 +0900 Subject: [Eos-document] =?iso-2022-jp?b?W2VvcyAtIBskQiVJJS0lZSVhJXMbKEI=?= =?iso-2022-jp?b?GyRCJUg6bkAuGyhCXSAbJEIhWkMxTjM7UjJyQE8hWzNRRVk3aERqGyhC?= =?iso-2022-jp?b?GyRCJEglTiUkJTo9fDVuJE49Z0hWGyhC?= Message-ID: <1396589486.015494.23751.nullmailer@sourceforge.jp> このメールはSourceForge.JPのフォーラムからの自動転送です。 注意: このメールに返信しても単に無視されます。 フォーラムメッセージへの返信は以下のURLにアクセスしてください: https://sourceforge.jp/projects/eos/forums/31695/35256/72402/ 投稿者: kinoshita-eos (kinoshita-eos) 【疑問点】 前処理の回答にて、 > 目的は、方向性を決定することであり、最終的には方向性 を決定すれば、元の画像（ＣＴＦ補正後）をたくさんつか って、ノイズを落としたほうがよいと考えています。 とのことですが、これは角度を完全に決めて３次元像を完 成させてから、元の電顕画像(CTF補正後)(数百枚 ~ 数万枚)を使って出来上がった３次元像のノイズを落として いくという意味でしょうか。(２次元の段階で1枚1枚きっち りノイズを落とすことはせず、３次元像にしてからノイズ を落とす？) 【考察】 「参照付投影角度決定」のMakefileを見ながら、単粒子解析の 流れは以下のようになると考えました。 (処理A) 電顕画像(2Dスタック)(数百枚 ~ 数万枚？) ↓　前処理(CTF補正、ノイズ除去など) 補正画像(2Dスタック): データA (処理B) PDBファイルまたは元データなし ↓　pdb2mrc, mrcImageCreateなど 参照画像(3D) ↓　mrc3Dto2D 参照投影像(2Dスタック): データB (処理C) (データA) + (データB) ↓　mrcImageAutoRotationCorrelationおよびmakefileのような書き込み 処理 3dInfoファイル(mrc2Dto3D -Iで使用する): データC (処理D) (データA) + (データC) ↓　mrc2Dto3D ３次元像: (データD) (繰り返し処理) データDを新たな参照画像(3D)にする ↓ 処理B - D を繰り返し このループの完了データは前処理後の電顕画像と同程度の ノイズ入り３次元像になると思います。 なので、ここで出来上がった３次元像のノイズ除去を行う 処理を入れるないようにしようと思っています。 ______________________________________________________________________ Eos-Image Analysis Environment プロジェクトはフォーラムへの投稿をプロジェクトメンバーに メール送信するように設定されています。 設定の詳細に関しては、プロジェクト管理者に確認してください。 From noreply ＠ sourceforge.jp Fri Apr 4 14:59:02 2014 From: noreply ＠ sourceforge.jp (SourceForge Forum) Date: Fri, 04 Apr 2014 14:59:02 +0900 Subject: [Eos-document] =?iso-2022-jp?b?W2VvcyAtIBskQiVJJS0lZSVhJXMbKEI=?= =?iso-2022-jp?b?GyRCJUg6bkAuGyhCXSBSZTogGyRCIVpDMU4zO1IyckBPIVs3KyRqGyhC?= =?iso-2022-jp?b?GyRCSlYkNxsoQigbJEJAOkwpMj0bKEIpGyRCPWhNfSRLJEQkJCRGGyhC?= Message-ID: <1396591142.893408.14811.nullmailer@sourceforge.jp> このメールはSourceForge.JPのフォーラムからの自動転送です。 注意: このメールに返信しても単に無視されます。 フォーラムメッセージへの返信は以下のURLにアクセスしてください: https://sourceforge.jp/projects/eos/forums/31695/35255/72403/ 投稿者: kinoshita-eos (kinoshita-eos) [メッセージ #72400 への返信] > 投影方向が決定すれば、でてくる３Ｄ画像が決定できたこ とになります。 > 精密化は、投影方向、面内回転、並行移動の５つのパラメ ータを正確に決定することが目的です。 > 単粒子ワークショップで現在つかっているものは、この変 化の評価もできるものになっています。 > > そちらに置き換えますか。 回答ありがとうございます。 はい、できればそちらのMakefileの内容を頂けたらと思います 。 ______________________________________________________________________ Eos-Image Analysis Environment プロジェクトはフォーラムへの投稿をプロジェクトメンバーに メール送信するように設定されています。 設定の詳細に関しては、プロジェクト管理者に確認してください。 From kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp Mon Apr 7 18:08:37 2014 From: kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp (Teppei Kinoshita) Date: Mon, 7 Apr 2014 18:08:37 +0900 Subject: [Eos-document] =?iso-2022-jp?b?GyRCIVobKEJFb3NwZWRpYRskQkZ8GyhC?= =?iso-2022-jp?b?GyRCSnMhWxsoQjQbJEI3bhsoQjcbJEJGfBsoQigbJEI3bhsoQik=?= Message-ID: <0C18A5CF-2B13-40AF-AF0E-23C2EF0F57B0@yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp> eos-documentメンバー各位 木下 哲平です。お世話になっております。 本日、4月7日(月)のEospedia編集内容を報告致します。 -単粒子解析- 【編集項目】 2.3.4 ３次元像を再構成する 2.3.5 ３次元像の分解能・質の確認 【現在の編集状況と今後の予定】 繰り返し以外の３次元単粒子解析の項目は一通り編集しましたので、 各項目の追記方針を報告する形にします。 1: ２次元単粒子解析 未編集 2: ３次元単粒子解析 編集中 2.1 ROIの抽出: CTF補正以外の前処理を追記していく予定 2.2 参照画像の作成: 完了 2.3 ３次元再構成 別データでの例を追記していく予定 ・図法の変更 ・角度刻みの変更 ・元データ(PDBから)の変更 フーリエシェル相関の件と投影像の件、ありがとうございました。 角度決定したデータは自分自身の一部分同士で比較しなければならないことに注意します。 粒子に関しては地球->地図での図法を意識しながら考えていきます。 【次回の活動予定】 次回は別データで３次元再構成の例を追記していきます。 以上、よろしくお願い致します。 木下 哲平 From kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp Tue Apr 8 19:43:14 2014 From: kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp (Teppei Kinoshita) Date: Tue, 8 Apr 2014 19:43:14 +0900 Subject: [Eos-document] =?iso-2022-jp?b?GyRCIVobKEJFb3NwZWRpYRskQkZ8GyhC?= =?iso-2022-jp?b?GyRCSnMhWxsoQjQbJEI3bhsoQjgbJEJGfBsoQigbJEIyUBsoQik=?= Message-ID: <93B7DD39-77CA-4490-9065-5A16977CE9A8@yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp> eos-documentメンバー各位 木下 哲平です。お世話になっております。 本日、4月8日(火)のEospedia編集内容を報告致します。 -単粒子解析- 【編集項目】 オイラー角 例を追記 2.3.4 ３次元再構成 実行例を追加(角度刻みの変更) 【現在の編集状況と今後の予定】 1: ２次元単粒子解析 未編集 2: ３次元単粒子解析 編集中 2.1 ROIの抽出: CTF補正以外の前処理を追記していく予定 2.2 参照画像の作成: 完了 2.3 ３次元再構成 別データでの例を追記していく予定 ・図法の変更 ・元データ(PDBから)の変更 ひとまず角度刻みを変えて３次元再構成を行ったところyz軸もきれいにつくることができました。 【次回の活動予定】 引き続き３次元再構成の実行例を追記する予定です。 以上、よろしくお願い致します。 木下 哲平 From kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp Wed Apr 9 20:53:15 2014 From: kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp (Teppei Kinoshita) Date: Wed, 9 Apr 2014 20:53:15 +0900 Subject: [Eos-document] =?iso-2022-jp?b?GyRCIVobKEJFb3NwZWRpYRskQkZ8GyhC?= =?iso-2022-jp?b?GyRCSnMhWxsoQjQbJEI3bhsoQjkbJEJGfBsoQigbJEI/ZRsoQik=?= Message-ID: <938765EC-C184-481B-B5E6-F20F49E329D8@yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp> eos-documentメンバー各位 木下 哲平です。お世話になっております。 本日、4月9日(水)のEospedia編集内容を報告致します。 -単粒子解析- 【編集項目】 2.3 ３次元再構成 実行例を追加 【現在の編集状況と今後の予定】 1: ２次元単粒子解析 未編集 2: ３次元単粒子解析 編集中 2.1 ROIの抽出: CTF補正以外の前処理を追記していく予定 2.2 参照画像の作成: 完了 2.3 ３次元再構成 フーリエシェル相関の理由付けを追記する予定 繰り返し処理を追記する予定 フーリエシェル相関の理由付けを考えています。 【考察内容】 なぜ、0.05付近で相関値が再び上がっているのか 使用コマンド: mrcImageFourierShellCorrelation 入力データ：テストデータの直径: 約42.5オングストローム(Length: 2.5, Pixel: 17) 角度刻み(x軸, y軸: 60°刻み) 以上の条件データを２つに分けてそれぞれ３次元再構成したものを使用 こちらはまだ、結論づけられませんでしたので、 コマンドの待ち時間などを利用して、また考えます。 【次回の活動予定】 前処理の実行例を追記(CTF補正以外)する予定です。 以上、よろしくお願い致します。 木下 哲平 From kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp Thu Apr 10 17:46:15 2014 From: kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp (Teppei Kinoshita) Date: Thu, 10 Apr 2014 17:46:15 +0900 Subject: [Eos-document] =?iso-2022-jp?b?GyRCIVobKEJFb3NwZWRpYRskQkZ8GyhC?= =?iso-2022-jp?b?GyRCSnMhWxsoQjQbJEI3bhsoQjEwGyRCRnwbKEIoGyRCTFobKEIp?= Message-ID: eos-documentメンバー各位 木下 哲平です。お世話になっております。 本日、4月10日(木)のEospedia編集内容を報告致します。 -単粒子解析- 【編集項目】 2.1 前処理を追加(ローパスフィルタ、スムージング) 2.3 フーリエシェル相関の実行例を追加 【現在の編集状況と今後の予定】 1: ２次元単粒子解析 未編集 2: ３次元単粒子解析 編集中 2.1 ROIの抽出:完了 2.2 参照画像の作成: 完了 2.3 ３次元再構成 フーリエシェル相関の理由付けを追記する予定 繰り返し処理を追記する予定 正確な角度に補正される様子を記述します。 【次回の活動予定】 繰り返し処理を編集する予定です。 以上、よろしくお願い致します。 木下 哲平 From kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp Fri Apr 11 17:44:45 2014 From: kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp (Teppei Kinoshita) Date: Fri, 11 Apr 2014 17:44:45 +0900 Subject: [Eos-document] =?iso-2022-jp?b?GyRCIVobKEJFb3NwZWRpYRskQkZ8GyhC?= =?iso-2022-jp?b?GyRCSnMhWxsoQjQbJEI3bhsoQjExGyRCRnwbKEIoGyRCNmIbKEIp?= Message-ID: <707DA9E6-9378-4FD9-B626-6B182696F5F4@yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp> eos-documentメンバー各位 木下 哲平です。お世話になっております。 本日、4月11日(金)のEospedia編集内容を報告致します。 -単粒子解析- 【編集項目】 2.3 フーリエシェル相関の実行例を追加 ・ノイズ無し(2つ) ・枚数を多くしたパターン ※ 組み合わせを変えた場合と枚数を増やした場合では0.16 〜 0.19付近まで 　FSCが0.5を超えていました。 　FOMの例も増やしつつ説明できるように考えます。 【現在の編集状況と今後の予定】 1: ２次元単粒子解析 未編集 2: ３次元単粒子解析 編集中 2.1 ROIの抽出:完了 2.2 参照画像の作成: 完了 2.3 ３次元再構成 フーリエシェル相関の理由付けを追記する予定 繰り返し処理を追記する予定 正確な角度に補正される様子を記述します。 【次回の活動予定】 FOMの実行例を追記する予定です。(繰り返し処理は入力データを考え中です) 以上、よろしくお願い致します。 木下 哲平 From kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp Mon Apr 14 18:29:16 2014 From: kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp (Teppei Kinoshita) Date: Mon, 14 Apr 2014 18:29:16 +0900 Subject: [Eos-document] =?iso-2022-jp?b?GyRCIVobKEJFb3NwZWRpYRskQkZ8GyhC?= =?iso-2022-jp?b?GyRCSnMhWxsoQjQbJEI3bhsoQjE0GyRCRnwbKEIoGyRCN24bKEIp?= Message-ID: <79481BDC-3DD2-414D-A457-FCF035F5279E@yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp> eos-documentメンバー各位 木下 哲平です。お世話になっております。 本日、4月14日(月)のEospedia編集内容を報告致します。 -単粒子解析- 【編集項目】 2.3 フーリエシェル相関の実行例を追加 ・サイズ変更したパターン FOMの実行例を追加 ・ノイズ無しのパターン ・枚数を多くしたパターン 【現在の編集状況と今後の予定】 1: ２次元単粒子解析 未編集 2: ３次元単粒子解析 編集中 2.1 ROIの抽出:完了 2.2 参照画像の作成: 完了 2.3 ３次元再構成: フーリエシェル相関(画像は完了)の理由付けを追記する予定 繰り返し処理を追記する予定 正確な角度に補正される様子を記述します。 フーリエシェル相関のソースコード上の動作は理解できたかと思います。 しかし、相関値が0.5を超える周波数帯域にて理由付けが分からないところがありますので、 引き続きコマンドの待ち時間の合間で考えていきます。 【次回の活動予定】 繰り返し処理の実行例を追記する予定です。 1枚の画像に強いノイズを入れて、角度が徐々に補正される様子を記入する予定です。 以上、よろしくお願い致します。 木下 哲平 From kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp Tue Apr 15 17:46:46 2014 From: kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp (Teppei Kinoshita) Date: Tue, 15 Apr 2014 17:46:46 +0900 Subject: [Eos-document] =?iso-2022-jp?b?GyRCIVobKEJFb3NwZWRpYRskQkZ8GyhC?= =?iso-2022-jp?b?GyRCSnMhWxsoQjQbJEI3bhsoQjE1GyRCRnwbKEIoGyRCMlAbKEIp?= Message-ID: <2242571D-84D6-4B4F-ACA5-D781448C14B6@yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp> eos-documentメンバー各位 木下 哲平です。お世話になっております。 本日、4月15日(火)のEospedia編集内容を報告致します。 -単粒子解析- 【編集項目】 本日、編集した項目はございません。 【活動内容】 ３次元構成繰り返し処理のデータ作成及び方法の考案 ・予定していた１枚だけ強いノイズを入れる方法では調整される経過を得ることができませんでした。 -> テストデータを参照データから作成すると一回で決まってしまうためではないかと思います。 ・参照データとテストデータに別のPDBファイルを使用して観察します。 -> Makefileをループするようにスクリプトを組み、角度が変化しなくなるまで実行 (ノイズ毎の違いも観察するためノイズ無し、SN=0.2, 0.5, 1, 3, 5ほどパターンを作る) 【現在の編集状況と今後の予定】 1: ２次元単粒子解析 未編集 2: ３次元単粒子解析 編集中 2.1 ROIの抽出:完了 2.2 参照画像の作成: 完了 2.3 ３次元再構成: フーリエシェル相関(画像は完了)の理由付けを追記する予定 繰り返し処理を追記する予定 正確な角度に補正される様子を記述します。 【次回の活動予定】 報告しました通り、本日は繰り返し処理のためPCを点けたままにします。 次回はこの結果を「繰り返し処理」の項目に記録する予定です。 以上、よろしくお願い致します。 木下 哲平 From kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp Wed Apr 16 19:59:03 2014 From: kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp (Teppei Kinoshita) Date: Wed, 16 Apr 2014 19:59:03 +0900 Subject: [Eos-document] =?iso-2022-jp?b?GyRCIVobKEJFb3NwZWRpYRskQkZ8GyhC?= =?iso-2022-jp?b?GyRCSnMhWxsoQjQbJEI3bhsoQjE2GyRCRnwbKEIoGyRCP2UbKEIp?= Message-ID: <93E5F589-B0C4-4025-BC31-1CD4B5731975@yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp> 木下 哲平です。お世話になっております。 本日、4月16日(水)のEospedia編集内容を報告致します。 -単粒子解析- 【編集項目】 2.3 ３次元再構成: 繰り返し処理の実行例を1つ追記(第１軸のみの回転での角度の推移を編集) 【報告事項】 昨日実施した３次元再構成の繰り返し処理は失敗となりました。 (どの場合も同じような角度に固定されてしまい潰れてしまいました) 王さんから助言を頂いて、第１軸の回転のみで試してから徐々に他の回転も加える方針としました。 今後、繰り返し処理の為にPCを点けたままにすることもありますので、 ご都合が悪い場合がありましたらご連絡をお願いします。 【現在の編集状況と今後の予定】 1: ２次元単粒子解析 未編集 2: ３次元単粒子解析 編集中 2.1 ROIの抽出:完了 2.2 参照画像の作成: 完了 2.3 ３次元再構成: フーリエシェル相関(画像は完了)の理由付けを追記する予定 繰り返し処理: 実行例1完了: さらに追加する予定 【次回の活動予定】 「繰り返し処理」と「２次元単粒子解析」の項目を編集する予定です。 以上、よろしくお願い致します。 木下 哲平 From kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp Thu Apr 17 18:40:14 2014 From: kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp (Teppei Kinoshita) Date: Thu, 17 Apr 2014 18:40:14 +0900 Subject: [Eos-document] =?iso-2022-jp?b?GyRCIVobKEJFb3NwZWRpYRskQkZ8GyhC?= =?iso-2022-jp?b?GyRCSnMhWxsoQjQbJEI3bhsoQjE3GyRCRnwbKEIoGyRCTFobKEIp?= Message-ID: <6B3A5F15-2CAD-402F-9FFA-5CD2879BA198@yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp> 木下 哲平です。お世話になっております。 本日、4月17日(木)のEospedia編集内容を報告致します。 【活動内容】 MakeFileの作成 ２軸回転の繰り返し処理の準備(明日までループさせます) 作成したMakeFileも入力ファイルと組み合わせてアップロードする予定です。 　　【質問事項】 質問事項を２点フォーラムの方に挙げました。 【単粒子解析】２次元単粒子解析の流れ 【電子線トモグラフィー】各段落ごとの方針と疑問点 【現在の編集状況と今後の予定】 単粒子解析 質問事項１件 1: ２次元単粒子解析 未編集 2: ３次元単粒子解析 編集中 2.1 ROIの抽出:完了 2.2 参照画像の作成: 完了 2.3 ３次元再構成: フーリエシェル相関(画像は完了)の理由付けを追記する予定 繰り返し処理: 実行例1完了: さらに追加する予定 電子線トモグラフィー 質問事項１件 【次回の活動予定】 「繰り返し処理」と「２次元単粒子解析」、「電子線トモグラフィー」の項目を編集する予定です。 以上、よろしくお願い致します。 木下 哲平 From noreply ＠ sourceforge.jp Thu Apr 17 16:50:17 2014 From: noreply ＠ sourceforge.jp (SourceForge Forum) Date: Thu, 17 Apr 2014 16:50:17 +0900 Subject: [Eos-document] =?iso-2022-jp?b?W2VvcyAtIBskQiVJJS0lZSVhJXMbKEI=?= =?iso-2022-jp?b?GyRCJUg6bkAuGyhCXSAbJEIhWkMxTjM7UjJyQE8hWyMyPCE4NUMxGyhC?= =?iso-2022-jp?b?GyRCTjM7UjJyQE8kTk4uJGwbKEI=?= Message-ID: <1397721017.114530.27844.nullmailer@sourceforge.jp> このメールはSourceForge.JPのフォーラムからの自動転送です。 注意: このメールに返信しても単に無視されます。 フォーラムメッセージへの返信は以下のURLにアクセスしてください: https://sourceforge.jp/projects/eos/forums/31695/35324/72650/ 投稿者: kinoshita-eos (kinoshita-eos) 【引用】 「２次元単粒子解析」より 　２次元単粒子解析とは、２次元で得られている電子顕微 鏡投影像を分類し、それぞれを平均し、構造の違いを論じ るための解析方法を指します。 【質問1】 この項目は「前処理」 -> 「２D分析」の順で編集しようと思います。 「前処理」は３次元単粒子解析の前処理と同様と考えてい ます。 「２D分析」は３次元再構成のような流れ(Makefile)があるので しょうか。それとも、状況に応じてコマンドを1つずつ試し てデータを分析するのでしょうか。 【質問2】 「２D分析」で使用するコマンドは「クラスター解析」以外 にありますでしょうか。 例えば、 相関: mrcImageCorrelation 面積の計算: mrcImageAreaCalc 画像の統計処理: TTestやFTest、mrcImageVarianceAnalysis なども使用するのでしょうか。 ______________________________________________________________________ Eos-Image Analysis Environment プロジェクトはフォーラムへの投稿をプロジェクトメンバーに メール送信するように設定されています。 設定の詳細に関しては、プロジェクト管理者に確認してください。 From noreply ＠ sourceforge.jp Thu Apr 17 18:23:37 2014 From: noreply ＠ sourceforge.jp (SourceForge Forum) Date: Thu, 17 Apr 2014 18:23:37 +0900 Subject: [Eos-document] =?iso-2022-jp?b?W2VvcyAtIBskQiVJJS0lZSVhJXMbKEI=?= =?iso-2022-jp?b?GyRCJUg6bkAuGyhCXSAbJEIhWkVFO1JAfiVIJWIlMCVpJVUlIyE8GyhC?= =?iso-2022-jp?b?GyRCIVszRkNKTW4kNCRIJE5KfT9LJEg1P0xkRUAbKEI=?= Message-ID: <1397726617.161265.28097.nullmailer@sourceforge.jp> このメールはSourceForge.JPのフォーラムからの自動転送です。 注意: このメールに返信しても単に無視されます。 フォーラムメッセージへの返信は以下のURLにアクセスしてください: https://sourceforge.jp/projects/eos/forums/31695/35325/72651/ 投稿者: kinoshita-eos (kinoshita-eos) 「電子線トモグラフィー」の項目はすでに段落分けされて ますので、以下の方針で進めます。 1. 連続傾斜像撮影 　「単粒子解析」と同様に３Dモデルからmrc3Dto2Dで画像を作 成 2. 画像の補正 　「CTF補正などは必要ありません」とあるので実行例無し 3. ラフ・アラインメント 　窓関数で補正 -> 相関関数で向きを決めてFITファイルを作成 　(Q)「単粒子解析」と同じ方法でよいでしょうか。 4. ファイン・アラインメント 　「傾斜画像の軸の位置、角度を出来る限り一致させます 。」とあります。 　(Q)これはmrcImageTiltAxisSearchなどで傾斜のずれを算出するこ とを指しているのでしょうか。 5. ３次元再構成 　(Q) ３次元再構成ではラドン変換を使用することになるの でしょうか。 ______________________________________________________________________ Eos-Image Analysis Environment プロジェクトはフォーラムへの投稿をプロジェクトメンバーに メール送信するように設定されています。 設定の詳細に関しては、プロジェクト管理者に確認してください。 From noreply ＠ sourceforge.jp Thu Apr 17 18:55:04 2014 From: noreply ＠ sourceforge.jp (SourceForge Forum) Date: Thu, 17 Apr 2014 18:55:04 +0900 Subject: [Eos-document] =?iso-2022-jp?b?W2VvcyAtIBskQiVJJS0lZSVhJXMbKEI=?= =?iso-2022-jp?b?GyRCJUg6bkAuGyhCXSBSZTogGyRCIVpFRTtSQH4lSCViJTAlaSVVGyhC?= =?iso-2022-jp?b?GyRCJSMhPCFbM0ZDSk1uJDQkSCROSn0/SyRINT9MZEVAGyhC?= Message-ID: <1397728504.936433.2260.nullmailer@sourceforge.jp> このメールはSourceForge.JPのフォーラムからの自動転送です。 注意: このメールに返信しても単に無視されます。 フォーラムメッセージへの返信は以下のURLにアクセスしてください: https://sourceforge.jp/projects/eos/forums/31695/35325/72653/ 投稿者: kinoshita-eos (kinoshita-eos) 口答頂いた分を記録します。 > > 1. 連続傾斜像撮影 > 　「単粒子解析」と同様に３Dモデルからmrc3Dto2Dで画像を 作成 -> １軸回転で画像を取得する > 3. ラフ・アラインメント > 　窓関数で補正 -> 相関関数で向きを決めてFITファイルを作成 > 　(Q)「単粒子解析」と同じ方法でよいでしょうか。 -> 使用コマンドは同じだが、平行移動のみになることに注 意 　(回転は軸がずれているときに行う)　 > 4. ファイン・アラインメント > 　「傾斜画像の軸の位置、角度を出来る限り一致させます 。」とあります。 > 　(Q)これはmrcImageTiltAxisSearchなどで傾斜のずれを算出する ことを指しているのでしょうか。 -> 軸のずれの算出は必須項目ではない(電顕での角度をその まま使うことが多い) > 5. ３次元再構成 > 　(Q) ３次元再構成ではラドン変換を使用することになる のでしょうか。 -> mrc2Dto3Dを使用するが、オプション-singleを使用する(単粒子 解析ではDoubleを使用する) ______________________________________________________________________ Eos-Image Analysis Environment プロジェクトはフォーラムへの投稿をプロジェクトメンバーに メール送信するように設定されています。 設定の詳細に関しては、プロジェクト管理者に確認してください。 From kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp Fri Apr 18 17:43:18 2014 From: kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp (Teppei Kinoshita) Date: Fri, 18 Apr 2014 17:43:18 +0900 Subject: [Eos-document] =?iso-2022-jp?b?GyRCIVobKEJFb3NwZWRpYRskQkZ8GyhC?= =?iso-2022-jp?b?GyRCSnMhWxsoQjQbJEI3bhsoQjE4GyRCRnwbKEIoGyRCNmIbKEIp?= Message-ID: 木下 哲平です。お世話になっております。 本日、4月18日(金)のEospedia編集内容を報告致します。 【編集項目】 -単粒子解析- 2: ３次元再構成 モルワイデ図法での実行例を追加 -電子線トモグラフィー- 1. 連続傾斜像の撮影: １軸、２軸の画像 3. ラフ・アラインメント: 前処理(窓関数)の実行例 5. ３次元再構成: 実行例 【現在の編集状況と今後の予定】 -単粒子解析- 1: ２次元単粒子解析 未編集 2: ３次元単粒子解析 編集中 2.1 ROIの抽出: 完了 2.2 参照画像の作成: 完了 2.3 ３次元再構成: 編集中 フーリエシェル相関(画像は完了)の理由付けを追記する予定 繰り返し処理: 実行例を追加予定 -電子線トモグラフィー- 1: 連続傾斜像の撮影: 完了 2: 画像の補正: 完了 3: ラフ・アラインメント: 編集中 位置合わせを編集予定 4: ファイン・アライメント: 未編集 5: ３次元再構成: 編集中 アラインメント後の実行例を追加予定 ラドン変換を使用した実行例を追加予定 6: 電子線トモグラフィー画像の持つ問題点: 未編集 7: トモグラフに使われる画像処理: 未編集 8: トモグラム画像の解釈: 未編集 【次回の活動予定】 電子線トモグラフィーの位置合わせ、３次元再構成の項目を編集する予定です。 以上、よろしくお願い致します。 木下 哲平 From noreply ＠ sourceforge.jp Thu Apr 17 20:23:26 2014 From: noreply ＠ sourceforge.jp (SourceForge Forum) Date: Thu, 17 Apr 2014 20:23:26 +0900 Subject: [Eos-document] =?iso-2022-jp?b?W2VvcyAtIBskQiVJJS0lZSVhJXMbKEI=?= =?iso-2022-jp?b?GyRCJUg6bkAuGyhCXSBSZTogGyRCIVpFRTtSQH4lSCViJTAlaSVVGyhC?= =?iso-2022-jp?b?GyRCJSMhPCFbM0ZDSk1uJDQkSCROSn0/SyRINT9MZEVAGyhC?= Message-ID: <1397733806.601658.32130.nullmailer@sourceforge.jp> このメールはSourceForge.JPのフォーラムからの自動転送です。 注意: このメールに返信しても単に無視されます。 フォーラムメッセージへの返信は以下のURLにアクセスしてください: https://sourceforge.jp/projects/eos/forums/31695/35325/72655/ 投稿者: Takuo Yasunaga (tacyas) [メッセージ #72653 への返信] > 口答頂いた分を記録します。 > > > > > 1. 連続傾斜像撮影 > > 　「単粒子解析」と同様に３Dモデルからmrc3Dto2Dで画像を 作成 > > -> １軸回転で画像を取得する 　はい。これはこれで問題ありません。 ２軸傾斜も試してみて下さい。　 > > 3. ラフ・アラインメント > > 　窓関数で補正 -> 相関関数で向きを決めてFITファイルを作成 > > 　(Q)「単粒子解析」と同じ方法でよいでしょうか。 > > -> 使用コマンドは同じだが、平行移動のみになることに注 意 > 　(回転は軸がずれているときに行う)　 　基本的な考え方は同じですが、角度がある程度最初から わかっているか どうかが違いますので、問題は易しくなります。 > > 4. ファイン・アラインメント > > 　「傾斜画像の軸の位置、角度を出来る限り一致させま す。」とあります。 > > 　(Q)これはmrcImageTiltAxisSearchなどで傾斜のずれを算出する ことを指しているのでしょうか。 > > -> 軸のずれの算出は必須項目ではない(電顕での角度をそ のまま使うことが多い) 　精度を上げようと思えば必要になります。 > > 5. ３次元再構成 > > 　(Q) ３次元再構成ではラドン変換を使用することになる のでしょうか。 > 　ラドン変換も利用できます。試してみるのはありですね 。 すこし考えてみましょう。 > -> mrc2Dto3Dを使用するが、オプション-singleを使用する(単粒 子解析ではDoubleを使用する) 　フィルターが異なります。 ______________________________________________________________________ Eos-Image Analysis Environment プロジェクトはフォーラムへの投稿をプロジェクトメンバーに メール送信するように設定されています。 設定の詳細に関しては、プロジェクト管理者に確認してください。 From noreply ＠ sourceforge.jp Thu Apr 17 20:24:42 2014 From: noreply ＠ sourceforge.jp (SourceForge Forum) Date: Thu, 17 Apr 2014 20:24:42 +0900 Subject: [Eos-document] =?iso-2022-jp?b?W2VvcyAtIBskQiVJJS0lZSVhJXMbKEI=?= =?iso-2022-jp?b?GyRCJUg6bkAuGyhCXSBSZTogGyRCIVpDMU4zO1IyckBPIVsjMjwhGyhC?= =?iso-2022-jp?b?GyRCODVDMU4zO1IyckBPJE5OLiRsGyhC?= Message-ID: <1397733882.108738.21780.nullmailer@sourceforge.jp> このメールはSourceForge.JPのフォーラムからの自動転送です。 注意: このメールに返信しても単に無視されます。 フォーラムメッセージへの返信は以下のURLにアクセスしてください: https://sourceforge.jp/projects/eos/forums/31695/35324/72656/ 投稿者: Takuo Yasunaga (tacyas) [メッセージ #72650 への返信] > 【引用】 > 「２次元単粒子解析」より > 　２次元単粒子解析とは、２次元で得られている電子顕微 鏡投影像を分類し、それぞれを平均し、構造の違いを論じ るための解析方法を指します。 > > > 【質問1】 > この項目は「前処理」 -> 「２D分析」の順で編集しようと思います。 > 「前処理」は３次元単粒子解析の前処理と同様と考えてい ます。 > 「２D分析」は３次元再構成のような流れ(Makefile)があるの でしょうか。それとも、状況に応じてコマンドを1つずつ試 してデータを分析するのでしょうか。 ありますよ。 Integraionの中に、クラスター解析のMakefileが存在しています 。 > > > 【質問2】 > 「２D分析」で使用するコマンドは「クラスター解析」以 外にありますでしょうか。 > 例えば、 > 相関: mrcImageCorrelation > 面積の計算: mrcImageAreaCalc > 画像の統計処理: TTestやFTest、mrcImageVarianceAnalysis > なども使用するのでしょうか。 はい。それらも入ってきます。 以上です ______________________________________________________________________ Eos-Image Analysis Environment プロジェクトはフォーラムへの投稿をプロジェクトメンバーに メール送信するように設定されています。 設定の詳細に関しては、プロジェクト管理者に確認してください。 From noreply ＠ sourceforge.jp Mon Apr 21 15:31:42 2014 From: noreply ＠ sourceforge.jp (SourceForge Forum) Date: Mon, 21 Apr 2014 15:31:42 +0900 Subject: [Eos-document] =?iso-2022-jp?b?W2VvcyAtIBskQiVJJS0lZSVhJXMbKEI=?= =?iso-2022-jp?b?GyRCJUg6bkAuGyhCXSAbJEIhWkVFO1JAfiVIJWIlMCVpJVUlIyE8GyhC?= =?iso-2022-jp?b?GyRCIVslaSVVISYlIiVpJSQlcyVhJXMlSCROOzI+SEF8JEskRCQkGyhC?= =?iso-2022-jp?b?GyRCJEYbKEI=?= Message-ID: <1398061902.253680.23736.nullmailer@sourceforge.jp> このメールはSourceForge.JPのフォーラムからの自動転送です。 注意: このメールに返信しても単に無視されます。 フォーラムメッセージへの返信は以下のURLにアクセスしてください: https://sourceforge.jp/projects/eos/forums/31695/35349/72730/ 投稿者: kinoshita-eos (kinoshita-eos) 以前に下記の回答を頂きました。 > > 3. ラフ・アラインメント > > 　(Q)「単粒子解析」と同じ方法でよいでしょうか。 > 基本的な考え方は同じですが、角度がある程度最初からわ かっているか どうかが違いますので、問題は易しくなります。 【質問内容】 「角度がある程度分かっている」ということは、最初に使 用する参照像は 電顕画像(2Dセット)からそのままmrc3Dto2D(フィルタ逆投影)を 使って３次元像を作ったものを使用するのでしょうか。 ______________________________________________________________________ Eos-Image Analysis Environment プロジェクトはフォーラムへの投稿をプロジェクトメンバーに メール送信するように設定されています。 設定の詳細に関しては、プロジェクト管理者に確認してください。 From noreply ＠ sourceforge.jp Mon Apr 21 15:50:02 2014 From: noreply ＠ sourceforge.jp (SourceForge Forum) Date: Mon, 21 Apr 2014 15:50:02 +0900 Subject: [Eos-document] =?iso-2022-jp?b?W2VvcyAtIBskQiVJJS0lZSVhJXMbKEI=?= =?iso-2022-jp?b?GyRCJUg6bkAuGyhCXSBSZTogGyRCIVpDMU4zO1IyckBPIVsjMjwhGyhC?= =?iso-2022-jp?b?GyRCODVDMU4zO1IyckBPJE5OLiRsGyhC?= Message-ID: <1398063002.256190.2490.nullmailer@sourceforge.jp> このメールはSourceForge.JPのフォーラムからの自動転送です。 注意: このメールに返信しても単に無視されます。 フォーラムメッセージへの返信は以下のURLにアクセスしてください: https://sourceforge.jp/projects/eos/forums/31695/35324/72731/ 投稿者: kinoshita-eos (kinoshita-eos) [メッセージ #72656 への返信] > > 「２D分析」は３次元再構成のような流れ(Makefile)がある のでしょうか。 > ありますよ。 > Integraionの中に、クラスター解析のMakefileが存在しています 。 base/Integraion/にて2DClusteringのMakefile確認しました。 他にもTomographyのMakefileなどもありましたので活用させて頂 きます。 ありがとうございました。 ______________________________________________________________________ Eos-Image Analysis Environment プロジェクトはフォーラムへの投稿をプロジェクトメンバーに メール送信するように設定されています。 設定の詳細に関しては、プロジェクト管理者に確認してください。 From noreply ＠ sourceforge.jp Mon Apr 21 17:27:56 2014 From: noreply ＠ sourceforge.jp (SourceForge Forum) Date: Mon, 21 Apr 2014 17:27:56 +0900 Subject: [Eos-document] =?iso-2022-jp?b?W2VvcyAtIBskQiVJJS0lZSVhJXMbKEI=?= =?iso-2022-jp?b?GyRCJUg6bkAuGyhCXSBSZTogGyRCIVpFRTtSQH4lSCViJTAlaSVVGyhC?= =?iso-2022-jp?b?GyRCJSMhPCFbJWklVSEmJSIlaSUkJXMlYSVzJUgkTjsyPkhBfCRLGyhC?= =?iso-2022-jp?b?GyRCJEQkJCRGGyhC?= Message-ID: <1398068876.790837.10227.nullmailer@sourceforge.jp> このメールはSourceForge.JPのフォーラムからの自動転送です。 注意: このメールに返信しても単に無視されます。 フォーラムメッセージへの返信は以下のURLにアクセスしてください: https://sourceforge.jp/projects/eos/forums/31695/35349/72733/ 投稿者: Takuo Yasunaga (tacyas) [メッセージ #72730 への返信] > 以前に下記の回答を頂きました。 > > > > 3. ラフ・アラインメント > > > 　(Q)「単粒子解析」と同じ方法でよいでしょうか。 > > > 基本的な考え方は同じですが、角度がある程度最初から わかっているか > どうかが違いますので、問題は易しくなります。 > > 【質問内容】 > 「角度がある程度分かっている」ということは、最初に使 用する参照像は > 電顕画像(2Dセット)からそのままmrc3Dto2D(フィルタ逆投影)を 使って３次元像を作ったものを使用するのでしょうか。 　このラフ・アラインメントは、角度の近い画像間の相関 により、異なる傾斜像が同じ傾斜軸（０度画像の中央（ｙ 軸）を軸として仮定します）を共有するように平行移動す ることを示しています。 つまり、２度刻みの画像を撮影した場合、 最初に０度を参照画像として、２度の画像の位置合わせ（ 平行移動）を行います。 次は、位置合わせの終わった２度の画像と４度の画像を位 置合わせ（平行移動）を行います。最高角度までおわった ら、つぎは、０度と−２度といった感じで合わせていきま す。もう少しよいアルゴリズムもあり得ますが、まずは、 これが基本です。 ______________________________________________________________________ Eos-Image Analysis Environment プロジェクトはフォーラムへの投稿をプロジェクトメンバーに メール送信するように設定されています。 設定の詳細に関しては、プロジェクト管理者に確認してください。 From kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp Mon Apr 21 18:00:37 2014 From: kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp (Teppei Kinoshita) Date: Mon, 21 Apr 2014 18:00:37 +0900 Subject: [Eos-document] =?iso-2022-jp?b?GyRCIVobKEJFb3NwZWRpYRskQkZ8GyhC?= =?iso-2022-jp?b?GyRCSnMhWxsoQjQbJEI3bhsoQjIxGyRCRnwbKEIoGyRCN24bKEIp?= Message-ID: 木下 哲平です。お世話になっております。 本日、4月21日(月)のEospedia編集内容を報告致します。 【編集項目】 -電子線トモグラフィー- 3. ラフ・アラインメント: 位置合わせ 【報告事項】 角度範囲、参照像を単粒子解析と同じようにしていましたので、 角度範囲: -60° 〜 60° を最大の範囲 参照像: 電顕画像同士で比較する 上記の内容で実施したものに修正します。 また、入力画像は単粒子画像だけでなく、複数の粒子がある画像でも実施します。 【現在の編集状況と今後の予定】 -単粒子解析- 電子線トモグラフィーを編集後に再開 -電子線トモグラフィー- 1: 連続傾斜像の撮影: 完了 2: 画像の補正: 完了 3: ラフ・アラインメント: 編集中 位置合わせを編集予定 4: ファイン・アライメント: 未編集 5: ３次元再構成: 編集中 アラインメント後の実行例を追加予定 ラドン変換を使用した実行例を追加予定 6: 電子線トモグラフィー画像の持つ問題点: 未編集 7: トモグラフに使われる画像処理: 未編集 8: トモグラム画像の解釈: 未編集 【次回の活動予定】 報告事項の内容で３次元再構成の項目まで再編集する予定です。 以上、よろしくお願い致します。 木下 哲平 From kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp Tue Apr 22 18:14:22 2014 From: kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp (Teppei Kinoshita) Date: Tue, 22 Apr 2014 18:14:22 +0900 Subject: [Eos-document] =?iso-2022-jp?b?GyRCIVobKEJFb3NwZWRpYRskQkZ8GyhC?= =?iso-2022-jp?b?GyRCSnMhWxsoQjQbJEI3bhsoQjIyGyRCRnwbKEIoGyRCMlAbKEIp?= Message-ID: eos-documentメンバー各位 木下 哲平です。お世話になっております。 本日、4月22日(火)のEospedia編集内容を報告致します。 【編集項目】 -電子線トモグラフィー- ３次元再構成(１軸回転)までの画像とMakeFileを差し替え 元の入力ファイルに平行移動を加えた動作内容に変更しました。 位置合わせで角度0°の位置に補正される画像に変更しました。 【現在の編集状況と今後の予定】 -単粒子解析- 電子線トモグラフィーを編集後に再開 -電子線トモグラフィー- 1: 連続傾斜像の撮影: 完了 2: 画像の補正: 完了 3: ラフ・アラインメント: 完了 4: ファイン・アライメント: 未編集 5: ３次元再構成: 編集中 ２軸回転の動作を追加予定 ラドン変換を使用した実行例を追加予定 6: 電子線トモグラフィー画像の持つ問題点: 未編集 7: トモグラフに使われる画像処理: 未編集 8: トモグラム画像の解釈: 未編集 【次回の活動予定】 ２軸回転での３次元再構成を実施する予定です。 以上、よろしくお願い致します。 木下 哲平 From noreply ＠ sourceforge.jp Mon Apr 21 17:35:41 2014 From: noreply ＠ sourceforge.jp (SourceForge Forum) Date: Mon, 21 Apr 2014 17:35:41 +0900 Subject: [Eos-document] =?iso-2022-jp?b?W2VvcyAtIBskQiVJJS0lZSVhJXMbKEI=?= =?iso-2022-jp?b?GyRCJUg6bkAuGyhCXSBSZTogGyRCIVpFRTtSQH4lSCViJTAlaSVVGyhC?= =?iso-2022-jp?b?GyRCJSMhPCFbM0ZDSk1uJDQkSCROSn0/SyRINT9MZEVAGyhC?= Message-ID: <1398069341.050499.15078.nullmailer@sourceforge.jp> このメールはSourceForge.JPのフォーラムからの自動転送です。 注意: このメールに返信しても単に無視されます。 フォーラムメッセージへの返信は以下のURLにアクセスしてください: https://sourceforge.jp/projects/eos/forums/31695/35325/72734/ 投稿者: kinoshita-eos (kinoshita-eos) [メッセージ #72655 への返信] > > > 5. ３次元再構成 > > > 　(Q) ３次元再構成ではラドン変換を使用することにな るのでしょうか。 > 　ラドン変換も利用できます。試してみるのはありですね 。 > すこし考えてみましょう。 了解しました。 ラドン変換を使用した実行例も編集し、比較できるように します。 単粒子解析の項目でも実施しようかと思います。 > > -> mrc2Dto3Dを使用するが、オプション-singleを使用する(単 粒子解析ではDoubleを使用する) > > 　フィルターが異なります。 mrc2Dto3D: m=1のときにフィルタ逆投影されるオプションになる みたいですので、 こちらを使用します。 ______________________________________________________________________ Eos-Image Analysis Environment プロジェクトはフォーラムへの投稿をプロジェクトメンバーに メール送信するように設定されています。 設定の詳細に関しては、プロジェクト管理者に確認してください。 From kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp Wed Apr 23 18:18:57 2014 From: kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp (Teppei Kinoshita) Date: Wed, 23 Apr 2014 18:18:57 +0900 Subject: [Eos-document] =?iso-2022-jp?b?GyRCIVobKEJFb3NwZWRpYRskQkZ8GyhC?= =?iso-2022-jp?b?GyRCSnMhWxsoQjQbJEI3bhsoQjIzGyRCRnwbKEIoGyRCP2UbKEIp?= Message-ID: <3D7FBEED-705D-4F1E-836E-DFB26755963F@yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp> eos-documentメンバー各位 木下 哲平です。お世話になっております。 本日、4月23日(水)のEospedia編集内容を報告致します。 【編集項目】 -電子線トモグラフィー- ３次元再構成: ２軸回転での３次元再構成(mrc2Dto3Dとラドン変換) ※ ラドン変換(dphi=10°)はぼやけてましたので、設定を変えて試してみます。 【現在の編集状況と今後の予定】 -単粒子解析- 電子線トモグラフィーを編集後に再開 -電子線トモグラフィー- 1: 連続傾斜像の撮影: 完了 2: 画像の補正: 完了 3: ラフ・アラインメント: 完了 4: ファイン・アライメント: 未編集 5: ３次元再構成: 編集中 mrc2Dto3Dの実行例完了 ラドン変換の実行例を追加予定 6: 電子線トモグラフィー画像の持つ問題点: 未編集 7: トモグラフに使われる画像処理: 未編集 8: トモグラム画像の解釈: 未編集 【次回の活動予定】 ファイン・アライメントとラドン変換の実行例を編集する予定です。 以上、よろしくお願い致します。 木下 哲平 From kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp Thu Apr 24 18:21:36 2014 From: kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp (Teppei Kinoshita) Date: Thu, 24 Apr 2014 18:21:36 +0900 Subject: [Eos-document] =?iso-2022-jp?b?GyRCIVobKEJFb3NwZWRpYRskQkZ8GyhC?= =?iso-2022-jp?b?GyRCSnMhWxsoQjQbJEI3bhsoQjI0GyRCRnwbKEIoGyRCTFobKEIp?= Message-ID: <78F046F3-1D60-40C1-AEBE-3DF57A43CA94@yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp> eos-documentメンバー各位 木下 哲平です。お世話になっております。 本日、4月24日(木)のEospedia編集内容を報告致します。 【編集項目】 -電子線トモグラフィー- ３次元再構成: ラドン変換の実行例追加 電子線トモグラフィーの問題点: ミッシングエリアの項目追記 ファイン・アライメントはMakeFile作成中 【現在の編集状況と今後の予定】 -単粒子解析- 電子線トモグラフィーを編集後に再開 -電子線トモグラフィー- 1: 連続傾斜像の撮影: 完了 2: 画像の補正: 完了 3: ラフ・アラインメント: 完了 4: ファイン・アライメント: MakeFile作成中 5: ３次元再構成: 完了 6: 電子線トモグラフィー画像の持つ問題点: 編集中 ミッシングエリア一例編集済み その他の問題点についても編集予定 7: トモグラフに使われる画像処理: 未編集 8: トモグラム画像の解釈: 未編集 【次回の活動予定】 ファイン・アライメントとトモグラムに使われる画像処理について編集する予定です。 以上、よろしくお願い致します。 木下 哲平 From kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp Fri Apr 25 17:51:13 2014 From: kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp (Teppei Kinoshita) Date: Fri, 25 Apr 2014 17:51:13 +0900 Subject: [Eos-document] =?iso-2022-jp?b?GyRCIVobKEJFb3NwZWRpYRskQkZ8GyhC?= =?iso-2022-jp?b?GyRCSnMhWxsoQjQbJEI3bhsoQjI1GyRCRnwbKEIoGyRCNmIbKEIp?= Message-ID: eos-documentメンバー各位 木下 哲平です。お世話になっております。 本日、4月25日(金)のEospedia編集内容を報告致します。 【編集項目】 -電子線トモグラフィー- ファイン・アライメント 1回と複数回の実行例を編集 【現在の編集状況と今後の予定】 -単粒子解析- 電子線トモグラフィーを編集後に再開 -電子線トモグラフィー- 1: 連続傾斜像の撮影: 完了 2: 画像の補正: 完了 3: ラフ・アラインメント: 完了 4: ファイン・アライメント: 完了 5: ３次元再構成: 完了 6: 電子線トモグラフィー画像の持つ問題点: 編集中 ミッシングエリア一例編集済み その他の問題点についても編集予定 7: トモグラフに使われる画像処理: 未編集 8: トモグラム画像の解釈: 未編集 【次回の活動予定】 トモグラムに使われる画像処理と解釈について編集する予定です。 複数のデータによりミッシングエリアが補間できる様子を編集しようと思います。 以上、よろしくお願い致します。 木下 哲平 From kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp Mon Apr 28 17:56:04 2014 From: kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp (Teppei Kinoshita) Date: Mon, 28 Apr 2014 17:56:04 +0900 Subject: [Eos-document] =?iso-2022-jp?b?GyRCIVobKEJFb3NwZWRpYRskQkZ8GyhC?= =?iso-2022-jp?b?GyRCSnMhWxsoQjQbJEI3bhsoQjI4GyRCRnwbKEIoGyRCN24bKEIp?= Message-ID: <3A197A61-2CC2-46FE-B2BF-F9EF4441B1D0@yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp> eos-documentメンバー各位 木下 哲平です。お世話になっております。 本日、4月28日(月)のEospedia編集内容を報告致します。 【編集項目】 -電子線トモグラフィー- トモグラフに使われる画像処理 平滑化、セグメンテーションの実行例を編集 トモグラム画像の解釈 平均化の実行例を編集 【現在の編集状況と今後の予定】 -単粒子解析- 電子線トモグラフィーを編集後に再開 -電子線トモグラフィー- 1: 連続傾斜像の撮影: 完了 2: 画像の補正: 完了 3: ラフ・アラインメント: 完了 4: ファイン・アライメント: 完了 5: ３次元再構成: 完了 6: 電子線トモグラフィー画像の持つ問題点: 編集中 ミッシングエリア一例編集済み その他の問題点についても編集予定 7: トモグラフに使われる画像処理: 編集中 セグメンテーションの実行例を追加予定 8: トモグラム画像の解釈: 編集中 平均化の実行例を追加予定 【次回の活動予定】 引き続きトモグラムに使われる画像処理と解釈について編集する予定です。 今回は直接のコマンド入力による実行例を記載しましたので、 次回は簡単なMakefileを作成して実施します。 以上、よろしくお願い致します。 木下 哲平 From kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp Wed Apr 30 20:32:19 2014 From: kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp (Teppei Kinoshita) Date: Wed, 30 Apr 2014 20:32:19 +0900 Subject: [Eos-document] =?iso-2022-jp?b?GyRCIVobKEJFb3NwZWRpYRskQkZ8GyhC?= =?iso-2022-jp?b?GyRCSnMhWxsoQjQbJEI3bhsoQjMwGyRCRnwbKEIoGyRCP2UbKEIp?= Message-ID: eos-documentメンバー各位 木下 哲平です。お世話になっております。 本日、4月30日(水)のEospedia編集内容を報告致します。 【編集項目】 -単粒子解析- ラドン変換による３次元再構成を追加 -電子線トモグラフィー- 3次元再構成: 2軸回転の実行例の変更と追加 【現在の編集状況と今後の予定】 単粒子解析: 2次元単粒子解析: 編集予定 3次元単粒子解析: 一旦完了とします 電子線トモグラフィー: 一旦完了とします API一覧: 編集予定 ※ 2次元単粒子解析の編集を行う予定でしたが、クラスタリングに関するコマンドが 【次回の活動予定】 2次元単粒子解析の編集を行います。 以上、よろしくお願い致します。 木下 哲平 From noreply ＠ sourceforge.jp Wed Apr 30 12:02:50 2014 From: noreply ＠ sourceforge.jp (SourceForge Forum) Date: Wed, 30 Apr 2014 12:02:50 +0900 Subject: [Eos-document] =?iso-2022-jp?b?W2VvcyAtIBskQiVJJS0lZSVhJXMbKEI=?= =?iso-2022-jp?b?GyRCJUg6bkAuGyhCXSAbJEIhWjtFTU0zTkcnIVsbKEJtcmNSYWRvbjJE?= =?iso-2022-jp?b?dG8zRCgtSWIsIC1pYiwgLWl3YikbJEIkTk1RRVMbKEI=?= Message-ID: <1398826970.241556.32371.nullmailer@sourceforge.jp> このメールはSourceForge.JPのフォーラムからの自動転送です。 注意: このメールに返信しても単に無視されます。 フォーラムメッセージへの返信は以下のURLにアクセスしてください: https://sourceforge.jp/projects/eos/forums/31695/35386/72866/ 投稿者: kinoshita-eos (kinoshita-eos) Eosコマンド: mrcRadon2Dto3Dのオプションについてです。 【質問内容】 -Ib, -ib, -iwbのオプション説明にDataFileBeforeとあります。 これは例えば３次元再構成の繰り返し処理を行うときに使 用するのでしょうか。 【考察】 -Ib: シノグラムファイルリスト(一つ前の-I に相当) -ib: 3Dラドンファイル(一つ前の-o に相当: -Ib, -ibのいずれかを使用) -iwb: 重みファイル(一つ前の-ow に相当) ______________________________________________________________________ Eos-Image Analysis Environment プロジェクトはフォーラムへの投稿をプロジェクトメンバーに メール送信するように設定されています。 設定の詳細に関しては、プロジェクト管理者に確認してください。