From noreply ＠ sourceforge.jp Thu May 1 16:02:52 2014 From: noreply ＠ sourceforge.jp (SourceForge Forum) Date: Thu, 01 May 2014 16:02:52 +0900 Subject: [Eos-document] =?iso-2022-jp?b?W2VvcyAtIBskQiVJJS0lZSVhJXMbKEI=?= =?iso-2022-jp?b?GyRCJUg6bkAuGyhCXSBSZTogGyRCIVo7RU1NM05HJyFbGyhCbXJjUmFk?= =?iso-2022-jp?b?b24yRHRvM0QoLUliLCAtaWIsIC1pd2IpGyRCJE5NUUVTGyhC?= Message-ID: <1398927772.892571.28092.nullmailer@sourceforge.jp> このメールはSourceForge.JPのフォーラムからの自動転送です。 注意: このメールに返信しても単に無視されます。 フォーラムメッセージへの返信は以下のURLにアクセスしてください: https://sourceforge.jp/projects/eos/forums/31695/35386/72882/ 投稿者: Takuo Yasunaga (tacyas) [メッセージ #72866 への返信] > Eosコマンド: mrcRadon2Dto3Dのオプションについてです。 > > 【質問内容】 > -Ib, -ib, -iwbのオプション説明にDataFileBeforeとあります。 > これは例えば３次元再構成の繰り返し処理を行うときに 使用するのでしょうか。 > > 【考察】 > -Ib: シノグラムファイルリスト(一つ前の-I に相当) > -ib: 3Dラドンファイル(一つ前の-o に相当: -Ib, -ibのいずれかを使用) > -iwb: 重みファイル(一つ前の-ow に相当) 繰り返し処理にも使えますが、前回に加えて新たなファイ ルが加わったときと理解したほうがよいと思います。計算 速度が遅かったころには少しでも時間を稼ぐために付け加 えた機能です。 ______________________________________________________________________ Eos-Image Analysis Environment プロジェクトはフォーラムへの投稿をプロジェクトメンバーに メール送信するように設定されています。 設定の詳細に関しては、プロジェクト管理者に確認してください。 From kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp Thu May 1 19:27:08 2014 From: kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp (Teppei Kinoshita) Date: Thu, 1 May 2014 19:27:08 +0900 Subject: [Eos-document] =?iso-2022-jp?b?GyRCIVobKEJFb3NwZWRpYRskQkZ8GyhC?= =?iso-2022-jp?b?GyRCSnMhWxsoQjUbJEI3bhsoQjEbJEJGfBsoQigbJEJMWhsoQik=?= Message-ID: eos-documentメンバー各位 木下 哲平です。お世話になっております。 本日、5月1日(木)のEospedia編集内容を報告致します。 【編集項目】 【コマンド説明新規】 mrcImageClusterAnalysis clusterShow clusterLog2ToLog clusterLogASCII2Binary mrcImageOrientationSearchBySimultaneousMinimization 【現在の編集状況と今後の予定】 単粒子解析: 2次元単粒子解析: 編集予定 3次元単粒子解析: 一旦完了とします 電子線トモグラフィー: 一旦完了とします API一覧: 編集予定 【次回の予定】 クラスター解析のコマンドが実行できましたので、２次元単粒子解析を進めていきます。 mrc2tiffのリンクエラーについてですが、ライブラリはコピー済みでした。 （tiffの場合はlibtiff.dylibを使用するんですよね？） 上記と並行して、少し調べてチケットに上げます。 以上、よろしくお願い致します。 木下 哲平 From yasunaga ＠ bio.kyutech.ac.jp Fri May 2 04:00:22 2014 From: yasunaga ＠ bio.kyutech.ac.jp (Takuo Yasunaga) Date: Fri, 02 May 2014 04:00:22 +0900 Subject: [Eos-document] =?iso-2022-jp?b?GyRCIVobKEJFb3NwZWRpYRskQkZ8GyhC?= =?iso-2022-jp?b?GyRCSnMhWxsoQjUbJEI3bhsoQjEbJEJGfBsoQigbJEJMWhsoQik=?= In-Reply-To: References: Message-ID: <536299C6.2010009@bio.kyutech.ac.jp> 木下さん 　安永です。 　下記、ありがとうございます。 Eos_envは新しいものを使っているでしょうか。 LD_LIBRARY_PATH　が正しく設定されているかを確認してみてもらえますか。 以上です。 (2014/05/01 19:27), Teppei Kinoshita wrote: > eos-documentメンバー各位 > > 木下 哲平です。お世話になっております。 > 本日、5月1日(木)のEospedia編集内容を報告致します。 > > 【編集項目】 > 【コマンド説明新規】 > mrcImageClusterAnalysis > clusterShow > clusterLog2ToLog > clusterLogASCII2Binary > mrcImageOrientationSearchBySimultaneousMinimization > > > 【現在の編集状況と今後の予定】 > 単粒子解析: > 2次元単粒子解析: 編集予定 > 3次元単粒子解析: 一旦完了とします > > 電子線トモグラフィー: 一旦完了とします > > API一覧: 編集予定 > > > 【次回の予定】 > クラスター解析のコマンドが実行できましたので、２次元単粒子解析を進めていきます。 > mrc2tiffのリンクエラーについてですが、ライブラリはコピー済みでした。 > （tiffの場合はlibtiff.dylibを使用するんですよね？） > 上記と並行して、少し調べてチケットに上げます。 > > > > 以上、よろしくお願い致します。 > > > 木下 哲平 -- Takuo Yasunaga Kyushu Institute of Technology 680-4 Kawazu, Iizuka, Fukuoka, 820-8502, JAPAN From kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp Fri May 2 17:52:50 2014 From: kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp (Teppei Kinoshita) Date: Fri, 2 May 2014 17:52:50 +0900 Subject: [Eos-document] =?iso-2022-jp?b?GyRCIVobKEJFb3NwZWRpYRskQkZ8GyhC?= =?iso-2022-jp?b?GyRCSnMhWxsoQjUbJEI3bhsoQjIbJEJGfBsoQigbJEI2YhsoQik=?= Message-ID: <3A58F878-0DEC-4301-9B9E-A51CA9C3572D@yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp> eos-documentメンバー各位 木下 哲平です。お世話になっております。 本日、5月2日(金)のEospedia編集内容を報告致します。 【編集項目】 2次元単粒子解析: クラスター解析: 実行例追記 【現在の編集状況と今後の予定】 単粒子解析: 2次元単粒子解析: 編集予定 3次元単粒子解析: FBP, SIRT, ラドン変換の違いを追記予定 電子線トモグラフィー: FBP, SIRT, ラドン変換の違いを追記予定 コマンド一覧: クラスター解析のコマンド編集予定 API一覧: 編集予定 【報告事項】 mrc2Dto3Dの件、回答ありがとうございました。 Objects- > Toolsで再コンパイルしましたが、まだリンクエラーが発生しているようです。 少し混乱してきましたので、一旦置いて後ほど考えさせて下さい。 とりあえず、２次元単粒子解析の編集を進めようかと思います。 【次回の予定】 引き続き２次元単粒子解析の実行例を編集していきます。 同時にクラスター解析のコマンドの実行例も編集予定です。 以上、よろしくお願い致します。 木下 哲平 From kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp Wed May 7 18:00:07 2014 From: kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp (Teppei Kinoshita) Date: Wed, 7 May 2014 18:00:07 +0900 Subject: [Eos-document] =?iso-2022-jp?b?GyRCIVobKEJFb3NwZWRpYRskQkZ8GyhC?= =?iso-2022-jp?b?GyRCSnMhWxsoQjUbJEI3bhsoQjcbJEJGfBsoQigbJEI/ZRsoQik=?= Message-ID: eos-documentメンバー各位 木下 哲平です。お世話になっております。 本日、5月7日(水)のEospedia編集内容を報告致します。 【バグ報告】 mrcImageClusterAnalysis 【API一覧】 Vector (報告漏れ: 4/30に編集しました) 【現在の編集状況と今後の予定】 単粒子解析: 2次元単粒子解析: 編集予定(コマンド実行例編集後) 3次元単粒子解析: FBP, SIRT, ラドン変換の違いを追記予定 電子線トモグラフィー: FBP, SIRT, ラドン変換の違いを追記予定 コマンド一覧: クラスター解析のコマンド編集予定 API一覧: 編集予定 【次回の予定】 clusterLog2ToLogの実行例から編集します。 以上、よろしくお願い致します。 木下 哲平 From kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp Thu May 8 17:42:23 2014 From: kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp (Teppei Kinoshita) Date: Thu, 8 May 2014 17:42:23 +0900 Subject: [Eos-document] =?iso-2022-jp?b?GyRCIVobKEJFb3NwZWRpYRskQkZ8GyhC?= =?iso-2022-jp?b?GyRCSnMhWxsoQjUbJEI3bhsoQjgbJEJGfBsoQigbJEJMWhsoQik=?= Message-ID: <70E06334-38A2-4E2A-A05D-9FE97B5612C4@yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp> eos-documentメンバー各位 木下 哲平です。お世話になっております。 本日、5月8日(木)のEospedia編集内容を報告致します。 【実行例追加】 clusterLog2ToLog mrcImageClusterAnalysis clusterShow 【現在の編集状況と今後の予定】 単粒子解析: 2次元単粒子解析: 編集予定(コマンド実行例編集後) 3次元単粒子解析: FBP, SIRT, ラドン変換の違いを追記予定 電子線トモグラフィー: FBP, SIRT, ラドン変換の違いを追記予定 コマンド一覧: クラスター解析のコマンド編集中 API一覧: 編集予定 【次回の予定】 clusterLogASCII2Binaryの実行例および２次元単粒子解析の実行例追加を行います。 以上、よろしくお願い致します。 木下 哲平 From kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp Fri May 9 17:50:01 2014 From: kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp (Teppei Kinoshita) Date: Fri, 9 May 2014 17:50:01 +0900 Subject: [Eos-document] =?iso-2022-jp?b?GyRCIVobKEJFb3NwZWRpYRskQkZ8GyhC?= =?iso-2022-jp?b?GyRCSnMhWxsoQjUbJEI3bhsoQjkbJEJGfBsoQigbJEI2YhsoQik=?= Message-ID: <798DA99D-5F8B-498F-A4BF-89A9B8C5C751@yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp> eos-documentメンバー各位 木下 哲平です。お世話になっております。 本日、5月9日(金)のEospedia編集内容を報告致します。 【編集項目】 2次元単粒子解析: クラスター解析: 樹形図(PSファイル)を追加 【実行例追加】 clusterLogASCII2Binary clusterShow 【API記事名変更】 Array(API) Matrix3D(API) Vector(API) 【API追加】 mrcImage(API) fftn(API) lmrcFETnormalizeBySD(API) lmrcFFTExpression(API) lmrcFFTInfo(API) lmrcImage3DWindowing(API) lmrcImageAddValue(API) lmrcImageAsProbability(API) lmrcImageAverage(API) lmrcImageBilateralFilter(API) lmrcImageBinarization(API) lmrcImageBoundaryInfo(API) lmrcImageCTFCompensation(API) lmrcImageCTFDetermination(API) lmrcImageCalcArea(API) lmrcImageCentre(API) lmrcImageClusterAnalysis(API) lmrcImageCommonLine(API) lmrcImageConnection(API) lmrcImageConnectivityNumberCalc(API) lmrcImageContourSurface(API) mrcImage以下から編集しております。打ち合わせしました通りページ名に(API)を付けております。 方針が合っていない場合(上位のAPIから編集する等)はご一報お願いします。 【現在の編集状況と今後の予定】 単粒子解析: 一旦完了とします -> API一覧を編集後: ３次元再構成の違いを編集予定 電子線トモグラフィー: 一旦完了とします -> API一覧を編集後: ３次元再構成の違いを編集予定 コマンド一覧: クラスター解析のコマンド編集完了 API一覧: mrcImage以下編集中 【次回の予定】 引き続きmrcImageのAPIを編集していきます。 以上、よろしくお願い致します。 木下 哲平 From kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp Mon May 12 18:17:05 2014 From: kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp (Teppei Kinoshita) Date: Mon, 12 May 2014 18:17:05 +0900 Subject: [Eos-document] =?iso-2022-jp?b?GyRCIVobKEJFb3NwZWRpYRskQkZ8GyhC?= =?iso-2022-jp?b?GyRCSnMhWxsoQjUbJEI3bhsoQjEyGyRCRnwbKEIoGyRCN24bKEIp?= Message-ID: <3412D146-0B36-42A4-A974-EB0A79F4DAAC@yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp> eos-documentメンバー各位 木下 哲平です。お世話になっております。 本日、5月12日(月)のEospedia編集内容を報告致します。 【修正確認】 mrc2tiff tiff2mrc mrc2gif mrc2Dto3D 対応ありがとうございました。 pdbChargeFitについてはcuda関連のエラーでmakeできませんでしたが、 こちらはcudaをインストールしていない場合の対応待ちということでよろしいでしょうか。 (mrcImageAddValue, pdbRotation, pdbTransでも同様でした) 他のコマンドは前データが使用できますので、ドキュメント作成への影響はpdbChargeFitのみです。 【API追加】 lmrcImageCorrelation(API) lmrcImageCrystalCreate(API) lmrcImageDataMaxAndMinGetByImage(API) lmrcImageDataStraightCopy(API) lmrcImageDensity(API) lmrcImageDensityInverse(API) lmrcImageDensityNormalizationByImage(API) lmrcImageDistanceConversion(API) lmrcImageEdge(API) lmrcImageEdgeAverage(API) lmrcImageFOMCalc(API) lmrcImageFeatureExtraction(API) lmrcImageFilterCreate(API) lmrcImageFirstNoiseReductionByRelaxation(API) lmrcImageFourierShellCorrelation(API) lmrcImageLabeling(API) lmrcImageMasking(API) lmrcImageMirroring(API) lmrcImageModeChange(API) lmrcImageModelCreate(API) lmrcImageMontage(API) lmrcImageMorphology(API) lmrcImageMove(API) lmrcImageMultiplying(API) lmrcImageNormalizing(API) lmrcImageOneLineSimilarityCalc(API) lmrcImagePad(API) lmrcImagePixelSummationOfProbabilityGetByImage(API) lmrcImagePosterization(API) lmrcImagePrint(API) lmrcImageProjection(API) lmrcImageProportionalDensityLevelSetByImage(API) lmrcImageROI2D(API) lmrcImageROI3D(API) lmrcImageRadialDistribution(API) lmrcImageRhoFiltering(API) lmrcImageSSDA(API) lmrcImageSamplingUnitChange(API) lmrcImageSecondNoiseReductionByRelaxation(API) lmrcImageSecondNoiseReductionByRelaxationDijDimensionSet(API) lmrcImageSecondNoiseReductionByRelaxationDijValueCalculate(API) lmrcImageSecondNoiseReductionByRelaxationDijValueSet(API) lmrcImageSecondNoiseReductionByRelaxationQValueSet(API) lmrcImageSecondNoiseReductionByRelaxationRValueSet(API) lmrcImageShapePCA(API) lmrcImageSigmaCalculate(API) 説明などは随時追加していきます。 【現在の編集状況と今後の予定】 API一覧: mrcImage以下編集中 【次回の予定】 引き続きmrcImageのAPIを編集していきます。 以上、よろしくお願い致します。 木下 哲平 From kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp Tue May 13 18:26:21 2014 From: kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp (Teppei Kinoshita) Date: Tue, 13 May 2014 18:26:21 +0900 Subject: [Eos-document] =?iso-2022-jp?b?GyRCIVobKEJFb3NwZWRpYRskQkZ8GyhC?= =?iso-2022-jp?b?GyRCSnMhWxsoQjUbJEI3bhsoQjEzGyRCRnwbKEIoGyRCMlAbKEIp?= Message-ID: eos-documentメンバー各位 木下 哲平です。お世話になっております。 本日、5月13日(火)のEospedia編集内容を報告致します。 【実行例追加】 mrcImageTfunction mrcImageTfunction動作しました。 対応ありがとうございました。 【API説明追記】 mrcImage(API) 【API追加】 lmrcImageSinogram(API) lmrcImageSinogramFFT(API) lmrcImageSolventFlattening(API) lmrcImageSphere(API) lmrcImageSplit(API) lmrcImageStudentCalculate(API) lmrcImageSubtractionCalc(API) lmrcImageSummationCalculate(API) lmrcImageSymmetryFind(API) lmrcImageTransformDescartesIntoPolar(API) lmrcImageTriming(API) lmrcImageVolumeCalc(API) lmrcImageWindowing(API) lmrcImagesStatDataGet(API) lmrcSinogramFET(API) lmrcSinogramFETcalcWeight(API) lmrcSinogramFETcorrelationMap(API) lmrcSinogramFETnormalizedMap(API) lmrcSinogramFETreferredCorrelation(API) lmrcSinogramFETsmoothParameterMatching(API) mrcImagePVM(API) mrcImagefuncmin(API) ctfInfo(API) ctfDeterminationFromPhaseComparison(API) ctfInfoWrite2(API) ctfZeroPoint(API) lastigmatismDetection(API) lctfDetermination(API) lmrcFSInfoScatteringAngularDistributionAverageSection(API) powerspectraTangentLine(API) pdbFile(API) lpdb2mrcInfo(API) lpdbCoord(API) lpdbCoordInfo(API) lpdbSelectedAtom(API) lpdbSurface(API) pdbInfoGet(API) 【現在の編集状況と今後の予定】 API一覧: mrcImage, ctfInfo, pdbFile以下編集中 【次回の予定】 引き続きmrcImageのAPIの説明を追記していきます。 以上、よろしくお願い致します。 木下 哲平 From kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp Wed May 14 17:45:50 2014 From: kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp (Teppei Kinoshita) Date: Wed, 14 May 2014 17:45:50 +0900 Subject: [Eos-document] =?iso-2022-jp?b?GyRCIVobKEJFb3NwZWRpYRskQkZ8GyhC?= =?iso-2022-jp?b?GyRCSnMhWxsoQjUbJEI3bhsoQjE0GyRCRnwbKEIoGyRCP2UbKEIp?= Message-ID: <94C13E25-1474-4929-9C62-BF5D9E2926C9@yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp> eos-documentメンバー各位 木下 哲平です。お世話になっております。 本日、5月14日(水)のEospedia編集内容を報告致します。 【API説明追記】 mrcImage(API) genUtil(API) 【現在の編集状況と今後の予定】 API一覧: mrcImage, ctfInfo, pdbFile以下編集中 ３次元再構成の実行例追加 mrcImage(API)の説明が一段落したところで復帰します 【次回の予定】 引き続きmrcImageのAPIの説明を追記していきます。 mrcImage.h内のAPIで特定コマンドだけに使用しているものを 分けて記載していこうと思います。(lmrcImageSmoothingなど) 以上、よろしくお願い致します。 木下 哲平 From kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp Thu May 15 18:04:02 2014 From: kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp (Teppei Kinoshita) Date: Thu, 15 May 2014 18:04:02 +0900 Subject: [Eos-document] =?iso-2022-jp?b?GyRCIVobKEJFb3NwZWRpYRskQkZ8GyhC?= =?iso-2022-jp?b?GyRCSnMhWxsoQjUbJEI3bhsoQjE1GyRCRnwbKEIoGyRCTFobKEIp?= Message-ID: <34E5B264-C6B3-4121-A19C-EC0FFF08A35C@yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp> eos-documentメンバー各位 木下 哲平です。お世話になっております。 本日、5月15日(木)のEospedia編集内容を報告致します。 【API説明追記】 mrcImage(API) ※ 質問事項としてフォーラムに2件話題を取り挙げております。 【API関連】APIドキュメントと設定データの関係 【仕様確認】mrcInitを使うときの条件 【API追加】 gifFile(API) psFile(API) llData(API) lll2ltlg(API) lllDataAxisSearch(API) lllDataCompare(API) lllDataContributionCalcDifferentN(API) lllDataCTF(API) lllDataCTFCompensate(API) lllDataCTFCompensation(API) lllDataDifferenceCalc(API) lllDataEquatorAdd(API) lllDataExtract(API) lllDataFit(API) lllDataFitAndAverage(API) lllDataFitParamInverse(API) lllDataLowPassFiltering(API) lllDataMergeDifferentN(API) lllDataRescaling(API) lllDatarMaxLimit(API) 【現在の編集状況と今後の予定】 API一覧: mrcImage, ctfInfo, pdbFile以下編集中 ３次元再構成の実行例追加 mrcImage(API)の説明が一段落したところで復帰します ドキュメントの書き方に問題ありましたら、ご一報をお願いします。 【次回の予定】 引き続きmrcImageのAPIの説明を追記していきます。 以上、よろしくお願い致します。 木下 哲平 From kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp Fri May 16 17:34:15 2014 From: kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp (Teppei Kinoshita) Date: Fri, 16 May 2014 17:34:15 +0900 Subject: [Eos-document] =?iso-2022-jp?b?GyRCIVobKEJFb3NwZWRpYRskQkZ8GyhC?= =?iso-2022-jp?b?GyRCSnMhWxsoQjUbJEI3bhsoQjE2GyRCRnwbKEIoGyRCNmIbKEIp?= Message-ID: <09D24FB3-19C9-4F34-A402-DE8035E98565@yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp> eos-documentメンバー各位 木下 哲平です。お世話になっております。 本日、5月16日(金)のEospedia編集内容を報告致します。 【API説明追記】 lmrcImageBoundaryInfo(API) lmrcImageClusterAnalysis(API) lmrcImageCorrelation(API) gifFile(API) Array(API) Matrix3D(API) Random(API) lmrcImageDensity(API) lmrcImageDensityNormalizationByImage(API) lmrcImageDataMaxAndMinGetByImage(API) lmrcImageDataStraightCopy(API) lmrcImageEdgeAverage(API) lmrcImageFilterCreate(API) lmrcImageMasking(API) lmrcImageNormalizing(API) 【現在の編集状況と今後の予定】 API一覧: mrcImage以下編集中 ３次元再構成の実行例追加 mrcImage内のAPI説明が一段落したところで復帰します ドキュメントの書き方に問題ありましたら、ご一報をお願いします。 【次回の予定】 lmrcImagePad(API)の説明から追記していきます。 以上、よろしくお願い致します。 木下 哲平 From noreply ＠ sourceforge.jp Thu May 15 15:22:43 2014 From: noreply ＠ sourceforge.jp (SourceForge Forum) Date: Thu, 15 May 2014 15:22:43 +0900 Subject: [Eos-document] =?iso-2022-jp?b?W2VvcyAtIBskQiVJJS0lZSVhJXMbKEI=?= =?iso-2022-jp?b?GyRCJUg6bkAuGyhCXSAbJEIhWjtFTU0zTkcnIVsbKEJtcmNJbml0?= =?iso-2022-jp?b?GyRCJHI7SCQmJEgkLSROPnI3bxsoQg==?= Message-ID: <1400134963.742085.10334.nullmailer@sourceforge.jp> このメールはSourceForge.JPのフォーラムからの自動転送です。 注意: このメールに返信しても単に無視されます。 フォーラムメッセージへの返信は以下のURLにアクセスしてください: https://sourceforge.jp/projects/eos/forums/31695/35448/73021/ 投稿者: kinoshita-eos (kinoshita-eos) 【確認内容】 mrcInit内にて無条件で__mrcAllocateを呼んでいます。mrc->Imageを 解放せずに読んだ場合は元データが残ってしまうのでしょ うか。 【対応案】 mrcInit使用上の注意として、事前にImageが空の確認・解放を する旨をドキュメントに記載する。また、この関数を呼ん でいる主要なAPI(mrcImageReadなど)についても注意事項に記載す る。 ファイル名: /src/Objects/DataManip/mrcImage/src/mrcImageInit.c 関数名: mrcInit (48行目付近) mrcInit(mrcImage* mrc, char* filename) { DEBUGPRINT("in mrcInit\n"); /* Unless filename == NULL, File Header Read */ if(NULL!=filename) { mrcHeaderRead(mrc, filename, "in mrcInit", 0); } else { mrcDefaultHeaderValueSetOnlyFixedValue(mrc); mrc->numTailer = 0; } /* Label Number Check */ if(mrc->HeaderLabelN>MRC_MAX_LABEL_N) { mrc->HeaderLabelN = 0L; } mrcHiddenDataSet(mrc, 0); __mrcAllocate(mrc, filename); mrc->status = 0; return 0; } ______________________________________________________________________ Eos-Image Analysis Environment プロジェクトはフォーラムへの投稿をプロジェクトメンバーに メール送信するように設定されています。 設定の詳細に関しては、プロジェクト管理者に確認してください。 From noreply ＠ sourceforge.jp Thu May 15 16:22:36 2014 From: noreply ＠ sourceforge.jp (SourceForge Forum) Date: Thu, 15 May 2014 16:22:36 +0900 Subject: [Eos-document] =?iso-2022-jp?b?W2VvcyAtIBskQiVJJS0lZSVhJXMbKEI=?= =?iso-2022-jp?b?GyRCJUg6bkAuGyhCXSAbJEIhWhsoQkFQSRskQjRYTyIhWxsoQkFQSQ==?= =?iso-2022-jp?b?GyRCJUklLSVlJWElcyVIJEhAX0RqJUchPCU/JE40WDc4GyhC?= Message-ID: <1400138556.295317.23314.nullmailer@sourceforge.jp> このメールはSourceForge.JPのフォーラムからの自動転送です。 注意: このメールに返信しても単に無視されます。 フォーラムメッセージへの返信は以下のURLにアクセスしてください: https://sourceforge.jp/projects/eos/forums/31695/35450/73023/ 投稿者: kinoshita-eos (kinoshita-eos) 【確認事項】 APIの説明として以下の内容を記載することを考えています が、よろしいでしょうか。 【案】 固有の構造体を設定データとして引数にするAPIは構造体と 相互リンクを貼る 【例】lmrcImageSmoothingの場合 ファイル名: /src/Objects/DataManip/mrcImage/inc/mrcImage.h Eospediaページ名: mrcImage(API) 関数名: lmrcImageSmoothing 設定ファイルの構造体: lmrcImageSmoothingInfo (段落は基本通りにしています) 1. 変数 2. 構造体 2.5 API毎の設定 2.5.1 lmrcImageSmoothingInfo ----ここに対応するAPI(3.12.1)へのリンクを貼ります---- mrcImageSmoothingの設定データとして使用します。 typedef struct lmrcImageSmoothingInfo { long mode; mrcImageParaTypeReal sx; /* Filter kernel size */ mrcImageParaTypeReal sy; mrcImageParaTypeReal sz; double sigma; /* for Lee-Sigma filter */ } lmrcImageSmoothingInfo; 3. API 3.12 コマンド毎のAPI 3.12.1 lmrcImageSmoothing ----ここに対応する構造体(2.5.1)へのリンクを貼ります---- 設定データlmrcImageSmoothingInfoを使用します。 extern void lmrcImageSmoothing(mrcImage* dst, mrcImage* src, lmrcImageSmoothingInfo* info, long mode); 【利点】 構造体 -> APIへのリンクの場合: 構造体の使用例が分かり、類似のAPIを作るときの参考にな る API -> 構造体へのリンクの場合: APIの呼び出し方法が分かりやすくなる 例えば、lmrcImageSmoothingを使用するためには modeの他にも設定データlmrcImageSmoothingInfoが必要で、 メンバーにモード、フィルタサイズ、Lee-Sigmaフィルタ用の データを 設定して使うことがすぐに分かるようになる 【考察】 定義している変数の型などにも全てのリンクを貼ることを 考えましたが、 リンクだらけになってしまうと思いましたので、 構造体のみで相互リンクを考えました。 ______________________________________________________________________ Eos-Image Analysis Environment プロジェクトはフォーラムへの投稿をプロジェクトメンバーに メール送信するように設定されています。 設定の詳細に関しては、プロジェクト管理者に確認してください。 From noreply ＠ sourceforge.jp Fri May 16 09:43:27 2014 From: noreply ＠ sourceforge.jp (SourceForge Forum) Date: Fri, 16 May 2014 09:43:27 +0900 Subject: [Eos-document] =?iso-2022-jp?b?W2VvcyAtIBskQiVJJS0lZSVhJXMbKEI=?= =?iso-2022-jp?b?GyRCJUg6bkAuGyhCXSBSZTogGyRCIVobKEJBUEkbJEI0WE8iIVsbKEJB?= =?iso-2022-jp?b?UEkbJEIlSSUtJWUlYSVzJUgkSEBfRGolRyE8JT8kTjRYNzgbKEI=?= Message-ID: <1400201007.487421.20244.nullmailer@sourceforge.jp> このメールはSourceForge.JPのフォーラムからの自動転送です。 注意: このメールに返信しても単に無視されます。 フォーラムメッセージへの返信は以下のURLにアクセスしてください: https://sourceforge.jp/projects/eos/forums/31695/35450/73029/ 投稿者: kinoshita-eos (kinoshita-eos) [メッセージ #73023 の追記] > 固有の構造体を設定データとして引数にするAPIは構造体と 相互リンクを貼る 説明が不足していました。上記の案は /src/Objects/DataManip/mrcImage/inc/mrcImage.h のような定義が多いファイルについてです。 相互リンクを貼らなくても検索すれば良い話ですが、 私自身が何度も見返すケースがあったので、話題とさせて 頂きました。 しかし、定義が多く情報が埋もれてしまう恐れが有るファ イルは inc内のファイルくらいだと思いますので、 あまり気にすることではないかもしれません。 この件はこだわらずに「APIの内容を出来るだけ多く記載す ることを優先」し、 細かい工夫などはその都度で少しずつ加えていこうかと思 います。 ______________________________________________________________________ Eos-Image Analysis Environment プロジェクトはフォーラムへの投稿をプロジェクトメンバーに メール送信するように設定されています。 設定の詳細に関しては、プロジェクト管理者に確認してください。 From noreply ＠ sourceforge.jp Fri May 16 17:23:44 2014 From: noreply ＠ sourceforge.jp (SourceForge Forum) Date: Fri, 16 May 2014 17:23:44 +0900 Subject: [Eos-document] =?iso-2022-jp?b?W2VvcyAtIBskQiVJJS0lZSVhJXMbKEI=?= =?iso-2022-jp?b?GyRCJUg6bkAuGyhCXSAbJEIhWhsoQkFQSRskQjRYTyIhWxsoQmxtcmNJ?= =?iso-2022-jp?b?bWFnZU1hc2tpbmcbJEIkSyREJCQkRhsoQg==?= Message-ID: <1400228624.160884.790.nullmailer@sourceforge.jp> このメールはSourceForge.JPのフォーラムからの自動転送です。 注意: このメールに返信しても単に無視されます。 フォーラムメッセージへの返信は以下のURLにアクセスしてください: https://sourceforge.jp/projects/eos/forums/31695/35457/73037/ 投稿者: kinoshita-eos (kinoshita-eos) 【疑問点】 Objects/DataManip/mrcImage/src/lmrcImageMaskingは現在使用していないよ うですが、これは処理をToolsに直接書くようにしたため不要 になったのでしょうか。それともObjectsへ移行途中なのでし ょうか。 【経緯】 ObjectsにてToolsと定数の定義が異なる箇所が有りましたので 、そのまま使用するとまずいと思い上記の質問としました 。 -Tools(cファイル)- typedef enum lmrcImageMaskingInfoShape { lmrcImageMaskingInfoShapeCircle=0, lmrcImageMaskingInfoSquare=1 } lmrcImageMaskingInfoShape; -Objetcts(hファイル)- typedef enum lmrcImageMaskingInfoShape { lmrcImageMaskingInfoShapeCircle=0, lmrcImageMaskingInfoSquare=0 } lmrcImageMaskingInfoShape; ______________________________________________________________________ Eos-Image Analysis Environment プロジェクトはフォーラムへの投稿をプロジェクトメンバーに メール送信するように設定されています。 設定の詳細に関しては、プロジェクト管理者に確認してください。 From kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp Mon May 19 17:46:15 2014 From: kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp (Teppei Kinoshita) Date: Mon, 19 May 2014 17:46:15 +0900 Subject: [Eos-document] =?iso-2022-jp?b?GyRCIVobKEJFb3NwZWRpYRskQkZ8GyhC?= =?iso-2022-jp?b?GyRCSnMhWxsoQjUbJEI3bhsoQjE5GyRCRnwbKEIoGyRCN24bKEIp?= Message-ID: <2E921E01-1E5B-4BBA-AF84-57B3A575F706@yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp> eos-documentメンバー各位 木下 哲平です。お世話になっております。 本日、5月19日(月)のEospedia編集内容を報告致します。 【API説明追記】 lmrcImagePad(API) lmrcImagePrint(API) lmrcImageROI2D(API) lmrcImageRadialDistribution(API) lmrcImageRhoFiltering(API) lmrcImageSamplingUnitChange(API) lmrcImageSymmetryFind(API) lmrcImageTransformDescartesIntoPolar(API) ※ 動径分布(lmrcImageRadialDistribution)の件、ありがとうございました。 ・計算式に使う変数を読み違えて混乱してました。 -考察- Averageフラグ有 -> ピクセルデータの平均値(動径rのデータ合計 / 動径rのデータ数) Averageフラグ無 -> Åでの積分値(平均値 × 1ピクセル当たりのÅ × 動径r) フラグ無しの用途は例えば画像から粒子の大きさを推定する場合に使用するとかでしょうか。 【現在の編集状況と今後の予定】 API一覧: mrcImage以下編集中 ３次元再構成の実行例追加 mrcImage内のAPI説明が一段落したところで復帰します ドキュメントの書き方に問題ありましたら、ご一報をお願いします。 【次回の予定】 lmrcSinogramFET(API)の説明から追記していきます。 以上、よろしくお願い致します。 木下 哲平 From kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp Tue May 20 17:52:48 2014 From: kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp (Teppei Kinoshita) Date: Tue, 20 May 2014 17:52:48 +0900 Subject: [Eos-document] =?iso-2022-jp?b?GyRCIVobKEJFb3NwZWRpYRskQkZ8GyhC?= =?iso-2022-jp?b?GyRCSnMhWxsoQjUbJEI3bhsoQjIwGyRCRnwbKEIoGyRCMlAbKEIp?= Message-ID: <69736BE4-D249-4BC7-B6C4-505DD34FE234@yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp> eos-documentメンバー各位 木下 哲平です。お世話になっております。 本日、5月20日(火)のEospedia編集内容を報告致します。 【API説明追記】 lmrcSinogramFET(API) 【API追加】 ltlgData(API) lltlg2mrc(API) mapFile(API) lFRET(API) tgaFile(API) lCommonLineCalculation(API) lDescartesIntoPolar(API) lEvaluateCorrelationMapwithCommonLine(API) lFETmapOrientationSearchBySimultaneousFitting(API) lFETOrientationSearchByAnnealing(API) lFETOrientationSearchByFeatureAlignment(API) lFETsmallMapSetCreate_forSimultaneousMinimization(API) lllExtract(API) lllExtractCtfinfFileCreate(API) lllExtractdYEstimate(API) lmrc2Dto3D(API) lmrc3Dto2D(API) lmrcImageFileListAndEulerAngleDataRead(API) lmrcImageOrientationSearchBySimultaneousMinimization(API) mrcRefUtil(API) Contour(API) ActorMaker(API) DataSearcher(API) DataStore(API) eosAxisSource(API) eosDataPicker(API) eosInteractorMyStyle(API) eosInteractorStyleStereo(API) eosStereoRenderer(API) eosStereoWindow(API) eosTclNewCommandCreate(API) FigureFactory(API) HomologyStore(API) PickedDataStore(API) Property(API) PropertyTcl(API) ShapeMaker(API) vtkAdditionalCommandForEos(API) vtkemDataImageReader(API) vtkmrcImageReader(API) vtkmrcImageWriter(API) alsa(API) avsFile(API) openGL(API) DisplayListNumber(API) lmolvie(API) lmolvieProteinStatus(API) marching_cubes(API) molvieDefault(API) molvieDockDefault(API) molvieFlightDefault(API) molvieMrcViewerDefault(API) molvieProjectionDefault(API) molvieViewerDefault(API) DCDFile(API) IMAGIC(API) nr2(API) dsn6File(API) emData(API) khorosData(API) largeIP(API) NeuralNet(API) lmrcNeuralNet(API) larray2mrc(API) Cluster(API) Crystal(API) DataBase(API) DataBaseCorbaBank(API) DataBaseCorbaImpl(API) DataBaseCorbaManager(API) DataBaseJournal(API) DataBaseMaker(API) DataBaseNote(API) Eos(API) File(API) Map2D(API) PVM(API) Socket(API) SpecialNumber(API) String(API) eosCuda(API) eosList(API) eosPThread(API) eosPoint(API) hf2000(API) lhf2000LenzCurrent(API) lhf2000SpecimenPosition(API) 【現在の編集状況と今後の予定】 API一覧: ヘッダファイルの内容はほぼ全て記載しました。 mrcImage内は説明追記中 残り gif_lib(API) DataBaseCorba(API) 未実装 llDataPVM(API) lmrcImagePartImageSegmentation(API) ３次元再構成の実行例追加 API説明が一段落したところで復帰します ドキュメントの書き方に問題ありましたら、ご一報をお願いします。 【次回の予定】 引き続きAPIの説明を追記していきます。 以上、よろしくお願い致します。 木下 哲平 From kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp Wed May 21 17:38:37 2014 From: kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp (Teppei Kinoshita) Date: Wed, 21 May 2014 17:38:37 +0900 Subject: [Eos-document] =?iso-2022-jp?b?GyRCIVobKEJFb3NwZWRpYRskQkZ8GyhC?= =?iso-2022-jp?b?GyRCSnMhWxsoQjUbJEI3bhsoQjIxGyRCRnwbKEIoGyRCP2UbKEIp?= Message-ID: eos-documentメンバー各位 木下 哲平です。お世話になっております。 本日、5月21日(水)のEospedia編集内容を報告致します。 【API説明追記】 lmrcSinogramFETcalcWeight(API) lCommonLineCalculation(API) lmrcImageCommonLine(API) lmrcImageCentre(API) 【その他の追記事項】 ツールの作り方 ライブラリ（API）の作り方 protoObjectMethodCreate ツールとオブジェクトをローカルに新規作成してみて、 その内容を加筆しました。 【現在の編集状況と今後の予定】 API一覧: mrcImage内は説明追記中 ３次元再構成の実行例追加 API説明が一段落したところで復帰します ドキュメントの書き方に問題ありましたら、ご一報をお願いします。 【次回の予定】 引き続きAPIの説明を追記していきます。 以上、よろしくお願い致します。 木下 哲平 From kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp Thu May 22 18:06:42 2014 From: kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp (Teppei Kinoshita) Date: Thu, 22 May 2014 18:06:42 +0900 Subject: [Eos-document] =?iso-2022-jp?b?GyRCIVobKEJFb3NwZWRpYRskQkZ8GyhC?= =?iso-2022-jp?b?GyRCSnMhWxsoQjUbJEI3bhsoQjIyGyRCRnwbKEIoGyRCTFobKEIp?= Message-ID: <5C0BA10F-B773-42A3-B6CB-E3F91AE010D3@yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp> eos-documentメンバー各位 木下 哲平です。お世話になっております。 本日、5月22日(木)のEospedia編集内容を報告致します。 【API説明追記】 eosPThread(API) lmrc3Dto2D(API) lmrc2Dto3D(API) Vector(API) API数のカウントについてですが、 "ライブラリ(API)一覧"のところのタイトルの横に括弧付きで記載するようにしました。 今後、APIの説明を追記する毎に更新していきます。 【現在の編集状況と今後の予定】 API説明: 222件(複数のAPIをまとめているのを含みます) ３次元再構成の実行例追加 API説明が一段落したところで復帰します ドキュメントの書き方に問題ありましたら、ご一報をお願いします。 【次回の予定】 引き続きAPIの説明を追記していきます。 以上、よろしくお願い致します。 木下 哲平 From kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp Fri May 23 17:43:21 2014 From: kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp (Teppei Kinoshita) Date: Fri, 23 May 2014 17:43:21 +0900 Subject: [Eos-document] =?iso-2022-jp?b?GyRCIVobKEJFb3NwZWRpYRskQkZ8GyhC?= =?iso-2022-jp?b?GyRCSnMhWxsoQjUbJEI3bhsoQjIzGyRCRnwbKEIoGyRCNmIbKEIp?= Message-ID: <7595C35F-81B5-4539-A18A-F90B9A6FFA6E@yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp> eos-documentメンバー各位 木下 哲平です。お世話になっております。 本日、5月23日(金)のEospedia編集内容を報告致します。 【API説明追記】 fftn(API) lmrcFFTExpression(API) lmrcImage3DWindowing(API) lmrcImageAsProbability(API) lmrcImageAverage(API) lmrcImageAddValue(API) lmrcImageBilateralFilter(API) lmrcImageBinarization(API) lmrcImageConnection(API) lmrcImageConnectivityNumberCalc(API) lmrcImageContourSurface(API) lmrcImageCrystalCreate(API) lmrcImageDistanceConversion(API) lmrcImageMirroring(API) lmrcImageModeChange(API) lmrcImageMultiplying(API) lmrcImageROI3D(API) lmrcImageSamplingUnitChange(API) 【現在の編集状況と今後の予定】 API説明: 327件(複数のAPIをまとめているのを含みます) ３次元再構成の実行例追加 API説明が一段落したところで復帰します ドキュメントの書き方に問題ありましたら、ご一報をお願いします。 【次回の予定】 引き続きAPIの説明を追記していきます。 以上、よろしくお願い致します。 木下 哲平 From noreply ＠ sourceforge.jp Sat May 24 07:28:04 2014 From: noreply ＠ sourceforge.jp (SourceForge Forum) Date: Sat, 24 May 2014 07:28:04 +0900 Subject: [Eos-document] =?iso-2022-jp?b?W2VvcyAtIBskQiVJJS0lZSVhJXMbKEI=?= =?iso-2022-jp?b?GyRCJUg6bkAuGyhCXSBSZTogGyRCIVobKEJBUEkbJEI0WE8iIVsbKEJs?= =?iso-2022-jp?b?bXJjSW1hZ2VNYXNraW5nGyRCJEskRCQkJEYbKEI=?= Message-ID: <1400884084.783342.30553.nullmailer@sourceforge.jp> このメールはSourceForge.JPのフォーラムからの自動転送です。 注意: このメールに返信しても単に無視されます。 フォーラムメッセージへの返信は以下のURLにアクセスしてください: https://sourceforge.jp/projects/eos/forums/31695/35457/73145/ 投稿者: Takuo Yasunaga (tacyas) オブジェクトへ移行中と思われますが、その点は間違って いるので、修正をかけたいと思います。 チケットを発行します。 [メッセージ #73037 への返信] > 【疑問点】 > Objects/DataManip/mrcImage/src/lmrcImageMaskingは現在使用していない ようですが、これは処理をToolsに直接書くようにしたため不 要になったのでしょうか。それともObjectsへ移行途中なので しょうか。 > > 【経緯】 > ObjectsにてToolsと定数の定義が異なる箇所が有りましたので 、そのまま使用するとまずいと思い上記の質問としました 。 > > -Tools(cファイル)- > typedef enum lmrcImageMaskingInfoShape { > lmrcImageMaskingInfoShapeCircle=0, > lmrcImageMaskingInfoSquare=1 > } lmrcImageMaskingInfoShape; > > -Objetcts(hファイル)- > typedef enum lmrcImageMaskingInfoShape { > lmrcImageMaskingInfoShapeCircle=0, > lmrcImageMaskingInfoSquare=0 > } lmrcImageMaskingInfoShape; ______________________________________________________________________ Eos-Image Analysis Environment プロジェクトはフォーラムへの投稿をプロジェクトメンバーに メール送信するように設定されています。 設定の詳細に関しては、プロジェクト管理者に確認してください。 From noreply ＠ sourceforge.jp Sat May 24 08:11:06 2014 From: noreply ＠ sourceforge.jp (SourceForge Forum) Date: Sat, 24 May 2014 08:11:06 +0900 Subject: [Eos-document] =?iso-2022-jp?b?W2VvcyAtIBskQiVJJS0lZSVhJXMbKEI=?= =?iso-2022-jp?b?GyRCJUg6bkAuGyhCXSBSZTogGyRCIVobKEJBUEkbJEI0WE8iIVsbKEJB?= =?iso-2022-jp?b?UEkbJEIlSSUtJWUlYSVzJUgkSEBfRGolRyE8JT8kTjRYNzgbKEI=?= Message-ID: <1400886666.423994.2975.nullmailer@sourceforge.jp> このメールはSourceForge.JPのフォーラムからの自動転送です。 注意: このメールに返信しても単に無視されます。 フォーラムメッセージへの返信は以下のURLにアクセスしてください: https://sourceforge.jp/projects/eos/forums/31695/35450/73146/ 投稿者: Takuo Yasunaga (tacyas) 基本的な考え方として、 incの下のヘッダーファイルは、よく使うＡＰＩを定義 srcの下のヘッダーファイルは、かなり特化したＡＰＩを定 義 という使い分けをしています。 ファイルの中は、埋もれる部分もありますが、検索もしや すい部分もあり、それはそれで便利でもあります。あまり 分かれてしまうと、それはそれで困難。 ______________________________________________________________________ Eos-Image Analysis Environment プロジェクトはフォーラムへの投稿をプロジェクトメンバーに メール送信するように設定されています。 設定の詳細に関しては、プロジェクト管理者に確認してください。 From noreply ＠ sourceforge.jp Mon May 26 14:05:28 2014 From: noreply ＠ sourceforge.jp (SourceForge Forum) Date: Mon, 26 May 2014 14:05:28 +0900 Subject: [Eos-document] =?iso-2022-jp?b?W2VvcyAtIBskQiVJJS0lZSVhJXMbKEI=?= =?iso-2022-jp?b?GyRCJUg6bkAuGyhCXSAbJEIhWhsoQkFQSRskQjRYTyIhWxsoQmxtcmNJ?= =?iso-2022-jp?b?bWFnZVRyaW1pbmcbJEIkThsoQnRpbWVzGyRCJEskRCQkJEYbKEI=?= Message-ID: <1401080728.901779.21858.nullmailer@sourceforge.jp> このメールはSourceForge.JPのフォーラムからの自動転送です。 注意: このメールに返信しても単に無視されます。 フォーラムメッセージへの返信は以下のURLにアクセスしてください: https://sourceforge.jp/projects/eos/forums/31695/35504/73162/ 投稿者: kinoshita-eos (kinoshita-eos) 【疑問点】 lmrcImageTrimingのtimesの用途が分かりませんでした。timesは繰り 返し回数を指していると推測していますが、現在のコード ではtimes回数のfor文内で入力ファイルsrcから周辺が0(付近)で ないデータのみを出力ファイルdstにしていますが、srcは読 み込み、dstは書き出しのみに使用されていますので、繰り 返してもデータに変化がないと思います。 【ファイル名】 src/Objects/DataManip/mrcImage/src/lmrcImageTriming.c 【該当箇所】25行目以降 for(i=0; iHeaderN.x; x++) { for(y=0; yHeaderN.y; y++) { for(z=0; zHeaderN.z; z++) { mrcPixelDataGet(src, x, y, z, &data, mrcPixelRePart, mrcPixelHowNearest); if(fabs(data-1.0)<1e-6) { /* On Object */ switch(neighbor) { case 8: mrcPixelDataGet(src, x-1, y-1, z, &data5, mrcPixelRePart, mrcPixelHowNearest); mrcPixelDataGet(src, x+1, y-1, z, &data6, mrcPixelRePart, mrcPixelHowNearest); mrcPixelDataGet(src, x-1, y+1, z, &data7, mrcPixelRePart, mrcPixelHowNearest); mrcPixelDataGet(src, x+1, y+1, z, &data8, mrcPixelRePart, mrcPixelHowNearest); case 4: mrcPixelDataGet(src, x-1, y, z, &data1, mrcPixelRePart, mrcPixelHowNearest); mrcPixelDataGet(src, x+1, y, z, &data2, mrcPixelRePart, mrcPixelHowNearest); mrcPixelDataGet(src, x, y-1, z, &data3, mrcPixelRePart, mrcPixelHowNearest); mrcPixelDataGet(src, x, y+1, z, &data4, mrcPixelRePart, mrcPixelHowNearest); break; default: fprintf(stderr, "Not supported Neighbor: %d\n", neighbor); return; } switch(neighbor) { case 4: { if(fabs(data1)<1e-6 ||fabs(data2)<1e-6 ||fabs(data3)<1e-6 ||fabs(data4)<1e-6) { mrcPixelDataSet(dst, x, y, z, 0.0, mrcPixelRePart); } else { mrcPixelDataSet(dst, x, y, z, data, mrcPixelRePart); } break; } case 8: { if(fabs(data1)<1e-6 ||fabs(data2)<1e-6 ||fabs(data3)<1e-6 ||fabs(data4)<1e-6 ||fabs(data5)<1e-6 ||fabs(data6)<1e-6 ||fabs(data7)<1e-6 ||fabs(data8)<1e-6) { mrcPixelDataSet(dst, x, y, z, 0.0, mrcPixelRePart); } else { mrcPixelDataSet(dst, x, y, z, data, mrcPixelRePart); } break; } } } } } } } ______________________________________________________________________ Eos-Image Analysis Environment プロジェクトはフォーラムへの投稿をプロジェクトメンバーに メール送信するように設定されています。 設定の詳細に関しては、プロジェクト管理者に確認してください。 From kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp Mon May 26 17:54:00 2014 From: kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp (Teppei Kinoshita) Date: Mon, 26 May 2014 17:54:00 +0900 Subject: [Eos-document] =?iso-2022-jp?b?GyRCIVobKEJFb3NwZWRpYRskQkZ8GyhC?= =?iso-2022-jp?b?GyRCSnMhWxsoQjUbJEI3bhsoQjI2GyRCRnwbKEIoGyRCN24bKEIp?= Message-ID: eos-documentメンバー各位 木下 哲平です。お世話になっております。 本日、5月26日(月)のEospedia編集内容を報告致します。 【API説明追記】 lmrcImageShapePCA(API) lmrcImageSinogram(API) lmrcImageSolventFlattening(API) lmrcImageSphere(API) lmrcImageSplit(API) lmrcImageWindowing(API) mrcImage内のAPIで書けそうな箇所を一通り記載しました。 【現在の編集状況と今後の予定】 API説明(一旦完了): 395件(複数のAPIをまとめているのを含みます) ３次元再構成の実行例追加 編集再開 ドキュメントの書き方に問題ありましたら、ご一報をお願いします。 【次回の予定】 ３次元再構成(単粒子、トモグラム)の実行例を再開します。 mrc2Dto3D: m=0(Simple), 1(Filter), -SIRT mrcInverse: m=1(Simple), 2 ~ 6のモード を比較して、Simpleよりも鮮明に再構成できる様子を記載します。 なお、APIについても分かったところは追記していきます。 以上、よろしくお願い致します。 木下 哲平 From noreply ＠ sourceforge.jp Tue May 27 02:44:07 2014 From: noreply ＠ sourceforge.jp (SourceForge Forum) Date: Tue, 27 May 2014 02:44:07 +0900 Subject: [Eos-document] =?iso-2022-jp?b?W2VvcyAtIBskQiVJJS0lZSVhJXMbKEI=?= =?iso-2022-jp?b?GyRCJUg6bkAuGyhCXSBSZTogGyRCIVobKEJBUEkbJEI0WE8iIVsbKEJs?= =?iso-2022-jp?b?bXJjSW1hZ2VUcmltaW5nGyRCJE4bKEJ0aW1lcxskQiRLJEQkJCRGGyhC?= Message-ID: <1401126247.308703.28515.nullmailer@sourceforge.jp> このメールはSourceForge.JPのフォーラムからの自動転送です。 注意: このメールに返信しても単に無視されます。 フォーラムメッセージへの返信は以下のURLにアクセスしてください: https://sourceforge.jp/projects/eos/forums/31695/35504/73174/ 投稿者: Takuo Yasunaga (tacyas) これはたぶんバグですね。もう少し確認して、修正をかけ ます。 [メッセージ #73162 への返信] > 【疑問点】 > lmrcImageTrimingのtimesの用途が分かりませんでした。timesは繰 り返し回数を指していると推測していますが、現在のコー ドではtimes回数のfor文内で入力ファイルsrcから周辺が0(付近) でないデータのみを出力ファイルdstにしていますが、srcは 読み込み、dstは書き出しのみに使用されていますので、繰 り返してもデータに変化がないと思います。 > > 【ファイル名】 > src/Objects/DataManip/mrcImage/src/lmrcImageTriming.c > > 【該当箇所】25行目以降 > > for(i=0; i for(x=0; xHeaderN.x; x++) { > for(y=0; yHeaderN.y; y++) { > for(z=0; zHeaderN.z; z++) { > mrcPixelDataGet(src, x, y, z, &data, mrcPixelRePart, mrcPixelHowNearest); > if(fabs(data-1.0)<1e-6) { /* On Object */ > switch(neighbor) { > case 8: > mrcPixelDataGet(src, x-1, y-1, z, &data5, mrcPixelRePart, mrcPixelHowNearest); > mrcPixelDataGet(src, x+1, y-1, z, &data6, mrcPixelRePart, mrcPixelHowNearest); > mrcPixelDataGet(src, x-1, y+1, z, &data7, mrcPixelRePart, mrcPixelHowNearest); > mrcPixelDataGet(src, x+1, y+1, z, &data8, mrcPixelRePart, mrcPixelHowNearest); > case 4: > mrcPixelDataGet(src, x-1, y, z, &data1, mrcPixelRePart, mrcPixelHowNearest); > mrcPixelDataGet(src, x+1, y, z, &data2, mrcPixelRePart, mrcPixelHowNearest); > mrcPixelDataGet(src, x, y-1, z, &data3, mrcPixelRePart, mrcPixelHowNearest); > mrcPixelDataGet(src, x, y+1, z, &data4, mrcPixelRePart, mrcPixelHowNearest); > break; > default: > fprintf(stderr, "Not supported Neighbor: %d\n", neighbor); > return; > } > switch(neighbor) { > case 4: { > if(fabs(data1)<1e-6 > ||fabs(data2)<1e-6 > ||fabs(data3)<1e-6 > ||fabs(data4)<1e-6) { > mrcPixelDataSet(dst, x, y, z, 0.0, mrcPixelRePart); > } else { > mrcPixelDataSet(dst, x, y, z, data, mrcPixelRePart); > } > break; > } > case 8: { > if(fabs(data1)<1e-6 > ||fabs(data2)<1e-6 > ||fabs(data3)<1e-6 > ||fabs(data4)<1e-6 > ||fabs(data5)<1e-6 > ||fabs(data6)<1e-6 > ||fabs(data7)<1e-6 > ||fabs(data8)<1e-6) { > mrcPixelDataSet(dst, x, y, z, 0.0, mrcPixelRePart); > } else { > mrcPixelDataSet(dst, x, y, z, data, mrcPixelRePart); > } > break; > } > } > } > } > } > } > } ______________________________________________________________________ Eos-Image Analysis Environment プロジェクトはフォーラムへの投稿をプロジェクトメンバーに メール送信するように設定されています。 設定の詳細に関しては、プロジェクト管理者に確認してください。 From kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp Tue May 27 18:24:36 2014 From: kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp (Teppei Kinoshita) Date: Tue, 27 May 2014 18:24:36 +0900 Subject: [Eos-document] =?iso-2022-jp?b?GyRCIVobKEJFb3NwZWRpYRskQkZ8GyhC?= =?iso-2022-jp?b?GyRCSnMhWxsoQjUbJEI3bhsoQjI3GyRCRnwbKEIoGyRCMlAbKEIp?= Message-ID: <36F65785-AA57-431C-B8AF-1B840E64DD09@yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp> eos-documentメンバー各位 木下 哲平です。お世話になっております。 本日、5月27日(火)のEospedia編集内容を報告致します。 【API説明追記】 lmrcImageTriming(API) 動作確認及び仕様を理解できましたので、説明を追記しました。 【現在の編集状況と今後の予定】 API説明(一旦完了): 396件(随時追加します) ３次元再構成の実行例追加 準備完了 ドキュメントの書き方に問題ありましたら、ご一報をお願いします。 【次回の予定】 mrc2Dto3Dが動作可能となりましたので、 逆投影の手法による違いを記載していきます。 対応して頂きありがとうございました。 以上、よろしくお願い致します。 木下 哲平 From kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp Wed May 28 17:47:30 2014 From: kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp (Teppei Kinoshita) Date: Wed, 28 May 2014 17:47:30 +0900 Subject: [Eos-document] =?iso-2022-jp?b?GyRCIVobKEJFb3NwZWRpYRskQkZ8GyhC?= =?iso-2022-jp?b?GyRCSnMhWxsoQjUbJEI3bhsoQjI4GyRCRnwbKEIoGyRCP2UbKEIp?= Message-ID: <812AE708-39C6-4F37-9000-EFC65DA05185@yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp> eos-documentメンバー各位 木下 哲平です。お世話になっております。 本日、5月28日(水)のEospedia編集内容を報告致します。 【編集項目】 -単粒子解析- 「逆投影方法による３次元像の違い」追記 1軸、2軸回転にて比較 ・mrc2Dto3D: 単純逆投影とフィルタ逆投影 ・mrc2Dto3D: SIRTの繰り返し回数3, 5, 10, 30 ・逆ラドン変換(m=1 ~ 6) ※ 2軸回転のSIRT回数30が残ってますが、 こちらはバックグラウンドで動かして更新します。 なお、出力ファイル本体もアップロードしておりますので 後ほどそれを用いてgifアニメーションを作成する予定です。 【現在の編集状況と今後の予定】 API説明(一旦完了): 396件(随時追加します) ３次元再構成の実行例追加 単粒子解析概ね完了 ドキュメントの書き方に問題ありましたら、ご一報をお願いします。 【次回の予定】 電子線トモグラフィーでの逆投影法の違いを作成する予定です。 以上、よろしくお願い致します。 木下 哲平 From kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp Thu May 29 18:41:10 2014 From: kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp (Teppei Kinoshita) Date: Thu, 29 May 2014 18:41:10 +0900 Subject: [Eos-document] =?iso-2022-jp?b?GyRCIVobKEJFb3NwZWRpYRskQkZ8GyhC?= =?iso-2022-jp?b?GyRCSnMhWxsoQjUbJEI3bhsoQjI5GyRCRnwbKEIoGyRCTFobKEIp?= Message-ID: <26278795-713E-4628-9276-1AEB86FEF0D6@yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp> eos-documentメンバー各位 木下 哲平です。お世話になっております。 本日、5月29日(木)のEospedia編集内容を報告致します。 【編集項目】 -単粒子解析- 「逆投影方法による３次元像の違い」追記 ・gifアニメーションを追加 -電子線トモグラフィー- 「逆投影方法による３次元像の違い」追記 ・画像データ: 完了 ・gifアニメーション: 一部 【議事録】 ・３次元画像の表現としてThree.jsを導入する予定 【現在の編集状況と今後の予定】 API説明(一旦完了): 396件(随時追加します) ３次元再構成の実行例追加 単粒子解析: 完了 電子線トモグラフィー: gif残り ドキュメントの書き方に問題ありましたら、ご一報をお願いします。 【次回の予定】 ・電子線トモグラフィーの比較用gifアニメーションを追加します。 ・３次元再構成で使用したコマンドやAPIのドキュメントの追記・修正をします。 以上、よろしくお願い致します。 木下 哲平 From kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp Fri May 30 18:06:06 2014 From: kinoshita ＠ yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp (Teppei Kinoshita) Date: Fri, 30 May 2014 18:06:06 +0900 Subject: [Eos-document] =?iso-2022-jp?b?GyRCIVobKEJFb3NwZWRpYRskQkZ8GyhC?= =?iso-2022-jp?b?GyRCSnMhWxsoQjUbJEI3bhsoQjMwGyRCRnwbKEIoGyRCNmIbKEIp?= Message-ID: <54A6841C-4A65-4F64-8702-606BAE4B8D80@yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp> eos-documentメンバー各位 木下 哲平です。お世話になっております。 本日、5月30日(金)のEospedia編集内容を報告致します。 【編集項目】 -３次元再構成・逆投影- ・「逆投影方法による３次元像の違い」 単粒子解析・トモグラフィーから移動 ・gifアニメーション追加 -単粒子解析- ・2.3.4 ３次元再構成: 実行例の説明を追記 ・2.3.4 別PDB、ラドン変換での質を改善した実行例を追加 【考察】 ・FSCの結果はフィルタを掛けるときに使用できると考えました。 　(例) FSCの相関値が0.5の周波数でローパスフィルタのFBPで再構成すると質が良くなる？ 　　ラドン変換で確認しました。 【現在の編集状況と今後の予定(優先降順)】 単粒子解析: ２次元単粒子解析、FSC、繰り返し再編集予定 API説明(一旦完了): 396件(随時追加します) 電子線トモグラフィー: 単粒子解析見直し後、編集項目見直し Small Tool: 現状、低優先(上記に関連したコマンドを追記する方針) ３次元再構成・逆投影(一旦完了): チケット受領次第、重み付き逆投影法に着手予定 ドキュメントの書き方に問題ありましたら、ご一報をお願いします。 【次回の予定】 ・単粒子解析のFSCの説明や実行例を再編集する予定です。 以上、よろしくお願い致します。 木下 哲平