From gyama ＠ ssl.fujitsu.com  Sun Jan 29 01:04:01 2006
From: gyama ＠ ssl.fujitsu.com (Go Yamamoto)
Date: Sun, 29 Jan 2006 01:04:01 +0900
Subject: [Knob-dev 37] BioMOBY Users Group
Message-ID: <43DB95F1.9956E1CA@ssl.fujitsu.com>

山本です。

BioMOBY Users Group が SourceForge にプロジェクトとして登録され
ました。
https://sourceforge.jp/projects/biomoby

こちらで流すのが適当でなかったらすみません(これから関係が深くな
るでしょう、ということで)。

-- 
山本 剛(ごう)		E-mail: gyama ＠ ssl.fujitsu.com



From itoshi.nikaido ＠ nifty.com  Sun Jan 29 09:58:08 2006
From: itoshi.nikaido ＠ nifty.com (Itoshi NIKAIDO)
Date: Sun, 29 Jan 2006 09:58:08 +0900
Subject: [Knob-dev 38] Re: BioMOBY Users Group
In-Reply-To: <43DB95F1.9956E1CA@ssl.fujitsu.com>
References: <43DB95F1.9956E1CA@ssl.fujitsu.com>
Message-ID: <f016dc0f0601281658r315586d5y889bc2db9a61babb@mail.gmail.com>

にかいどうです。

お疲れ様です。

On 1/29/06, Go Yamamoto <gyama ＠ ssl.fujitsu.com> wrote:
> 山本です。
>
> BioMOBY Users Group が SourceForge にプロジェクトとして登録され
> ました。
> https://sourceforge.jp/projects/biomoby

いよいよ、動き始めましたね。

> こちらで流すのが適当でなかったらすみません(これから関係が深くな
> るでしょう、ということで)。

構いませんよ。向こうでもMLを立ち上げてもいいですが、どうしましょうか。

あと、山本さんをKNOB Projectの開発メンバーに登録します。
そうすれば、knob.sourceforge.jpのwww,ssh,ftpなどに
アクセスできるようになりますので。

--
Itoshi NIKAIDO, Ph.D.


From itoshi.nikaido ＠ nifty.com  Sun Jan 29 12:25:43 2006
From: itoshi.nikaido ＠ nifty.com (Itoshi NIKAIDO)
Date: Sun, 29 Jan 2006 12:25:43 +0900
Subject: [Knob-dev 39] biolinux + Alien
Message-ID: <f016dc0f0601281925v41e6fd97rc30dd2d6e8217424@mail.gmail.com>

にかいどうです。

Alien + biolinuxを利用できないか、という話を
調査するということでしたが、結構使えそうです。

Alien
http://kitenet.net/programs/alien/

Biolinux
http://www.biolinux.org/

まず、手動で入れていたPrimer3, MEME, SIM4があります。

また、EMBOSSで利用するデータのRPMがありました。
http://www.biolinux.org/emboss.html

これらを使えばかなり手動の部分をなくし、リマスタリングを
かなり自動化できそうです。

ほかにも魅力的なツールがそろっています。特に系統解析
やRNAの解析関係のものが充実しているようです。

ちなみに、Alienですが、KNOPPIX JPの OpenOffice.org は
RPM をAlienで入れているそうです。

--
Itoshi NIKAIDO, Ph.D.