Itoshi NIKAIDO
itosh****@nifty*****
2006年 3月 2日 (木) 09:29:33 JST
にかいどうです。 1は壁紙で対応しましょう。 2はお願いします。apt-getで対応できると思います。 3はftp://emboss.open-bio.org/pub/EMBOSS/ にあるプログラムです。ほとんどconfigure,make,make install で入ります。もともとapt-getで入っているものもいくつか あります。容量的に難しい場合は見送ります。 4は最低限、BioPerlとBioRubyが動けばいいと思います。 DebianのRubyは標準ライブラリが別のパッケージになっている のでそれだけ入れてくれれば良いと思います。特にSOAP周り がないとデータベースにアクセスできなくなるので確認して 頂けると幸いです。 5は見送りましょう。 6は対応済みですね。 7は先日お送りしたものに差し替えてください。 以上、よろしくお願いします。 On 1/31/06, Itoshi NIKAIDO <itosh****@saita*****> wrote: > にかいどうです。 > > 前回のKNOBで要望を受けたことをメモした > ものを発見しました。参考までに送ります。 > > 実現できるものはなるべくしたいですね。 > > 1. バージョンがわかるようにする > バージョンによってソフトの構成が違うため、 > サポートの際にバージョンを聞く必要があるが、 > 現在のKNOBでバージョンを明示的に知る方法が > ない。 > > $ cd ~/ > $ touch KNOB2.0.0 > > とかしておけばいいと思う。 > > 2. PyMOLのGUI動作に必要な pythonのdistutils.spawnがない > > 3. EMBASSYがない > EMBOSSが必要とするサードパーティのソフト群をこう呼ぶが > それがすべて入っている訳ではない。よって、依存するEMBOSS > のプログラムの一部が動かない > > 4. Ruby/Perlのライブラリ > mysql, BDB, DBI, XML周りのライブラリを充実させてほしい。 > > 5. EMBOSSのデータをいれてほしい > PROSITEやREPEATのデータベースを入れてほしい。これは > 容量と相談か? > > 6. UNIONFSへの対応 > 足りないライブラリなどを自分で足せるので。 > > 7. emboss.defaultのデータベース名の改善 > GENBANKN とあるがタンパク質もとれる。URLもより適切な > ものがあるのでは? > > -- > Itoshi NIKAIDO, Ph.D. > -- Itoshi NIKAIDO, Ph.D. FF20 8296 ED6F D9E5 7D05 8A0F 65D8 C2F5 C8D7 2CE2
