Go Yamamoto
gyama****@ssl*****
2006年 3月 4日 (土) 03:48:49 JST
山本です。現状の詳細なご報告です。 Itoshi NIKAIDO wrote: > > > 1. バージョンがわかるようにする > 1は壁紙で対応しましょう。 今のところ /etc/knob-version ファイルを追加しています。 中身は以下のようになっています。 # cat /etc/knob-version 2.0 Beta(Build 2006.03.01) > > 2. PyMOLのGUI動作に必要な pythonのdistutils.spawnがない > 2はお願いします。apt-getで対応できると思います。 pythonの基本パッケージ(pyrhon2.3)に /usr/lib/python2.3/distutils/spawn.py /usr/lib/python2.3/distutils/spawn.pyc /usr/lib/python2.3/distutils/spawn.pyo のファイルが格納されていますので自動的に対応済みです。 > 3はftp://emboss.open-bio.org/pub/EMBOSS/ > にあるプログラムです。ほとんどconfigure,make,make install > で入ります。もともとapt-getで入っているものもいくつか > あります。容量的に難しい場合は見送ります。 すみません。ここは容量の問題で現在は入っていません。 見送らせてください。 > 4は最低限、BioPerlとBioRubyが動けばいいと思います。 > DebianのRubyは標準ライブラリが別のパッケージになっている > のでそれだけ入れてくれれば良いと思います。特にSOAP周り > がないとデータベースにアクセスできなくなるので確認して > 頂けると幸いです。 Perlのほうは満たしています。 Rubyのほうはmysql, BDB, DBIL周りがありませんが最低限は満たしてい ます。 Rubyの具体的なパッケージ名はご提示いただくことは可能でしょうか? debianパッケージがあり、容量的に可能なものは入れられそうです。 > > 5. EMBOSSのデータをいれてほしい > > PROSITEやREPEATのデータベースを入れてほしい。これは > > 容量と相談か? > 5は見送りましょう。 現状で BIO Linuxから持ってきた EMBOSS data(2.9)は入っています。 データベースはAAINDEX PRINTS PROSITE REBASE です。 REPEAT は BioLinux の EMBOSS data のパッケージに入っていませんで した。 > 6は対応済みですね。 はい、問題ありません。 > > 7. emboss.defaultのデータベース名の改善 > > GENBANKN とあるがタンパク質もとれる。URLもより適切な > > ものがあるのでは? > 7は先日お送りしたものに差し替えてください。 差し替え完了です。 JRE、壁紙、メニューのあたりはこちらで検討します。 ＃凝った壁紙をつくる時間はなさそうです。 よろしくお願いします。 -- 山本 剛(ごう) E-mail: gyama****@ssl*****
