Itoshi NIKAIDO
drito****@gmail*****
2006年 6月 14日 (水) 11:00:04 JST
にかいどうです。 リマスタリングの状況はいかがですか? ここのところEnsemblを外部から利用する方法が確立してきました。 Ensemblは真核生物の全ゲノムデータベースで、この業界では良く 使われているものです。 ただ、これまでは、Webのインターフェイスか、公開されているMySQL サーバーに直接アクセスするしか、データを得る方法がありませんでした。 しかし、BioRubyに Bio::Ensembl ができたことで、Ensemblのゲノム配列 を自在に取得することが可能になりました。また、Taverna の biomart plugin がリリースされ、複雑なクエリーをすることができるようになりました。 KNOB からゲノムデータへアクセスができなかったのは、大きな欠点でした が、この2つが搭載されればかなり便利になります。 Tavernaの biomart pluginは http://taverna.sourceforge.net/index.php?doc=biomoby_tutorial.html Bio::Ensembl 入りの BioRubyは以下にあります。 http://code.open-bio.org/cgi-bin/viewcvs/viewcvs.cgi/?cvsroot=bioruby#dirlist ここのTarballからインストールするとBio::Ensemblが含まれます。 ここまでくると、Bioinformatics の面では、欠点といえる欠点がなくなって しまいます。もし、余裕があれば、これらも導入したいです。 しかし、いつまでたっても追加を繰り返しているとリリースできないので、 これらが導入できたらおしまいにしようと思います。 あと、そちらの進捗がわかるような方法があれば、よりプロジェクトが うまく進められると思います。せっかく、リマスタがおわりそうなのに こちらからの新しいオファーが来てやりなおし、みたいなことを防ぎたい と思いますので。 では、よろしくご検討下さい。 -- Itoshi NIKAIDO, Ph.D. FF20 8296 ED6F D9E5 7D05 8A0F 65D8 C2F5 C8D7 2CE2
