[Knob-dev 110] Re: KNOBとEnsembl

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Go Yamamoto gyama****@ssl*****
2006年 6月 14日 (水) 15:55:08 JST


山本です。おつかれさまです。

Itoshi NIKAIDO wrote:
> 
> リマスタリングの状況はいかがですか?

画像の修正を待って、リマスタして組み込もうかというところです。
下記の 2.0 を今週末までに完了目標とさせてください。

> KNOB からゲノムデータへアクセスができなかったのは、大きな欠点でした
> が、この2つが搭載されればかなり便利になります。

なるほど、大変参考になります。

> Tavernaの biomart pluginは
> http://taverna.sourceforge.net/index.php?doc=biomoby_tutorial.html
> 
> Bio::Ensembl 入りの BioRubyは以下にあります。
> http://code.open-bio.org/cgi-bin/viewcvs/viewcvs.cgi/?cvsroot=bioruby#dirlist
> ここのTarballからインストールするとBio::Ensemblが含まれます。
> 
> ここまでくると、Bioinformatics の面では、欠点といえる欠点がなくなって
> しまいます。もし、余裕があれば、これらも導入したいです。
> 
> しかし、いつまでたっても追加を繰り返しているとリリースできないので、
> これらが導入できたらおしまいにしようと思います。

はい、ここまでをサポートして、一度 2.0 リリースとさせて
いただきたいと思います。
以降は、knoppix 5.0 対応や、その他の拡張を含めて、ご相談
させてください。

> あと、そちらの進捗がわかるような方法があれば、よりプロジェクトが
> うまく進められると思います。せっかく、リマスタがおわりそうなのに
> こちらからの新しいオファーが来てやりなおし、みたいなことを防ぎたい
> と思いますので。

そうですね。
2.0 リリース後に knob そのもの、進め方、その他含めて一度評価を
行い、そのあたりを洗いなおしたいと思います。

当初の予定より大幅に遅れてしまい申し訳ありません。
よろしくお願いします。

-- 
山本 剛(ごう)		E-mail: gyama****@ssl*****




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