[Knob-friends 16] KEGG API 使用時のエラー

Back to archive index

Nagano nagano_imcj****@syd*****
2005年 6月 10日 (金) 20:27:36 JST


長野です


以下のプログラム、「ecmapper.rb」をKNOB1.3.2上で実行すると

#!/usr/bin/env ruby

require 'bio'

serv = Bio::KEGG::API.new
pathways = serv.mark_all_pathways_by_enzymes('hsa',['ec:1.1.1.1'])
pathways.each do |url|
  p url
end


次のようなエラーメッセージが出ます。プログラム上のミスでしょうか、それともバージョン等が変わって設定インデックス名などが変わっているからでしょうか。

> ruby ecmapper.rb

/usr/local/lib/site_ruby/1.8/bio/io/keggapi.rb:44:in
`send': undefined method `mark_all_pathways_by_enzymes'
for #<SOAP::WSDLDriver:{SOAP/KEGG}KEGGPort>
(NoMethodError)
        from /usr/local/lib/site_ruby/1.8/bio/io/keggapi.rb:44:in
`method_missing'
        from ecmapper.rb:6

宜しくコメントお願い致します。


--------------------------------- 
〒162-8655
東京都新宿区戸山1-21-1
国立国際医療センター研究所 
遺伝子診断治療開発研究部  
長野 忍
03-3202-7181(内線;2830)
nagano_imcj****@syd*****
--------------------------------- 

-------------- next part --------------
HTMLの添付ファイルを保管しました...
Download 


Knob-friends メーリングリストの案内
Back to archive index