Itoshi NIKAIDO
itosh****@nifty*****
2005年 6月 12日 (日) 01:44:41 JST
にかいどうです。 KEGG API の仕様が変わっています。現在は、 mark_all_pathways_by_enzymesというメソッドは ありません。 似たようなことをするには、 get_pathways_by_enzymesをつかうと良いと思います。 以下にサンプルスクリプトを記述しておきますので参考に してください。 #!/usr/bin/env ruby require 'bio' serv = Bio::KEGG::API.new pathways = serv.get_pathways_by_enzymes(['ec:1.1.1.1']) pathways.each do |url| p url end KEGG APIについては以下を参照ください。 http://www.genome.jp/kegg/soap/doc/keggapi_manual_ja.html On 2005/06/10, at 20:27, Nagano wrote: > 以下のプログラム、「ecmapper.rb」をKNOB1． > 3.2上で実行すると > > #!/usr/bin/env ruby > > require 'bio' > > serv = Bio::KEGG::API.new > pathways = serv.mark_all_pathways_by_enzymes('hsa',['ec:1.1.1.1']) > pathways.each do |url| > p url > end > > 次のようなエラーメッセージが出ます。プログラム上のミスでしょう > か、それともバージョン等が変わって設定インデックス名などが変 > わっているからでしょうか。 > > > ruby ecmapper.rb > > /usr/local/lib/site_ruby/1.8/bio/io/keggapi.rb:44:in > `send': undefined method `mark_all_pathways_by_enzymes' > for #<SOAP::WSDLDriver:{SOAP/KEGG}KEGGPort> > (NoMethodError) > from /usr/local/lib/site_ruby/1.8/bio/io/keggapi.rb:44:in > `method_missing' > from ecmapper.rb:6 > -- 二階堂愛, Ph.D. <itosh****@saita*****> / http://itoshi.tv/ 埼玉医科大学 ゲノム医学研究センター ゲノム科学部門 〒350-1241 埼玉県日高市山根1397-1 tel: 042-985-7318 fax: 042-985-7329
