[Knob-friends 18] Re: KEGG API 使用時のエラー

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Itoshi NIKAIDO itosh****@nifty*****
2005年 6月 12日 (日) 02:02:39 JST


にかいどうです。

URLをとるなら以下のほうがいいですね。

#!/usr/bin/env ruby
require 'bio'

ecid = 'ec:1.1.1.1'
serv = Bio::KEGG::API.new
pathways = serv.get_pathways_by_enzymes(ecid)
pathways.each do |pathway_id|
   url = serv.mark_pathway_by_objects(pathway_id, ecid)
   p url
end

On 2005/06/12, at 1:44, Itoshi NIKAIDO wrote:

> get_pathways_by_enzymesをつかうと良いと思います。
> 以下にサンプルスクリプトを記述しておきますので参考に
> してください。
>
> #!/usr/bin/env ruby
> require 'bio'
> serv = Bio::KEGG::API.new
> pathways = serv.get_pathways_by_enzymes(['ec:1.1.1.1'])
> pathways.each do |url|
>    p url
> end



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二階堂愛, Ph.D. <itosh****@saita*****> / http://itoshi.tv/
埼玉医科大学  ゲノム医学研究センター  ゲノム科学部門
〒350-1241 埼玉県日高市山根1397-1
tel: 042-985-7318 fax: 042-985-7329




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