Kinoshita Hiroyuki
hkino****@cat*****
2005年 10月 3日 (月) 21:22:40 JST
長野様および二階堂様へ ご返信ありがとうございました。 私の使っているKNOBにはClustalWが入っていないのですね。 それなら仕方がないと納得しました。 ところでKNOBのバージョンは、どのようにすれば表示させることができるのでしょう か？ 次にseqretコマンドの件ですが、１行コマンドでも対話形式でもうまく行かずに困っ ています。 以下にそのエラーメッセージを貼り付けます。 knoppix ＠ ttyp1[knoppix]$ seqret -sequence embl:xlrhodop Reads and writes (returns) sequences Error: socket connect failed for database 'embl' socket connect failed for database 'embl': Connection refused Error: Unable to read sequence 'embl:xlrhodop' Died: seqret terminated: Bad value for '-sequence' and no prompt knoppix ＠ ttyp1[knoppix]$ seqret Reads and writes (returns) sequences Input sequence(s): swissprot:ops2_* Error: socket connect failed for database 'swissprot' socket connect failed for database 'swissprot': Connection refused Error: Unable to read sequence 'swissprot:ops2_*' Input sequence(s): （showdbにてswissprotは小文字になっていたので、それに倣いました） このような場合は長野様のおっしゃる通りに、EMBOSS の環境設定ファイルである 「emboss.default」「 .embossrc」など設定が必要なのでしょうか？ 私はインストールなどは自分でやったことがないのですが、いろいろ試してみようと 思っています。 また、KNOBの新しいバージョンを使えば、一挙に解決するのかな？などとも考え始め ています。 途中経過ですが、ご報告させていただきました。 木下博之
