[Knob-friends 74] BLASTのデータベース作成時の支障

Back to archive index

Nagano nagano_imcj****@syd*****
2006年 10月 21日 (土) 18:35:29 JST


二階堂さん

長野です。

BLASTで相同性検索する為、UniProtに登録されている全たんぱく質のアミノ酸配列から自分でデータベースを用意する処理を行いました。

ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/uniprot/current_release/knowledgebase/complete/

圧縮された「uniprot_sprot.fasta.gz」(36.2Mb)をダウンロードして、解凍しようとすると解凍できないとワーニングがでました。調べて見ると展開する容量が大きい為解凍出来ないようです。

已む無くWindowsで解凍・展開して見ると、ファイルの容量は103Mbでした。この程度の容量でもknob上で処理する事は出来ないのでしょうか。

保存用のイメージファイルのサイズが小さいからかもしれないと1G近くに拡張しても解消しませんでした。

どの様に対応すれば処理が出来るのでしょうか。お返事頂ければ幸いです。


> ------------------------------------
> Shinobu Nagano
> nagano_imcj****@syd*****
> ------------------------------------ 




Knob-friends メーリングリストの案内
Back to archive index