readmeの「4.ユーザ空間のプログラムのカバレッジデータをアクセスする方法の例」に書かれている方法の通りなのですが、分かりにくいので、1つ1つ説明していきます。
gcc -g -c main.c gcc -o a.out main.o
gcc -g -fprofile-arcs -ftest-coverage -c main.c gcc -o a.out main.o -lgcov