LuaTeX-ja

Fork

fontspec の \setmainfont, \setsansfont などにおいて Ligatures=TeX を指定していないのではないでしょうか．
# fontspec のマニュアル参照．なお，Wiki の「使い方」の記述のサンプルで抜けていたので，直しました．
こちらの環境では，次のソースで

“Hello World!” ¿Hello ¡ ‘foo’ ‘ばー’

のように出力されていますが，どうでしょうか？

\documentclass{ltjsarticle}
\usepackage{luatexja-fontspec}
%\setmainfont{TeX Gyre Termes} 間違い
\setmainfont[Ligatures=TeX]{TeX Gyre Termes} % 正しい
\begin{document}
``Hello World!''
?`Hello !`
`foo' `ばー'
\end{document}

てもとのファイルの\setmainfontに[Ligatures=TeX]を加えたところ、
変換が行われてPDFファイルに出力されたことを確認いたしました。
ご教示いただきありがとうございました。