listings で白筋
LuaTeX-ja 用 listings 用パッチ（及び，それの元となっている jlisting.sty） では，和文文字に対して何のコマンドも効いていないようです． （マニュアル中のコード例で不自然に {} を加えているところがありますが，これが原因だと思っています）
今回の問題の場合，和文文字の行と高さの情報が背景色の帯の高さに反映されていないようです． とりあえずの対策は， 使うメトリックを標準 (jfm-ujis.lua) から jfm-jis.lua に変更したり↓
Fork\DeclareFontShape{JY3}{mc}{m}{n}{<-> s * [0.962216] psft:Ryumin-Light:jfm=jis}{}
和文文字のスケーリングを変えてみることでしょうか↓
\DeclareFontShape{JY3}{mc}{m}{n}{<-> s * [0.92489] psft:Ryumin-Light:jfm=ujis}{}
なお，pLaTeX でも，試しに
\DeclareFontShape{JY1}{mc}{m}{it}{<-> s* [1.2] goth10}{}
を加えたら，「#I.」で始まる行の直後に白筋が入りました．
素早い対応ありがとうございます。\DeclareFontShape による方法、両方ともうまく行きました。僕の場合、回避策があることがわかるだけで非常に助かります。
listings を使って、
... \lstset { backgroundcolor=\color[gray]{.95}, breaklines=true, } ... \begin{lstlisting} 長い長い……(フォールドするまで) \end{lstlisting} ...のようにすると、フォールドした行間に白筋が入る。詳細な再現条件を、https://gist.github.com/1574793 に残した。