luatexja-otf.styのオプション実装
手元にヒラギノが使える環境がないのでどなたかフォローしてほしいのですが（フォント名指定が間違っている可能性あり），
LuaTeX では OpenType フォントが直接扱えますので，従来 otf.sty を用いて行っていた多ウェイト化は luatexja-fontspec を用いて容易に実現できるはずです．
Fork\documentclass{ltjsarticle}
\usepackage{luatexja-fontspec}
\usepackage{luatexja-otf}
\setmainjfont[BoldFont=HiraMinPro-W6]{HiraMinPro-W3}
\setsansjfont[BoldFont=HiraKakuPro-W6]{HiraKakuPro-W3}
\newjfontfamily\mgfamily{HiraMaruPro-W4}
\begin{document}
\CID{7652}飾区の\CID{13706}野屋
{\bfseries \CID{7652}飾区の\CID{13706}野屋}
{\gtfamily \CID{7652}飾区の\CID{13706}野屋}
{\gtfamily\bfseries \CID{7652}飾区の\CID{13706}野屋}
{\mgfamily \CID{7652}飾区の\CID{13706}野屋}
\end{document}
どこかに説明を書いておけ，というのはその通りです（「LuaTeX-jaの使い方」に追加？）． PXchfon のプリセット設定みたいなのを用意しておいてほしい，ということでしたら，議論の余地はあるかもしれません．
万が一，fontspec の機能を使いたくない場合は次のようにします：
\documentclass{ltjsarticle}
\usepackage{luatexja-otf}
\DeclareFontShape{JY3}{mc}{m}{n}{<-> s*[0.92487] KozMinPr6N-Light:jfm=ujis}{}
\DeclareFontShape{JY3}{mc}{bx}{n}{<-> s*[0.92487] KozMinPr6N-Bold:jfm=ujis}{}
\DeclareFontShape{JY3}{gt}{m}{n}{<-> s*[0.92487] KozGoPr6N-Light:jfm=ujis}{}
\DeclareFontShape{JY3}{gt}{bx}{n}{<-> s*[0.92487] KozGoPr6N-Bold:jfm=ujis}{}
\DeclareFontShape{JY3}{gt}{eb}{n}{<-> s*[0.92487] KozGoPr6N-Heavy:jfm=ujis}{}
%\DeclareKanjiFamily{JY3}{mg}{}
%\DeclareFontShape{JY3}{mg}{m}{n}{<-> s*[0.92487] HiraMaruPr6N-W4:jfm=ujis}{}
% 私は丸ゴシックの OpenType Font を持っていないので確認不可
\makeatletter
\expandafter\let\csname JY3/mc/m/n/10\endcsname\relax
% \mgfamily, \ebseries
\DeclareRobustCommand\mgfamily{\not@math@alphabet\mgfamily\mathmg
\kanjifamily{mg}\selectfont}
\DeclareRobustCommand\ebseries{\not@math@alphabet\ebseries\relax
\kanjiseries\ebdefault\selectfont}\def\ebdefault{eb}
\begin{document}
mc, medium: \CID{7652}飾区の\CID{13706}野屋
{\bfseries mc, bold: \CID{7652}飾区の\CID{13706}野屋}
{\gtfamily gt. medium: \CID{7652}飾区の\CID{13706}野屋}
{\gtfamily\bfseries gt, bold: \CID{7652}飾区の\CID{13706}野屋}
{\gtfamily\ebseries gt, extrabold: \CID{7652}飾区の\CID{13706}野屋}
%{\mgfamily mg, medium: \CID{7652}飾区の\CID{13706}野屋}
\end{document}
（OpenTypeフォントでなく）TrueType フォントを使うと \CID{} が使用できなくなることに注意して下さい．
どこかに説明を書いておけ，というのはその通りです（「LuaTeX-jaの使い方」に追加？）． PXchfon のプリセット設定みたいなのを用意しておいてほしい，ということでしたら，議論の余地はあるかもしれません．
プリセットはあってもよさそうです（fontspec 前提としてもよい？）．
\usepackage[jis, kozuka, bold, expert]{luatexja-preset}
% jfm-jis.lua 使用，小塚Pro書体，1ウェイト，ゴシックは太字，横組専用仮名
のように．TeX Live の側でも updmap 用のプリセットがあるし．
あ，math alphabet の定義忘れてました． 上の（fontspec を使わない）サンプルコードで \mgfamily を使うのなら，\begin{document} の直前に
\DeclareMathAlphabet{\mathmg}{JY3}{mg}{m}{n}
を足した方が良いかもしれません（なくても \mathmg を使わない限りエラーは発生しないようですが）．多分必要なのは、expert に相当する設定を luatexja-fontspec の機能を用いて 行う方法ではないかと。
expert に相当する設定
Style=HorizontalKana や Style=Ruby でしょうか．
\documentclass{ltjsarticle}
\usepackage{luatexja-fontspec}
\usepackage{luatexja-otf,xcolor}
\setmainjfont[BoldFont=KozMinPr6N-Bold]{KozMinPr6N-Light}
\setsansjfont[BoldFont=KozGoPr6N-Bold]{KozGoPr6N-Light}
\begin{document}
\LARGE
両用：\setbox0=\hbox to 0pt{し{\bfseries し}{\gtfamily し{\bfseries し}}\hss}\copy0
{\addjfontfeature{Style=HorizontalKana}
横組：\copy0\textcolor{red!70!white}{し{\bfseries し}{\gtfamily し{\bfseries し}}}}
{\addjfontfeature{Style=VerticalKana}
縦組：\copy0\textcolor{blue!70!white}{し{\bfseries し}{\gtfamily し{\bfseries し}}}}
{\addjfontfeature{Style=Ruby,}
ルビ：\copy0\textcolor{green!70!white}{し{\bfseries し}{\gtfamily し{\bfseries し}}}}
\end{document}
luatexja-preset が master に取り込まれたので完了でよいでしょうか．
luatexja-otf.styにotf.styと同様のオプション（[deluxe,expert,bold]等）を実装して頂けると有難いです。