RTT, LTL では yoffset の挙動がおかしい．改行位置の計算では yoffset の値が影響しているが
TLT, TRT では offset は改行位置に影響を与えていないので，妙ですね． 縦組みはあまりテストがされていないのでしょうか．ConTeXt ではどうだろうと思って調べてみたけれども，中国語組版の古い情報（たぶん MkII）しか見つからない……．
この辺りの仕様を LuaTeX 側で固めるところから始めないと，LuaTeX-ja の縦組み実装も難しいかもですね．
非公開のままにするのは良くない流れではないかと思ったので，新たに「LuaTeX 本体」という公開チケットの種類を作り，そちらに種類を変えました（チケットの詳細もそれによってわずかに変更）．
縦組時に問題となる
* どの組方向でもグリフの向きは紙の物理的な上方．
については，LuaTeXko のやっているように，欧文フォントごとに 90度回転させた 仮想フォントを作る，という方式でなんとかなりそうです．（「RTT」として良いのか？）
しかし，
* RTT では，グリフは（物理的な）左右の中心線がベースラインに揃う．
* RTT, LTL では yoffset の挙動がおかしい．
と，TLT における
の気になります．
数カ月前から，「TLT を適宜回転」という方針で独自に縦組みを実装しているので，
RTT については気にしなくても良くなりました．
もちろん，将来的には RTR, RTT を使ったほうが楽になりますが……．
Fork
まだ LuaTeX-ja 自体には無関係な範囲ですが， ひとまず LuaTeX で現在サポートされている dir TLT, TRT, RTT, LTL で xoffset, yoffset の値を調整して遊んでみました． （開発者の方は，同名のフォーラムのスレッド参照）
Omega はそれ以上（たぶん 32 個）の組方向をサポートするはずですが，LuaTeX で 4 つだけなのは手間の問題か？
添付した dirtest.pdf を見れば分かりますが，