どうも，LuaTeX-ja というより，everyhook と wrapfig が干渉する問題のようです.
Fork\documentclass{article}
\usepackage{everyhook}
\usepackage{wrapfig}
\begin{document}
\begin{wrapfigure}{r}{5cm}
This is a figure. This is a figure. This is a figure.
\end{wrapfigure}
foo bar foo bar foo bar foo bar foo bar foo bar foo bar foo bar foo bar foo bar foo bar foo bar
foo bar foo bar foo bar foo bar foo bar foo bar foo bar foo bar foo bar foo bar foo bar foo bar
\end{document}
で再現しました．wrapfig を先に読み込むようにすると正常に動きます．なぜだろう．kmaeda への返信
everyhook パッケージのバグのようです． 次が恐らく最小ソースです：
\documentclass{article}
\usepackage{everyhook}
\newtoks\testtoks
\begin{document}
\let\everypar\testtoks
\everypar{foo}
bar
\end{document}
この中の \everypar{foo} は，実質的には \testtoks{foo} と同じなので
foo は出力されないはずですが，タイプセットすると出力されてしまいます．
# すみませんが，上流への報告をお願いできないでしょうか？
everyhook.sty の作者の Stephen Checkoway さんに伝えたところ，修正されたようです． そのうち CTAN に上がると思われます．
そのうち CTAN に上がると思われます．
TeX Live の jaist のミラーでも更新されましたね．wrapfigure で試してみましたが，動いているようです． everyhook package が利用できない場合の処理も改善させておきました．
私も試してみましたが，大丈夫そうです．
北川さんの最小ソースは非常に役に立ったようです．ありがとうございました．
kitagawa_tfont ブランチの c004010 以降で，wrapfigure の回り込みが効かなくなっています．
サンプル：
\documentclass{ltjarticle} \usepackage{wrapfig} \begin{document} \begin{wrapfigure}{r}{5cm} 図図図図図図図図図図図図図図図図図図図図図図図図図図図図図図図図図図図図図図図図図図図図図図図 図図図図図図図図図図図図図図図図図図図図図図図図図図図図図図図図図図図図図図図図図図図図図図図 \end{wrapfigure} 文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文 文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文 文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文 文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文 文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文文 \end{document}本来「図」が「文」の右側に入るのですが，「文」の下側に入ってしまいます． luatexja-core.sty の everyhook.sty を読み込む行をコメントアウトすると正常に動くので，その辺りの問題だと思われます．