r5115 でも同様でした. 似たような症状?が Lualatex on GVFS share produces corrupt PDF files if PDF already exists として LuaTeX の tracker に既に報告されています.
evince と acroread だと開けますね.pdfinfo の出力も正常に見えます. zathura だけが,file コマンドと同様のルーチンで判定して,Unknown file type だから跳ねている,という感じでしょうか.
showframe をコメントアウトすると正常になるようなのですが,なぜなのでしょうか. ltjarticle を article に変えても正常になるんですね(luatexja が関係している?).
r5157 でおなじことをやってみると,正常に開けます.発生条件もわからずこちらではどうしようもないので,今は完了としておきます.
geometry 関連で見つけたのですが,以下の test.tex というソース:
をタイプセットしてできた test.pdf が,PDF ビューアの zathura で表示できないという症状に出くわしました. file コマンドで調べたところ, というなんとも不思議な結果になりました.\pdfcompresslevel を変えてみたところ,6 以下では正常に PDF-1.5 として認識されましたが,7 以上では上記のようになります.使用している LuaTeX は r5119 です.他マシンでの状況や他の例がないか調べてみます.