aminophen 昨日角藤さんからメールが来て，私も今朝確認しました……が，まだよくわかりません．
たぶん ltj-rmlbgm.lua の366行目で落ちていると思います． エラーに出ている通り lltjcore.sty の33行目で cmtt9 をロードしますが，これが luatexja で定義したフォントロードの方法と不整合を起こしているようです．
よく見たら aminophen さんのは cmr10 で落ちていましたか． 私は以下で試しています：
ログ：
(/home/kmaeda/texmf/tex/luatex/luatexja/src/patches/lltjcore.sty luaotfload | resolve : step 1: apply method "tex" (function: 0x32f0500) luaotfload | resolve : 1: method "tex" indicated lookup success luaotfload | resolve : method "tex" resolved "cmtt9" -> cmtt9 (cmtt9.tfm)...6/texmf-dist /tex/luatex/lualibs/lualibs-basic-merged.lua:2578: bad argument #1 to 'open' (s tring expected, got nil). <to be read again> \global l.34 \newtoks\@bannertoken
色々試していたのですが，よくわからないと書かれている理由がわかりました． ltj-jfont.lua の381行目の
Fork otfl_fdr= luatexbase.remove_from_callback('define_font', 'luaotfload.define_font')
が問題ないはずなのに，なぜか実際に使おうとするとエラーになるのですね．なんなんだろう……．aminophen 関係ないかもしれませんが、LuaTeX-ja とも luaotfload とも関係なく
が LuaTeX beta-0.95.0 ではエラーになります。
luaotfload | resolve : step 1: apply method "tex" (function: 0x7fa3e561b920)
luaotfload | resolve : 1: method "tex" indicated lookup success
luaotfload | resolve : method "tex" resolved "cmtt10" -> cmtt10 (cmtt10.tfm)
luaotfload | resolve : step 1: apply method "tex" (function: 0x7fa3e561b920)
luaotfload | resolve : 1: method "tex" indicated lookup success
luaotfload | resolve : method "tex" resolved "cmtt10" -> cmtt10 (cmtt10.tfm)...exmf-dist/tex/luat
ex/luaotfload/luaotfload-auxiliary.lua:333: attempt to index field 'metadata' (a nil value)
stack traceback:
...exmf-dist/tex/luatex/luaotfload/luaotfload-auxiliary.lua:333: in function '
provides_script'
/usr/local/texlive/2016/texmf-dist/tex/latex/fontspec/fontspec.lua:32: in func
tion 'check_ot_script'
[\directlua]:1: in main chunk.
\fontspec_check_script:nTF ...ontspec_font","#1")}
\bool_if:NTF \l__fontspec_...
l.3 \setmainfont{cmtt10}
しかし LuaTeX beta-0.80.0 では正常に通ります。aminophen luaotfload の問題かもしれないので、向こうの Issue にも出してみました。
LuaTeX-ja 側で独自キャッシュを作るときに発生しているエラーのようです． commit c3e2159 で ltj-jfont.lua に修正を加えてみましたが，そちらの環境ではどうでしょうか．
ありがとうございます．commit c3e2159 ではエラーなく通るようになりました．
aminophen 私のところでも commit c3e2159 が通ることを確認しました。ありがとうございます。（\setmainfont とかが通らないのはどうやら fontspec が新しい fontloader に未対応のため、のようです。）
関係ないかもしれませんが，fontloader 関連だと思うのでここにぶら下げておきます．
\documentclass{ltjsarticle}
\begin{document}
\vrule\hbox{（あ）}\vrule
\end{document}
をluaotfload v2.7 でタイプセットすると，添付した list_bdd_paren.pdf のように
括弧類がずれます．添付した list_bdd_paren.pdf のように 括弧類がずれます．
再現しないと思ったのですが，tlmgr でアップデートしたら再現しました．luatex のバイナリ更新のせいでしょうか．
aminophen Win32 ですが、luatex.dll 以外が 2016/04/18 22:23 だと正常ですが、2016/04/22 07:48 のものに置き換えると再現しました。他のファイルには触れていません。したがって、この間の luatex のバイナリ更新を調べればなにかわかるでしょうか。
aminophen typo です：s/luatex.dll 以外が/luatex.dll が/g
添付した list_bdd_paren.pdf のように 括弧類がずれます．
luatex r5953 では直っているようです（r5947 で入ったバグ？）．
luatex r5953 では直っているようです（r5947 で入ったバグ？）．
確かに tlmgr update すると直ったようです．
luaotfload が更新されたのに合わせ，20160429.0 を出しました．
既知かもしれませんが、luaotfload 2016/04/21 v2.7 と LuaTeX-ja 20160421.0 を併用すると
\documentclass{ltjsarticle} \begin{document} テストです。 \end{document}がエラーになりました。luaotfload | resolve : step 1: apply method "tex" (function: 0x7fe1ac466cc0) luaotfload | resolve : 1: method "tex" indicated lookup success luaotfload | resolve : method "tex" resolved "cmr10" -> cmr10 (cmr10.tfm).../texmf-dist/tex/luat ex/lualibs/lualibs-basic-merged.lua:2578: bad argument #1 to 'open' (string expected, got nil). <to be read again> relax l.44 \kanjiencoding{JY3}\selectfont \adjustbaseline ?LuaTeX-ja の問題なのかどうかわからないのですが、報告しておきます。