すみません、MWE を作った後にまちがえて \usepackagehiragino-pron{luatexja-preset} を消してしまっていたので追記しておきました。pLaTeX だと otf なヒラギノや小塚では正しく詰まるはずなのですが、LuaTeX-ja だと詰まっていません。
JFM に半角ひらがな・半角カタカナの文字クラスは定義していましたが,二分・三分・四分幅の数字についてのものを忘れていました. b1b21cd で直しました.
b1b21cd で直しました.
ありがとうございます、確認しました。これで endnotesj.sty (小川さん作;現在は UpTeX.app for OS X だけに標準付属)の LuaTeX-ja 対応化がすべて機能するようになりました(CTAN upload をご提案したところ、不具合修正も可とのことでしたので、後方互換を保ちつついじったものです)。 → https://github.com/aminophen/platex-tools
詰数字が詰まらないようでしたので、報告します。(luatex 0.95 + luaotfload v2.7-fix-3 + luatexja 20160905.0)