aminophen 確認しました．
ちなみに ftnright パッケージを読み込むと脚注番号が寝ます。
こっちは ftnright パッケージが \@makefntext を勝手に上書きするのが原因のようです．次のコードをクラス内に仕込む（filehook パッケージの機能，LuaTeX-ja は filehook パッケージを自動読み込み）と直ります．
Fork%<*tate>
\AtBeginOfPackageFile*{ftnright}{\let\ltjt@orig@@makefntext=\@makefntext}
\AtEndOfPackageFile*{ftnright}{\let\@makefntext=\ltjt@orig@@makefntext}
%</tate>
しかし，縦組クラスにだけこのコードを自動実行させるのは一貫性がなく，
のどちらかにするべきだと思います．
aminophen ちなみに ftnright パッケージを読み込むと脚注番号が寝ます。
こっちは ftnright パッケージが \@makefntext を勝手に上書きするのが原因のようです．
そういえばそうでした… pLaTeX のほうは LuaTeX-ja とちがって縦組の ftnright が ! Incompatible direction list can't be unboxed. エラーが出てしまうので使えず、forum:1896 で作った pxftnright のほうで対処していました。（しかもそのついでに ftnright による @makefntext の上書きを無効化するように私が書いたらしいです。）
\footnotrule の線の位置が上カラムと揃わない
LuaTeX-ja では，（欧文中にちょっと日本語を組む目的で読み込まれた場合に備えて） \@makecol には最小限の（縦組ができる程度の）変更しか施していませんが， ltjclasses では何も考えずに \raggedbottom を実行していることが原因です．さすがに気持ち悪いので何とかします．
aminophen ltjclasses では何も考えずに \raggedbottom を実行している
原因納得しました。
＃ texjporg/platex#32 でも調べたはずなのに結びついていませんでした…
実装は fnpos パッケージに似た感じにすると、パッチがきれいになると思います。（fnpos はかなり古いパッケージで縦組の \hskip\z@ が足りないとか、W32TeX には fnpos が入っていないとかありますが。）
という 4 つの命令に従うと
のようにすべて定式化できるようです。
aminophen と思ったら git pull したら治っていました。ありがとうございます。
texjporg/platex#32
完全に見落としていました……．今から fnpos パッケージを見ます． 現在の LuaTeX-ja の実装 (75594bb) では
という処理をしています．
* LuaTeX-ja = \makeFNbottom + \makeFNabove （← という理解であっていますでしょうか？）
aminophen * 現行の和文クラス ltjclasess, ltjsclasses では \makeFNbottom + \makeFNabove ですが，「互換」と言っているので \makeFNbottom + \makeFNbelow にした方がいいかもしれません．
たしかに「互換」といわれると、そのクラスに関しては \makeFNbottom + \makeFNbelow を期待したくなります。
そうすると stfloats パッケージの \fnbelowfloat と \fnunderfloat しかないという謎仕様も直す必要があるかもしれません。おそらく後者は本来 \fnabovefloat と命名すべきで、pLaTeX ではこの点において既に stfloats が破綻していますから、私はこんな感じで対処していました。
20170219.0 を出しましたので，完了とします． ltjclasses, ltjsclasses は \makeFNbottom + \makeFNbelow としました．
aminophen openleft オプションの ltjclasses への追加を含む sync がうまくいっていなそうです。
ついでにサイズオプションファイルにある ftnright 対策コードは重複するので除去してよさそうに見えます。
openleft オプションの ltjclasses への追加を含む sync
すみません，23d1df4 で直しました． CTAN にあまり短い間隔で上げるとミラーへの反映で面倒なことになるので，1〜数日アップロードは待ちます．
20170221.0 を出したので完了とします．
縦書きの二段組で脚注が両方のカラムに出るとき、かつ下カラムが最後まで埋まっていないとき、その \footnotrule の線の位置が上カラムと揃わないようです。
ちなみに ftnright パッケージを読み込むと脚注番号が寝ます。