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molby: Commit


Commit MetaInfo

Revision96 (tree)
Time2011-08-03 19:13:34
Authortoshinagata1964

Log Message

memo update

Change Summary

Incremental Difference

--- trunk/xcode-build/Info.plist (revision 95)
+++ trunk/xcode-build/Info.plist (revision 96)
@@ -36,6 +36,6 @@
3636 <key>CFBundleSignature</key>
3737 <string>????</string>
3838 <key>CFBundleVersion</key>
39- <string>v0.5.6 build 20110730</string>
39+ <string>v0.5.6.1 build 20110803</string>
4040 </dict>
4141 </plist>
--- trunk/Documents/src/doc_source.html (revision 95)
+++ trunk/Documents/src/doc_source.html (revision 96)
@@ -13,13 +13,13 @@
1313 <div class="centered" lang="en">
1414 <h1>Molby</h1>
1515 <h2>An Interactive Molecular Modeling Software<br />with Integrated Ruby Interpreter</h2>
16-<h3>Version 0.5.6 build 20110730</h3> <!-- version -->
16+<h3>Version 0.5.6.1 build 20110803</h3> <!-- version -->
1717 <h3>Toshi Nagata</h3>
1818 </div>
1919 <div class="centered" lang="ja">
2020 <h1>Molby</h1>
2121 <h2>対話型分子モデリングソフトウェア<br />(Ruby インタプリタ内蔵)</h2>
22-<h3>Version 0.5.6 build 20110730</h3> <!-- version -->
22+<h3>Version 0.5.6.1 build 20110803</h3> <!-- version -->
2323 <h3>永田 央</h3>
2424 </div>
2525 <hr />
--- trunk/wxSources/MyVersion.c (revision 95)
+++ trunk/wxSources/MyVersion.c (revision 96)
@@ -15,5 +15,5 @@
1515 GNU General Public License for more details.
1616 */
1717
18-const char *gVersionString = "v0.5.6 build 20110730";
18+const char *gVersionString = "v0.5.6.1 build 20110803";
1919 const char *gCopyrightString = "Copyright (c) 2008-2011 Toshi Nagata";
--- trunk/memo.txt (revision 95)
+++ trunk/memo.txt (revision 96)
@@ -210,3 +210,20 @@
210210 New menu commands: "Create New Atom", "Create New Parameter", "Create SANDER Input", "Import AMBER Lib", "Import AMBER Frcmod".
211211 New file formats: cif (import), AMBER mdcrd (import).
212212 Tables: cut/copy/paste in parameter table is improved. Mac: table did not get focus under certain conditions; fixed.
213+
214+2011.8.3.
215+gfortran 絡みの厄介な問題を発見。AmberTools の resp, sqm が libgfortran.dylib をリンクしているため、実行時に libgfortran がないとクラッシュする。libgfortran.dylib を同梱して DYLD_LIBRARY_PATH を設定するのは一案だが、libgfortran.dylib が 8 MB もあるので、ちょっとどうかと思う。静的にリンクする方法をいろいろ探った。どうやら2つ方法がありそう。
216+(1) libgfortran.dylib をリネームして見えなくしてしまい、同じディレクトリの libgfortran.a を優先させる。
217+(2) libgfortran.a を libgfortran-static.a とリネームした上で、明示的にリンクオプションに記述する。-nodefaultlibs -lgfortran-static -lgcc -lc -lm -lSystem -lSystemStubs -lgfortranbegin
218+-lgfortran-static だけではダメ。また、-static-gfortran も機能しない。
219+
220+(1) の方が簡単だが、開発者が libgfortran.dylib に依存するバイナリを使っていると問題が起きるので、amber11 の Makefile に手を入れて (2) の方針でいく。変更しないといけないのは gfortran を使って実行ファイルを作っているところで、etc/Makefile の nucgen/ambpdb/resp, lib/Makefile の neww2oldparm, sqm/Makefile の sqm ターゲット。config.h に
221+FLDFLAGS= -nodefaultlibs -lgfortran-static -lgcc -lc -lm -lSystem -lSystemStubs -lgfortranbegin
222+という一行を加えて、上のそれぞれのコマンドラインに $(FLDFLAGS) を加えた。
223+
224+なお、/usr/local/lib/libgfortran.a は、strip しておかないと "can't find atom for N_GSYM stabs" という警告が出る。次のようにする。
225+% cd /usr/local/lib
226+% sudo cp libgfortran.a libgfortran-static.a
227+% sudo strip -S libgfortran-static.a
228+% sudo ranlib libgfortran-static.a
229+
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