PCサイト->携帯変換

ドキュメントの「任意の箇所を変換対象外～」の使い道はまさにそういう意図で、しかしブログ本文とかスタティックなページをいちいち修正するのは不可能というのもその通りです（そもそもアクセス先が他人のサイトであれば、修正をお願いできるわけもありませんし）

ではどうするのが良いかというと、Mobile Link Discovery（以下MLD）を利用するのが良いと思います。
http://www.sixapart.jp/docs/tech/mobile_link_discovery_ja.html

ケータイ版のあるブログサービスの多くがMLDに対応しており、このスクリプトは、以下ページの末尾にもあるように、MLDを検出します。
http://www.rcdtokyo.com/pc2m/note/archives/i000161.php

上のページではテンプレートにリンクを示す例を掲載していますが、変数自体はスクリプト中でグローバルなので、これが検出された時点でそのURLにリダイレクトしてしまうのも良いと思います（Googleやlivedoor、及びこのスクリプトを使っているFROUTEや@niftyなどの変換サービスはリダイレクトするようになっています）

pc2m.php（0.9.22.9）1904行目
$mobile_url = transAbsolutePath($value['href']);
header("Location: $mobile_url");
exit;

■YouTubeについて

ケータイについてはYouTubeもMLDに対応しているので、上記と同様です。

iPhoneの場合、iPhoneのSafariはYouTubeの貼り付けコード（object/param/embedタグ）を自動的に認識してYouTubeアプリへのリンクに変換します。従ってこれらのタグをそのまま残しておけば良いのすが、あいにくこのスクリプトは、そもそもこれらのタグをあからじめ削除してしまうので、pc2m_remainでこれらのタグを囲む手法は使えません。

これらのタグを削除せずに残すには、以下のように改造してください（「iPhoneだったら」の部分は自力でお願いします）

pc2m.php（0.9.22.9）1793～1796行目
$parser =& new HTMLParser_Preformat;
if ($local_args['a'] == 'c') {
$format_rule = require 'FormatRule_Text.inc.php';
} elseif (/* iPhoneだったら */) {
$additional_rule = array(
'object' => array(
'type' => 'inline',
'children' => array('embed', 'param'),
'attributes' => array('height', 'width'),
),
'param' => array(
'children' => array(),
'attributes' => array('name', 'value'),
),
'embed' => array(
'type' => 'inline',
'attributes' => array('src', 'width', 'height', 'flashvars', 'type', 'plguinspage', 'allowscriptaccess', 'allowfullscreen'),
'required_attribute' => 'src'
)
);
$format_rule = array_merge($format_rule, $additional_rule);
}

YouTubeについては上記の通りです。

iTunesストアへのリンクについては、URLを見てリダイレクトするなり、addProxyURL関数の中かで処理するなりするのが常套でしょう。
ただし一口に「iTunesストアへのリンク」と言っても、そのパターンはいろいろあります。ドメインだけでも以下が存在しているようです（現時点ではいずれもax.itunes.apple.comにリダイレクト）

itunes.com
itunes.apple.com
ax.itunes.apple.com
phobos.apple.com

またウェブページに貼られているiTunesストアへのリンクの多くはアフィリエイトリンクだと思いますが、iTunesストアのアフィリエイトはリンクシェア経由なので、以下にあるように、その直接のリンク先はリンクシェア（click.linksynergy.com）となります。
http://www.banana21.com/blog/archives/0409111859.html

そしてもちろんclick.linksynergy.comドメインの全てのURLがiTunesストアへのアフィリエイトリンクであるわけではないので、そのあたりを判定するか、あるいは（あまり望ましいことではありませんが）HTTP_Clientのリダイレクト処理を変更するほうがよいのかもしれません。