Samurai Graph

データ点数についてならばシステム上の制限は特にありません．メモリ容量の許す限り扱うことができます．

参考までに．．
手元にあるWindowsで(P3-1G)ですが，1万～10万点程度オーダでは若干のもたつきはあるものの普通に描画できるようです．

しかし，棒グラフやシンボルといった全てのデータ点に特別な描画を施すものは極端に描画が遅くなります．

また，メモリについては裏で JavaVM が実行されていますので，こちらで制限されます．
Samurai Graph に割り当て可能な容量を変更するには，
Windows では，C:\Program Files\Samurai Graph\samurai-graph.ini の中のvmargsの値
MacOS X では，Samurai Graph.app/Contents/Info.plist のVMOptionsの値
をそれぞれ調整してください．

たぶん、分かっていない質問に、ご丁寧にありがとうございました。一度試してみます。

XYデータのセットを追加で描かせて行くのですが，追加できるファイル数はどのくらいなのでしょうか？

この問題かどうか解らないのですが，16個のデータセット（ファイル）を重ねて描画させた後，次のファイルをドラッグ・ドロップすると，ファイル読み込み状態になったまま帰ってこなくなることがあります。

ただ，この現象は再現性がなく，始めからまたチクチクとやり直しをすると（今回は残り５ファイル，合計21ファイル），問題なく全部読み込める場合もあり，良く解りません。

感触としては，読み込ませるファイルの順番によって問題が解決する場合もあるようで，そのアタリがちょっと判明していないのですが。