= SHEAP = '''S'''imilarity/'''H'''omolog '''E'''nhanced '''A'''nalyze '''P'''rocedure SHEAPは『sachicaをベースにした高速なゲノム相同性検索ツール』とそれらツールを組み合わせて得られるシステム、及びそのＧＵＩ全体を指す呼び名です。 sachicaは、「'''S'''calable '''A'''lgorithm for '''C'''haracteristic and '''H'''omologinus '''I'''nterval '''CA'''lculation」から命名しました。 sachicaは、現在、Cygwin/gcc上で動作を確認しています。 SHEAPの開発はまだ始まったばかりです。 GUIの開発ツールとしては、Javaを検討しています。 sachicaのWindows Nativeバージョン…Cygwinを必要としないバージョンがコンパイル・ラン可能になりました。 Visual C++の入っている環境で、 nmake /f makefile.vc を実行して下さい。 == GUIについて == 汎用化構想： 1. 基本的には、ユーザーがGUIによって項目を指定し、指定された条件にしたがい、指定された実行形式を実行する。また、途中経過を表示する。 2. 画面上には、プログラムのタイトル、途中経過を示す部分、パラメータやオプションを指定するボタンから成る。 3. ボタンの種類は以下の通り * 複数の項目から１つを選ぶもの * チェックボックスになっているもの * ファイルを指定するもの * 文字列を入力するもの 4. ボタンの機能と、オプションの渡し方は、設定ファイルに書くようにする。（つまり、設定ファイルを読み込んで画面のフォーマットなどを決める、あるいは設定ファイルを使ってコンパイルする、でもいい） 5. 設定ファイルは、各行が各ボタンに対応。 * ボタンのタイトル * ボタンの種類 * パラメータの渡し方（１：k番目のパラメータに文字“x”を含める、２：k番目にファイル名を指定する、３：「k番目に “–w”、その次にファイル名・文字列」を挿入する、といったような感じ、-w のようなスイッチの後に続くパラメータの個数は1個以上 ）。ボタンの順番どおりに操作をすると、パラメータ列ができるようにする（最初k番目であったものが、最終的にはk+3番目、とかになってもよい） * 選ぶ場合、選ぶもののリスト 6. 実行のボタンを押すと、プログラムにパラメータを渡して実行。場合によっては、他のプログラム（画像ビューワ）などが続いて立ち上がるようにできるといいかも。実行する命令の列が指定できるようにしておくと、将来的にバッチファイルに頼らなくてよくなるのでうれしい。 7. 各ボタンにマウスカーソルを合わせると、ポップアップヘルプが出るとうれしいかなあ。 8. メニューには、ヘルプとバージョン情報、終了があれば十分。 9. オンラインで簡単に動かせるとありがたい。 * バッチファイル１つに対して実行形式1つ、というのが今のところの構想 おまけ：羊が走るアニメGIF == インストーラについて == 1. 実行形式のファイルをダブルクリックすると、指定されたディレクトリにファイルをコピーし、「プログラムメニュー」にショートカットを作成する 2. アンインストール機能を備えること（プログラムメニューからショートカットで実行）。実際にやることは、ファイルとディレクトリとメニューのショートカットを消去すること。 3. コピーするファイルは実行形式に含まれていることが望ましい 4. インストールの際には、ファイルをコピーするディレクトリが選べるようする。デフォルトは Program files の中、あるいは、インストールしてあるcygwinのディレクトリ。後者の場合、パスの通っているディレクトリにショートカットを作ること。 5. 将来的に、他のプログラムのインストーラーに、簡単に転用できること。デフォルトのコピー先、インストールの際に表示するメッセージ、コピーするファイルの３つを簡単に変更できること。（変更の仕方のドキュメントがあるとうれしい） * とりあえず、Windows版から。
edit