TracLightning4.0.0からは以前のバージョンからTracとPythonがバージョンアップになっています。そのため、従来のTracLightningに上書きインストールしても正しく動作しない場合があります。基本的には、スクラッチからインストールしてください。そうは言っても新しいTracLightningへ古いプロジェクトを移行したい方も居るでしょう。そんな人のために非公式ドキュメントとしてプロジェクトのアップグレード方法を解説します。
projectsディレクトリのバックアップを取っておいて、新しいTracをインストール後、バックアップしたprojectsディレクトリを基に戻します。
その後、Tracにアクセスした際に表示されるメッセージに基づきDBとWikiのUpgradeを行ってください。