Software Map

IDL は、CellML 1.0 および 1.1 の処理および操作するための API を指定します。C++ の実装が含まれます。C++ プログラムまたは CORBA 言語マッピングの利用可能なも任意の言語からアクセス可能な API の Java ラッパーは利用可能です。

これは形状のプローブを考慮し、!KlustaKwik の新しいマスクされたバージョンを使用する .mask ファイルを生成する棘波の自動検出プログラムです。我々 は、Python 2.6 または 2.7 を使用して、例えば、無料アカデミック版 Entthought Python から取得することができますをお勧めします。!SpiKeDeteKt の入力ファイルです: .dat (生データ ファイル) .probe (説明プローブ ファイル以下 - ユーザーを構築) parameters.py (オプション - defaultparameters.py を使用してそれ以外の場合は) !SpiKeDeteKt 出力、次のファイル:. fet.n (機能ファイル). (新しい仮面 !KlustaKwik を使用するために必要な) mask.n clu.n (すべてが 1 つのクラスターに置くは些細な手掛かりファイル)。 fmask.n (トライアル - バイナリ、ではなく浮動小数点マスク私たちこの仮面 !KlustaKwik のテストに使用)。 spk.n (スパイク ファイル)。 upsk.n （フィルタ リングされていないスパイク波形）。 res.n (スパイク回の一覧) .xml (。その後 neuroscope または klusters を使用することができますすべてのパラメーターを持つ xml ファイル） .fil （ハイパス フィルター データ） .h5 （

GMOD は、可視化、注釈、および生物学的データを管理するための相互運用可能なオープン ソース ソフトウェア コンポーネントのセットです。詳細は、http://gmod.org を参照してください。

-Python でモデリング Stochastistic - !StochPy は、いくつかの確率論的シミュレーションのアルゴリズムと生化学的なシステムの確率的シミュレーションに使用することができますユニークな手法を提供する、使いやすいパッケージです。

個人ベース、遺伝子組み換え明示的および確率論的シミュレーション ソフトウェアの生活史特性とメタ個体群の空間明示的な枠組みの中で集団遺伝学の進化の研究のために設計。

プロテオミクスを LC MS のオープン ソースのフレームワークに基づきます。OpenMS は、データと質量分析データの処理アルゴリズムを提供しています。ライブラリは C++ で書き込まれます。

米国東部標準時刻/Mrna の大規模なデータセットをクラスタ リングのためのソフトウェア ソリューションです。

PCL または CDT の形式でマイクロ アレイ データの Java Treeview - オープン ソースの拡張可能なビューアー

pyQPCR は、定量的 PCR (QPCR) の raw データを扱う python で書かれた GUI アプリケーションです。QPCR 楽器から抽出した定量化サイクル値を使用して、それは実績のある、普遍的に適用可能なモデルを使用して確定定量化 resu を与える

!GoFigure2 はオープン ソースで、クロスプラット フォーム アプリケーションの可視化、処理および多次元顕微鏡データの分析です。ユーザーことができます可視化、セグメント時間を通して細胞を追跡、細胞分裂を検出および最終的に血統を生成します。

3 D ゲノム チューナー環状ゲノムマップと 3D コンテキストで複数のゲノムを表示することができますを描画します。また、ゲノム解析および配列アラインメント、それにゲノム研究およびデモンストレーションの強力なツールを提供します。

!SimThyr 下垂体-甲状腺系のフィードバック制御の継続的なシミュレーション プログラムです。このプログラムの応用研究、生物学や医学、看護師と患者の仮説の開発と学生の教育を含むカバーしています。

Meredys （メゾスコ ピック反応動力学シミュレータ） は粒子ベース モデルし、反応拡散系をシミュレートするように設計の確率的シミュレーション ソフトウェアです。(http://www.ebi.ac.uk/compneur-srv/meredys.html)

TAS (転写解析システム) は、パラメーター化された SQL クエリを実行するための多層フレームワークです。ユーザーは、新しいデータまたは新しいデータの組み合わせ、GUI で数回のクリックで分析できます。可能性のある複合体/反復的なデータベースの相互作用はすべて自動化します。