このプロジェクトの目的は、環境試料から得られた dna の分類の割り当ての自動パイプライン作成します。これらのシーケンスの分類割り当てに底生環境試料から得られた生シーケンス データを処理する python スクリプトのシリーズを開発、最終的にリレーショナル データベース内のすべてのデータを統合します。
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モーフィアスは、高解像度タンデム質量スペクトルのために地面から設計された質量 spectrometry–based プロテオミクス データベース検索アルゴリズムです。我々 は、高解像度 MS/ms、単純なスペクトル前処理と得点はもともと Sequest、マスコット、OMSSA など、低解像度 MS/MS の開発よりより複雑なアルゴリズムを実行することを発見しました。モーフィアスも非常に高速です-人間の大量のデータセットに対して OMSSA のほぼ 5 倍まで。C# で記述され、MIT の寛容なライセンスの下で利用できるオープン ソース。
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このプログラムは ABI DNA 分析装置 !GeneScan または !GeneMapper、CEQ 2000 と SCF の楽器を使用してによって生成されたデータの読み取りし、ゲルあるイメージをまっすぐにサイズを構築します。ダウンロードしてくださいと、チュートリアルを表示、2.1 のドキュメントが含まれていません。
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フェストスは、タンパク質のすべて原子のモンテカルロ ・ シミュレーションのフレームワークです。タンパク質立体構造サンプリング、および構造の効率的な移動アルゴリズム オパールと PROFASI 力場のいくつかの高度な確率論的モデルを搭載しています。
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このパッケージは短い読み取り DNA シーケンシング技術で使用するためのコードが含まれているし、チップ Seq、シーケンス処理全体トランスクリプトーム散弾銃、全ゲノムの散弾銃の配列、SNP 検出、転写産物発現およびファイル変換パッケージが含まれています。
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openDICOM.NET - DICOM ライブラリ、コンソール ツール、DICOM ビューアー/ブラウザー/モノラルとビーグル デスクトップ検索プラグインのため。ACR nema 規格をサポートするプロジェクトおよび DICOM ファイル形式し XML へのトランスコーディングを提供します。C# で記述され、(L) GPL の下でライセンスされています。
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一変量および多変量解析 UI。このプロジェクトは既に開発をやめています。自由にお使いください。
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このサイトはSBW、NOMモジュール、高度なシミュレーションスイート、アプリケーション分析、モデル編集のためのブローカーのC++版ソースコードをホストします。
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範囲は、REST web サービス、デスクトップ アプリケーションを介してケモインフォマティックス機能を提供します。化合物、MySQL データベース内のデータ ストレージサブストラクチャ、類似性と他のクエリ、記述子の計算と予測モデルを構築します。
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比較プラス/マイナスのスプレッドシートのデータ、コールソン プロット ジェネレーター アプリケーション エンティティの範囲にわたってサブユニット占有率の急速な視覚比較のための複数のパイ図を作成します。数のパイ、セグメント、ラベルおよび色はカスタマイズ可能です。コンマで区切られたテキスト ファイルから、編集可能な PDF を作成します。今ズーム機能と大きいデータセットのためのより多くのメモリ。SVG を含むいくつかの形式で画像を保存します。
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Mac osx 版、もう os9 をサポートしていない Lepard にアップグレードします。このプロジェクトはビルド DNA ストライダー飛竜のヘルプをユーザーが自分のデータを取得し、いくつかの基本的な DNA の実行を分析関数。
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バイオインフォマティクスの前処理にツールをシーケンス情報データを表示ツールは Perl で書かれて、フィルター処理、再フォーマット、または、シーケンス ・ データを除去する場合に便利することができます。また、シーケンスの基本的な統計情報を生成します。
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BSpipe はシーケンス品質管理から包括的なパイプラインで領域をメチル化特異的機能解析へのマッピング: (1) シーケンス品質評価、(2) 洗浄 (3) シーケンス読むマッピング シーケンスは、(4) のメチル化の定量 (5) の Dmr (特異的メチル化領域)、Dmr の注釈 (6)、(7) 機能解析可視化用の入力ファイルの生成 (8) 特異的メチル化遺伝子の同定、メチル化プロファイルに基づく (4) のサンプルの比較、および OxBS seq タブ seq など高度なシーケンス テクノロジー (9) サポート マップ-it とノーム seq。
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これは いくつかの意味的類似度Python ベースの効率的な実装です。ターゲットはGene Ontology (GO) を用いて蛋白質や遺伝子の間の高速かつ簡単な類似性計算を可能にすることです。
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MeV (複数実験ビューアー) は genomic データ解析のための Java ツールです。MeV、多くのさまざまな入力形式をサポートし、クラスタ リング、分類、統計分析およびテーマ探索のための直感的なグラフィカルなインターフェイスを提供します。
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