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!RasTop は蛋白質、核酸、人気 Rasmol ソフトウェアに基づいて小分子の可視化分子グラフィック プログラムです。プログラムは、急速な可視化と分子の解析を目指しています。

ロースは C++ で書かれた分子シミュレーション データを分析するための新しいツールを作成するための軽量オブジェクト指向ソフトウェア ライブラリです。主な設計目標は、簡単にメソッドを実装する新しい分析のカジュアルなプログラマーを許可します。

mzMatch は小さなコマンドライン ツール メタボロミクス データ分析の特定の Java コレクションです。ツールは、質量分析の特定の機能と PeakML ファイル形式へのアクセスを提供する PeakML コア ライブラリの上に構築されます。

化学物質の毒性の危険性を推定する GUI アプリケーションです。最新バージョンは、次の毒性予測モジュールを含む:-Cramer のルール （経口毒性） - Verhaar を介してアクションの毒性モード スキーム - 皮膚の炎症や目の炎症の予測 - ベニーニ/ボッサ ルールベースの変異原性および発がん性の予測-開始の生分解性と永続性の予測-皮膚感反応性ドメイン - クルースは TTC デシジョン ツリー - SMARTCyp - Cytochrome P450-Mediated 薬物代謝と代謝予測-in vivo 小核試験の構造警告アッセイの齧歯動物 (ISSMIC) で-構造アラート機能グループ識別 (ISSFUNC)-結合蛋白結合に関連する構造のアラートDNA の結合。-Ames 変異原性 Toxtree を推定への異なるアプローチを組み込むプラグイン フレームワークを提供します。プラットフォームに依存しない (Java で書かれた) 化学開発キットを使って。

Mac osx 版、もう os9 をサポートしていない Lepard にアップグレードします。このプロジェクトはビルド DNA ストライダー飛竜のヘルプをユーザーが自分のデータを取得し、いくつかの基本的な DNA の実行を分析関数。

（ジャワ） における次世代シーケンシング形式のデータを BAM (http://samtools.sourceforge.net) を扱うためのツールのセットです。

ERmod （エネルギー表現モジュール） は、エネルギー表示法による溶媒和自由エネルギーを計算するためのプログラム (j. 化学物理 113、6070 (2000))。プログラムは、不均一系を含む、任意の溶剤の溶媒和自由エネルギーを計算することができる、NAMD、GROMACS やオレンジなどの最先端の分子シミュレーション ソフトウェアとの連携で実行することができます。

NMRShiftDB は、化学構造と核磁気共鳴データについては、オープン ソース、オープン アクセス、オープン提出、オープン コンテンツの web データベースです。

NOC はオープン ソース開発ツールキットおよび表示、タンパク質構造の可視化、解析、結晶学的マッピング、モデリング、および洗練された、Gromacs/アンバー MD 軌道の強力な分子エクスプ ローラー映画作り.