[Eos-document] [eos - ドキュメント作成] Re: 【単粒子解析】電子顕微鏡画像の前処理

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SourceForge Forum norep****@sourc*****
2014年 4月 2日 (水) 15:17:01 JST


このメールはSourceForge.JPのフォーラムからの自動転送です。
注意: このメールに返信しても単に無視されます。

フォーラムメッセージへの返信は以下のURLにアクセスしてください:
https://sourceforge.jp/projects/eos/forums/31695/35230/72348/

投稿者: kinoshita-eos (kinoshita-eos)

[メッセージ #72309 への返信]
> > 	CTF補正
> 
>  CTF補正をかけるためには予めの画像にmrcImageCTFObserva
tionを使って、CTFをかけておく必要があります。

2点ほど確認させて頂きます。


(1) 具体的なコマンドの流れは以下のようになるのでしょう
か。

観察対象(2D)
↓ mrcImageCTFObservation
CTFが掛かった観察対象(2D)
↓ mrcImageFFT
CTFが掛かった観察対象(FFT)
↓ ctfDisplayでctfinfoファイル作成 -> mrcImageCTFCompensation
CTF補正完了(2D)


(2) mrcImageCTFObservationの役割はCTF補正の前処理だということで
しょうか。
  ※ ユーザーがFFTを意識せずにCTF補正を行うコマンドと思
っていました。

(2-1) 処理は以下のように考えてました。

入力
↓
2Dデータ
↓ FFT
FFTデータ
↓ CTF
FFTデータ(CTFを掛けた後)
↓ FFT
2Dデータ(CTFを掛けた後) 
↓
出力

(2-2) 以前、ウィナーフィルタについてご教授頂いたときに
(Evernote: 共通の2013.12.19に画像があります)

観測2Dデータ: gの正体は
	g = (真データ f) * (点広がり関数 PSF) + (ノイズ n)

にて構成されていて、これをFFTした観測FFTデータ: Gは
	G = (真FFTデータ F) ・ (コントラスト伝達関数 CTF) + (ノイズ
N)

となり、このGについてウィナーフィルタを掛けるとお聞き
しました。
ですので、FFTデータをctfDisplayで観察して掛けるCTFのデータ
を設定して、
mrcImageCTFCompensationなどを施すものだと思っていました。


(2-3) (2-2)の式と(2-1)の動作をふまえるとmrcImageCTFObservationは

入力: g
↓
g = f * PSF + n
↓ FFT
G = F ・ CTF + N
↓ CTF0 (上記のCTFとは異なる)
G ・ CTF0 = F ・ CTF0 ・ CTF + N ・ CTF0
G ・ CTF0 = F ・ CTF' + N'
↓ FFT
g' = f * PSF' + n'  
↓
出力

となり、fに影響を与えにくいようなCTF0を選んで処理すると
g'の時点でCTF補正されるのではないかと思いました。
(ctfDisplayを使ってCTF0を決める)


これは、通常CTF補正を一回で完了させる訳ではなく、
徐々に補正するためにまずmrcImageCTFObservationを行うという意
味でしょうか。


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