Teppei Kinoshita
kinos****@yasun*****
2014年 6月 13日 (金) 18:11:03 JST
eos-documentメンバー各位 木下 哲平です。お世話になっております。 本日、6月13日(金)のEospedia編集内容を報告致します。 【コマンド説明】 marker2Dto3DEstimator mrcImageAsProbability mrcImageDeconvolution eosPointRotation 【API説明追記】 lmrcImageDeconvolution(API) eosPoint(API) 【単粒子解析編集・活動項目】 -繰り返し(精密化)- 昨日、繰り返しを実施したところ1件だけ角度の偏りが少なく３次元像ができていました。 -３次元像が収束しているか- 上記で出来上がった３次元像が収束しているか調べました。 mrcImageNormalizedSubtraction(-rmsd)で参照像と比較していったところ下記のようになりました。 RMSD: 1.942014(楕円体との比較) RMSD: 0.054352 RMSD: 0.038838 RMSD: 0.036579 RMSD: 0.026776 RMSD: 0.021007 この入力画像データと参照データのセットでは収束していくと判断しました。 -元PDBファイルに近づいているか- オリジナルのPDBデータ(1WDC.pdb)と比較したところ下記のようになりました。 RMSD: 0.144895 RMSD: 0.145131 RMSD: 0.145345 RMSD: 0.145317 RMSD: 0.145371 RMSD: 0.145374 RMSD: 0.145376 元PDBとは少し違うデータへ収束していくと考えました。 -考察- 以上により、収束はするが正解からは遠いという結論を得ました。 これを解決するために画像を増やしたり、角度刻みを変えるたりして変化を見ていきます。 オリジナルへ近づくことを確認したら、別の参照像でも試そうと思います。 【現在の編集状況と今後の予定(優先降順)】 単粒子解析: ２次元単粒子解析、繰り返し再編集中(+1件追加) API説明(一旦完了): 414件(随時追加します) 電子線トモグラフィー: 編集項目見直し Small Tool: 現状、低優先(上記に関連したコマンドを追記する方針) ドキュメントの書き方に問題ありましたら、ご一報をお願いします。 【次回の予定】 考察の通りデータを変えながら、３次元像をオリジナルへ近づくかを試してみます。 改善された例を追記したいと思っています。 以上、よろしくお願い致します。 木下 哲平
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