mshio ご報告いただき、ありがとうございます。原因を調査のうえ修正する予定です。さほど時間をかけずに修正できる見込みです。どうぞよろしくお願いいたします。
mshio バージョン20161115を更新しました（ファイル名のナンバリングを20161115bとしています）。ご報告の件、解決されていると思いますので、お試しください。 原因としては、縦書き用のメトリクスの設定をつけていたのですが、この設定値がおかしいグリフ（文字）がありました。また、メトリクスの設定値自体がどうにもうまく制御できないらしいこともわかりました。こちらのほうはフォント生成に使用しているソフトウェアの特性（あるいはバグ）なのか、他の設定の影響なのかは判明していませんが、縦書き用メトリクスの設定自体をオフにしたところ安定した表示になりましたので、差し当たりこの設定にすることにいたしました。また、音引き（「キー」などの伸ばす棒）がうまく縦書きにならなかったため、この縦書き用グリフを追加しています。
早い対応に驚きました。
新バージョンで試したところ文字が重ならず縦書きできました。 「キーボード」など音引きも確認しました。 別件ですが、全角数字や全角括弧（）が細く（ウェイトが）表示されるのが気になりました。 前バージョンのフォントも同じでした。 恐らく、全角数字と全角括弧（）が表示されていないようで、代わりにＭＳ Ｐゴシックなどで表示されているようです。
ついでに、さわらびゴシックで縦書きしてみたところ音引き「ー」は縦になっていませんでした。 また、括弧（）「」、句読点が縦書きになりませんでしたが、なぜかFirefoxだけは縦書きになっていました。
環境：Windows 10、ブラウザ最新版（Chrome、Firefox、IE、Edge）、Microsoft Word 2007
HTMLでさわらび明朝を指定して縦書きにしたところ、複数の文字が重なってしまいました。 対応して頂けると大変助かります。
mshio ご報告ありがとうございます。文字が重なってしまう現象は、おそらくは以前のバージョンをご利用いただいているためではないかと思います。 ちょうど本日最新バージョン（20170615）をリリースしていますので、こちらのバージョンをインストール後、たとえば以下のような CSS を適用してお試しいただけると幸いです。Xubuntu 16.04 Firefox 53.0.3 (64-bit) の環境で確認したところ、正しく縦書きで表示できているようです。
Forkbody {
font-family: 'Sawarabi Mincho';
-webkit-writing-mode: vertical-rl;
-ms-writing-mode: tb-rl;
writing-mode: vertical-rl;
}
さわらび明朝をダウンロードしたのですが、英数字しか反映されず、仮名文字は代替えフォントになってしまいます。 さわらびゴシックは何の問題もなく使用できるのですが、なぜか明朝は使えません。気に入っているフォントなので使用できるようにしたいのですが、どうしたらよいのでしょう？
さわらび明朝で縦書きすると文字が重なりました。 例えば「東京」、「日本語」などの文字で再現できます。 環境はWindows 10、ブラウザ（ChromeとFirefox最新版）で、HTMLでフォントを指定して使用。 ブラウザ以外のアプリケーションで表示しても同じように重なりました。 エンコーディングはUTF-8、SJIS両方試しました。 最初はGoogleのWebフォントで提供されているさわらび明朝で気づいたのですが、バージョンが古いのかと思い、こちらから最新版をダウンロードしてローカルのさわらび明朝を表示しても結果は同じでした。 さわらびゴシックの方は問題ありませんでした。