Teppei Kinoshita
kinos****@yasun*****
2014年 6月 20日 (金) 19:19:37 JST
eos-documentメンバー各位 木下 哲平です。お世話になっております。 本日、6月20日(金)のEospedia編集内容を報告致します。 【単粒子解析活動項目】 (1) 入力、参照画像の取り直し お話ししました通り下記の点を気をつけます。 ・pdb2mrcはm=1を使用します(m=0の場合、sigを設定しなければ点になる) ・2軸回転では一方が0° ~ 360°の場合、もう一方は0° ~ 180°にしなければ裏側まで投影されない。 (角度が足りない場合はトモグラフィーのようにミッシングエリアができる) ・参照像として楕円体を作る場合は体積を合わせること (1-1) mrcImageVolumeCalc(分子量はPDBから得る)を使用して、密度を得る (1-2) GaussSphereを作って、バイナリ化する(このとき上記で得た密度を閾値とする) (1-3) (1-2)にさらにガウシアンフィルタを掛けても良い ※ ご教授ありがとうございました。 また、画像や結果に何かございましたら、ご指摘をお願いします。 【現在の編集状況と今後の予定(優先降順)】 単粒子解析: ２次元単粒子解析、繰り返し再編集中 API説明(一旦完了): 414件(随時追加します) 電子線トモグラフィー: 編集項目見直し Small Tool: 現状、低優先(上記に関連したコマンドを追記する方針) ドキュメントの書き方に問題ありましたら、ご一報をお願いします。 【次回の予定】 ひとまず(1-2)を参照像での動作を確認してから、(1-3)での動作を見てみようと思います。 以上、よろしくお願い致します。 木下 哲平
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