Teppei Kinoshita
kinos****@yasun*****
2014年 6月 19日 (木) 17:59:25 JST
eos-documentメンバー各位 木下 哲平です。お世話になっております。 本日、6月19日(木)のEospedia編集内容を報告致します。 【単粒子解析編集・活動項目】 -繰り返し(精密化)- (1) 全ての画像を使用して繰り返し(通常) ・今回使用したデータは8回のループで収束(正確にはRMSDが0.000001) ・元データとの差RMSD: 0.078505で45°傾けると画像がぼやけている ・角度情報もまだ偏りがある ・上記の内容を実行例4として追記 (2) 画像から9割だけ使用して繰り返し ・一つ前とのRMSD: 0.015 ~ 0.018程度、元データとのRMSD: 0.088前後で動作中 ・角度情報が時々更新されているので、繰り返しを続行します。 (3) 画像から1割をランダム角度と比較して良い方を採用 ・一つ前とのRMSD: 0.015 ~ 0.018程度、元データとのRMSD: 0.078前後で動作中 ・角度情報が時々更新されているので、繰り返しを続行します。 (1) - (3) いずれもChimeraで確認したところ元データと少し形が似てきました。(以前までと比べて) ただ、一部のデータが端の方にいってしまっているので、角度の偏りがまだ残っていると思います。 (2)、(3)は繰り返すことで改善されるかもしれませんので、経過を観察します。 (4) 相関値の正規化 現在、AutoRotationCorrelationの相関マップを角度(参照画像)毎に正規化(4-0)して 偏りを改善する方法をとっております。こちらの方法で改善案を考えております。 (4-1) 入力画像毎の正規化 -> これだけでは効果が薄いと思います(この後入力画像毎に最大値をとるので) (4-2) (4-0), (4-1)を掛け合わせる -> 負の数があるので、一定値以上のみを採用(残りは0)して掛ける (4-3) (4-0), (4-1)をある倍率で足す (4-4) (4-0)について(4-1)を行う (4-5) (4-1)について(4-0)を行う (4-2, 3)についてはmakefileを作って、閾値をどのくらいにしたらいいか検討します。 (4-4, 5)については現在のmakefileから実施が容易ですので、実行しています。(画像は全て使います) 【現在の編集状況と今後の予定(優先降順)】 単粒子解析: ２次元単粒子解析、繰り返し再編集中(ループ実行中) API説明(一旦完了): 414件(随時追加します) 電子線トモグラフィー: 編集項目見直し Small Tool: 現状、低優先(上記に関連したコマンドを追記する方針) ドキュメントの書き方に問題ありましたら、ご一報をお願いします。 【次回の予定】 活動項目(2), (3)について経過を観察し、内容を編集します。 (4)については角度の偏りが改善できれば、追記したいと思います。 また、大量データによる繰り返し処理はを週末に予定しております。 以上、よろしくお願い致します。 木下 哲平
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