1.7.8リリース (Glang-users) - G-language

g.

1.7.8リリースしました。

治夫さんによるCodon.pmのドキュメント／メソッド追加／整理
とG::Seq::PatSearch::signature()の追加がありました！

あと、$gb = new G()っていうのが直感的でないのと、BDBと 
SDBと
整合性をとるため、
$gb = load()というのを追加、今後推奨していきます。new G() 
自体は
なくなりませんが、なるべくload()を使うようにしてください。

主な変更は以下の通り。
===== v.1.7.8    2007.11.15  =====
   *introduced "load()" method, which is equivalent to "new G()", so  
something like the following is now preferred.

                 $gb = load "ecoli"

   *removed G::Tools::Graph::_UniUniGrapher
   *deprecated G::Tools::Graph::_UniMultiGrapher. Use  
G::Tools::Graph::grapher instead.
   *always make data and graph directories when opt_get() is called
   *added G::Seq::PatSearch::find_iteron() and find_pattern()
   *in Shell, $gb is preloaded with "ecoli" data if $gb is not saved  
in workspace.
   *added -length option for G::Seq::PatSearch::oligomer_counter()
   *added G::Seq::PatSearch::signature() and updated G::Seq::Codon for  
documentation and for addition of Ew, P2, codon_mva, deletion of  
entropy_cu, entropy_scu, codon_pca. (thanks to Haruo Suzuki of Idaho  
Univ.!)

Kazuharu Arakawa, Ph.D.
Institute for Advanced Biosciences, Keio University
252-8520 Japan   Tel/Fax: +81-466-47-5099

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