1.8.8 released (Glang-users) - G-language

g.

1.8.8リリースしました。
かなり大規模なコード整理を行い、他数のモジュール・関数を廃 
止・移動しました。

BioHackathon2009で現在新しいユーザインタフェースを開発中で
あり、既にプロトタイプが木戸君と大下君の尽力によりほぼ動作できる
見込みとなってきていますので、これまで使ってきたWx系の 
GUIを
廃止する予定です。

1. 現在すでにほとんど機能をなしていないSystem系のクラス 
を廃止
2. 結果CASYS系の関数が結局全然使われていない・使えない 
状況なので関連ツールの関数などを削除
3. E-Cell1を実質使わなくなり、ほぼ使われていない 
SystemsBiology系のクラスのほとんどを廃止、残ったものを移動
4. クラス内でしかほぼ使われていないアンダースコアから始まるメ 
ソッドのEXPORTを廃止

これに伴いソースコードが約1万6千行、メソッド数が解析約 
130, API系が約30、計約160程度まで減りました。

changelogは以下の通り。

===== v.1.8.8    in development  =====
   * fixed genome_map2() and plasmid_map() SVG generation.
   * added readFile() and writeFile(). see help for details.
   * updated $gb->intergenic() to include stable RNA genes as genetic  
elements, and modified genomicskew() accordingly.
   * removed all G::System:: classes and gcf files. we are now  
creating new set of user interfaces, which will replace these functions.
   * removed all G::SystemsBiology:: classes related to E-Cell 1.  
moved G::SystemsBiology::PathwayAlignment to G::Seq::PathwayAlignment,  
G::SystemsBiology::DotE to G::Tools::DotE. G::SystemsBiology is  
deprecated.
   * G::Tools::Literature (pubmed search is available through Shell or  
togoWS), G::Tools::HMMER (web service wrapper is on the way) is  
deprecated.
   * CASYS-related methods (many of G::Tools::Blast,  
G::Tools::Mapping, G::Tools::Cap3, G::Tools::Sim4, G::Tools::Repeat)  
is deprecated.
   * G::Tools::Fasta and G::Tools::Blast is merged with  
G::Tools::Alignment. Some functions relevant to  
G::Seq::PathwayAlignment were moved accordingly.
   * stopped EXPORTing many methods starting with an underscore (_)  
that are only used within the modules.
   * added method_list() that returns an array of available G-language  
GAE functions.

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[Glang-users] 1.8.8 released