セーブデータなどはおそらく C:\Users\(ユーザー名)\NetHack\3.6\ にあると思います。 (jnethack --showpaths とすると表示されます)
少し前から NetHack のデフォルトはこれになっていて、JNetHack ではカレントディレクトリを 使うようにデフォルト設定を変えていたのですが、この機能はあまりうまく動かないようなので、 将来カレントディレクトリを使わないように変更するかもしれません。
なるほどです。 C:\Users\(ユーザー名)\NetHack\.jnethackrcを編集したらひとまず普通にプレイできるようなりました。ありがとうございます。
3.6.6-0.6と3.6.7-0.1のWindows版でジャニという名でセーブしたところ、JNetHackフォルダ内にセーブデータができません。 しかしアプリを起動するとセーブデータから再開するか聞かれ、実際再開できるのでどこかにセーブデータができていると思われます。 この時.jnethackrcを読み込んでないらしくhjklでの移動ができない等困ったことになります。 更にはフォルダごと削除して展開し直してJannieという名で始めても改善しません。 プログラムでどうにかできるのかはわからないですがOSDNサイト内で注意書きを用意する等あってもいいかなと思いました。