EMBOSS から NCBIへアクセスする (Knob-dev 11) - KNOB

にかいどうです。

EMBOSS のプログラムから NCBI にアクセスできるようにしてみました。
KNOB の emboss.defalut へ以下の記述を追加してください。

以下の設定を使えば、Refseq と Accession Number を区別することなく
配列を取得できます。

DB GENBANKN [
   type: N
   format: genbank
   method: url
   url:  
"http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi? 
db=nucleotide&r
ettype=gb&retmode=text&id=%s"
   dbalias: GENBANKN
   comment: "NCBI IDs"
]

--
Itoshi NIKAIDO, Ph.D.
<itoshi dot nikaido at nifty dot com> / http://itoshi.tv/
ruby -rbio -e \
'n=Bio::Sequence::NA.new("ATTACTCAAAGCCATATTTAAAATATTAAAGCTATTGATCAA");\
puts n.translate.tr!("Q*", "O ")'

KNOB

[Knob-dev 11] EMBOSS から NCBIへアクセスする