Molby is a software for building molecular models on the graphic screen. It works on Mac OS X and Windows. It can import and export files for other computational chemistry softwares such as GAMESS and Gaussian. It can also edit molecules by Ruby scripts.
This project is moved to GitHub. Updates are only available on GitHub.
GitHub Project Page: https://github.com/toshinagata/Molby
Molby Homepage: https://toshinagata.github.io/Molby/en/
Mac: a command line version is included in the binary distribution.
Some solvent box are included in Scripts/mbsf folder.
Setting external forces during MM/MD is implemented.
The MO info table is renamed to MO energy, and the alpha and beta orbitals of same indices are shown in the same row.
Other changes are described in the change log.
Mac: リリースにコマンドライン版を加えた。
溶媒ボックスを Scripts/msbf フォルダに同梱。
MM/MD で外から力を加えられるようにした。(MDArena#set_external_forces)
属性テーブルの "MO info" を "MO energy" に改名。Alpha, beta 軌道のエネルギーを並べて表示するようにした。
バグ修正については変更履歴を参照。
Mac: a command line version is included in the binary distribution.
On Windows, Molby::{Mbsf,Resource,Script}Path return slash-separated strings instead of backslash-separated strings.
The solvate command does not correctly remove conflicting solvent molecules. Fixed.
Ruby: find_conflicts now exclude atom pairs separated by 0-3 bonds.
export_prmtop can now be used from script
Merging molecule was resulting in strange order of merged parameters. Fixed.
Occasional crash on merging molecules is fixed. (Duplicating parameters was causing problems.)
Some solvent box are included in Scripts/mbsf folder. MolbyResourcePath is now called Molby::ResourcePath (old name is still usable for backward compatibility). Molby::ScriptPath, Molby::MbsfPath are also implemented.
rotate_with_axis now can accept atom indices or names as the first three arguments.
Setting external forces during MM/MD is implemented.
Special parameters with atom indices were not working. Fixed.
Inserting/removing frames now work more consistently. The minimum number of frames is 1 instead of 0.
Atoms to be excluded from MM/MD calculations can be specified by the atom property "mm_exclude."
MM/MD calculation crashed when periodic cell is removed after calculation with non-nil cell. Fixed.
On windows, Molecule#path, Molecule#dir does not work correctly when the path includes double-byte characters. Fixed.
After MD run, coordinates are copied back to the molecule even when MD stopped abnormally.
MDArena#init_velocities and MDArena#scale_velocities are implemented.
Improved crd/mdcrd import.
The 'r_eq14' parameter was not editable in the property table. Fixed.
Crash occurs when a Ruby exception is raised while editing property table. Fixed.
Ruby: Molecule#dup now duplicates the unit cell, symmetry operations, and MD settings.
Remove 'build xxxxxxxx' string from the version description.
AtomRef.exclusion causes bus error when the MDArena is not yet built. Fixed.
After loading the molecule, occupancy factors are checked, and if all atoms have zero occupancy then all are set to 1.0.
Ruby command get_coord_from_frame(index, group=nil, cflag=nil) is implemented.
The MO info table is renamed to MO energy, and the alpha and beta orbitals of same indices are shown in the same row.
MO import from GAMESS log file was broken
Fchk import: zero is accepted as the number of alpha/beta electrons
Mac: リリースにコマンドライン版を加えた。
Windows: Molby::{Mbsf,Resource,Script}Path がバックスラッシュ区切りだったのをスラッシュ区切りに変更した。
solvate コマンドで衝突する溶媒分子の判定が不完全だったので修正。
Ruby: find_conflicts メソッドが 0-3 個の結合で隔てられたペアを除くようにした。
export_prmtop コマンドがスクリプトから使えるようにした。
分子をマージしたときにパラメータの位置が変だったのを修正。
分子をマージしたときに時々クラッシュしていたのを修正。
溶媒ボックスを Scripts/msbf フォルダに同梱。
Ruby: MolbyResourcePath を Molby::ResourcePath に変更。Molby::ScriptPath, Molby::MbsfPath を新設。
rotate_with_axis が原子インデックス・原子名でも指定できるようにした。
原子インデックスを使った MM/MD パラメータが指定できるようにした。
MM/MD で外から力を加えられるようにした。(MDArena#set_external_forces)
フレームの追加・削除の機能を整理した。フレーム数の最小値は１とする。
MM/MD で計算から除外する原子を mm_exclude 特性で指定できるようにした。
MM/MD 計算で、途中で周期条件を外すとクラッシュするのを修正。
Windows: Molecule#path, Molecule#dir メソッドが日本語パスを含むと正しく動作しなかったのを修正。
MM/MD 計算が途中で異常終了しても最後の（異常な）座標を保持するようにした。
MDArena#init_velocities, MDArena#scale_velocities を実装。
crd/mdcrd インポートを改善。
r_eq14 パラメータが属性テーブルで編集できなかったのを修正。
属性テーブル編集中に Ruby 例外が起きるとクラッシュしていたのを修正。
Molecule#dup でユニットセル、対称操作、MD設定を複製するようにした。
バージョン表示の "build xxxxxxxx" 文字列を削除。代わりに、最後にビルドした日時が表示される。
AtomRef#exclusion がクラッシュしていたのを修正。
Molecule#get_coord_from_frame を実装。
属性テーブルの "MO info" を "MO energy" に改名。Alpha, beta 軌道のエネルギーを並べて表示するようにした。
GAMESS log ファイルの読み込みが失敗していたので修正。
Fchk インポートで、alpha/beta 電子数がゼロでもよいことにした。
Fork